Adria_00190 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces peucetius
Strain	ATCC 29050 (=NBRC 100596)
Entry name	Doxorubicin
Contig	AF006633
Start / Stop / Direction	13,135 / 13,761 / + [in whole cluster] 1,100 / 1,726 / + [in contig]
Location	13135..13761 [in whole cluster] 1100..1726 [in contig]
Type	CDS
Length	627 bp (208 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	NDP-hexose epimerase
Product (GenBank)	putative epimerase
Gene
Gene (GenBank)	dnmU
EC number	5.1.3.-
Keyword	daunosamine
Note
Note (GenBank)	DnmU
Reference	ACC O33707 PmId [9209071] Cloning and characterization of the Streptomyces peucetius dnmZUV genes encoding three enzymes required for biosynthesis of the daunorubicin precursor thymidine diphospho-L-daunosamine. (J Bacteriol. , 1997) [10631513] A two-plasmid system for the glycosylation of polyketide antibiotics: bioconversion of epsilon-rhodomycinone to rhodomycin D. (Chem Biol. , 1999) [11129052] Analysis of genes involved in 6-deoxyhexose biosynthesