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Pikro_00090 : CDS information

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Organism
StrainATCC 15439
Entry namePikromycin
Contig
Start / Stop / Direction41,223 / 42,503 / + [in whole cluster]
1,475 / 2,755 / + [in contig]
Location41223..42503 [in whole cluster]
1475..2755 [in contig]
TypeCDS
Length1,281 bp (426 aa)
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Category2.3 modification addition of sugar moiety
Productglycosyltransferase
Product (GenBank)glycosyl transferase
Gene
Gene (GenBank)desVII
EC number
Keyword
  • desosamine
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[9770448] A gene cluster for macrolide antibiotic biosynthesis in Streptomyces venezuelae: architecture of metabolic diversity. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 1998)
[15161264] Characterization of the glycosyltransferase activity of desVII: analysis of and implications for the biosynthesis of macrolide antibiotics. (J Am Chem Soc. , 2004)
[15358425] New olivosyl derivatives of methymycin/pikromycin from an engineered strain of Streptomyces venezuelae. (FEMS Microbiol Lett. , 2004)
[20695498] Characterization of glycosyltransferase DesVII and its auxiliary partner protein DesVIII in the methymycin/picromycin biosynthetic pathway. (Biochemistry. , 2010)
[23770075] Combinatorial biosynthesis and antibacterial evaluation of glycosylated derivatives of 12-membered macrolide antibiotic YC-17. (J Biotechnol. , 2013)
[26552796] In vivo investigation to the macrolide-glycosylating enzyme pair DesVII/DesVIII in Saccharopolyspora erythraea. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2016)
comment
[PMID: 9770448](1998)
12員環骨格を持つMethymycin and Neomethymycinと、14員環骨格を持つNarbomycin and Pikromycinの生合成で共有されるclusterの同定。

DesVII: Glycosyl transferase

desosamine genesは1setしかないので、DesVII は基質として10-deoxymethynolide and narbonolideの両方を受け入れることができることが想定される。DesVII がdeoxysugar構造における差異を許容するということを、desVI の破壊が実証するという記述がDISCUSSIONにあるが、つながりがよくわからない。DesVI mutantではmethymycin, neomethymycin, narbomycin, and pikromycinを非産生、10-deoxymethynolide and narbonolideを蓄積。

---
[PMID:15161264](2004) abstract
glycosyltransferase DesVII のin vitro活性を実証。
十分な活性を得るには、塩基性pHと追加タンパク成分DesVIII を必要とする。

---
[PMID:15358425](2004)
内因性deoxusugar(dTDP-D-desosamine)の生合成に関する全体的なgene clusterを削除し、dTDP-4-keto-6-deoxyglucose(内因性のdesosamine中間体)またはdTDP-D-olivose(外因性)の生合成に必要な遺伝子で置換したS.venezuelae mutant株において、'sugar-flexible' glycosyltransferase(DesVII) は12員環と14員環両方のmacrolactonesがquinovose or olivoseでglycosylateされた10-deoxymethynolide and narbonolideを産生した。
またこれらのglycosylationにはDesVII に加えてDesVIII も必須であることが確認されている。

---
[PMID: 20695498](2010)
DesVII はglycosyltransferases活性のために追加protein componentであるDesVIII を必要とする。
recombinant DesVIII proteinの追加でDesVII によるglycosylation効率を改善。
量はとても少ないが、desVIII はそのhomolog dnrQによって置換されうる。

DesVII/DesVIII 複合体の形成はvivoでの両遺伝子の同時発現を必要とし、vitroでの個々に産生されたタンパクの混合では完全には達成されない。
DesVII と DesVIII の比率は1:1で、複合体はheterodimersの3量体[(αβ)3]として存在する。
DesVII/DesVIII 複合体の触媒効率は、DesVII のみのときより少なくとも2×10(3)倍高い。

よって、DesVIII はタンパク産生のときDesVII の折りたたみを補助し、触媒中きつく結合したままにすることが示唆される。

---
[PMID:23770075](2013) abstract
基質が柔軟なglycosyltransferase DesVII とdeoxysugar生合成gene cassettesを用いて、様々な糖でD-desosamineを置換したglycosyl-10-deoxymethynolideを作成している。L-rhamnoseでの置換により抗菌活性が良くなった。

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selected fasta
>glycosyltransferase [glycosyl transferase]
MRVLLTSFAHHTHYYGLVPLAWALLAAGHEVRVASQPALTDTITGSGLAAVPVGTDHLIH
EYRVRMAGEPRPNHPAIAFDEARPEPLDWDHALGIEAILAPYFHLLANNDSMVDDLVDFA
RSWQPDLVLWEPTTYAGAVAAQVTGAAHARVLWGPDVMGSARRKFVALRDRQPPEHREDP
TAEWLTWTLDRYGASFEEELLTGQFTIDPTPPSLRLDTGLPTVGMRYVPYNGTSVVPDWL
SEPPARPRVCLTLGVSAREVLGGDGVSQGDILEALADLDIELVATLDASQRAEIRNYPKH
TRFTDFVPMHALLPSCSAIIHHGGAGTYATAVINAVPQVMLAELWDAPVKARAVAEQGAG
FFLPPAELTPQAVRDAVVRILDDPSVATAAHRLREETFGDPTPAGIVPELERLAAQHRRP
PADARH
selected fasta
>glycosyltransferase [glycosyl transferase]
ATGCGCGTCCTGCTGACCTCGTTCGCACATCACACGCACTACTACGGCCTGGTGCCCCTG
GCCTGGGCGCTGCTCGCCGCCGGGCACGAGGTGCGGGTCGCCAGCCAGCCCGCGCTCACG
GACACCATCACCGGGTCCGGGCTCGCCGCGGTGCCGGTCGGCACCGACCACCTCATCCAC
GAGTACCGGGTGCGGATGGCGGGCGAGCCGCGCCCGAACCATCCGGCGATCGCCTTCGAC
GAGGCCCGTCCCGAGCCGCTGGACTGGGACCACGCCCTCGGCATCGAGGCGATCCTCGCC
CCGTACTTCCATCTGCTCGCCAACAACGACTCGATGGTCGACGACCTCGTCGACTTCGCC
CGGTCCTGGCAGCCGGACCTGGTGCTGTGGGAGCCGACGACCTACGCGGGCGCCGTCGCC
GCCCAGGTCACCGGTGCCGCGCACGCCCGGGTCCTGTGGGGGCCCGACGTGATGGGCAGC
GCCCGCCGCAAGTTCGTCGCGCTGCGGGACCGGCAGCCGCCCGAGCACCGCGAGGACCCC
ACCGCGGAGTGGCTGACGTGGACGCTCGACCGGTACGGCGCCTCCTTCGAAGAGGAGCTG
CTCACCGGCCAGTTCACGATCGACCCGACCCCGCCGAGCCTGCGCCTCGACACGGGCCTG
CCGACCGTCGGGATGCGTTATGTTCCGTACAACGGCACGTCGGTCGTGCCGGACTGGCTG
AGTGAGCCGCCCGCGCGGCCCCGGGTCTGCCTGACCCTCGGCGTCTCCGCGCGTGAGGTC
CTCGGCGGCGACGGCGTCTCGCAGGGCGACATCCTGGAGGCGCTCGCCGACCTCGACATC
GAGCTCGTCGCCACGCTCGACGCGAGTCAGCGCGCCGAGATCCGCAACTACCCGAAGCAC
ACCCGGTTCACGGACTTCGTGCCGATGCACGCGCTCCTGCCGAGCTGCTCGGCGATCATC
CACCACGGCGGGGCGGGCACCTACGCGACCGCCGTGATCAACGCGGTGCCGCAGGTCATG
CTCGCCGAGCTGTGGGACGCGCCGGTCAAGGCGCGGGCCGTCGCCGAGCAGGGGGCGGGG
TTCTTCCTGCCGCCGGCCGAGCTCACGCCGCAGGCCGTGCGGGACGCCGTCGTCCGCATC
CTCGACGACCCCTCGGTCGCCACCGCCGCGCACCGGCTGCGCGAGGAGACCTTCGGCGAC
CCCACCCCGGCCGGGATCGTCCCCGAGCTGGAGCGGCTCGCCGCGCAGCACCGCCGCCCG
CCGGCCGACGCCCGGCACTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR004276 Glycosyl transferase, family 28 (Domain)
[3-71] 1.4e-11 PF03033
PF03033   Glyco_transf_28
IPR010610 Domain of unknown function DUF1205 (Domain)
[207-302] 2.29999999999998e-35 PF06722
PF06722   DUF1205
SignalP
[1-35] 0.943 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
Pikro_00080 Pikro_00080   Pikro_00100 Pikro_00100
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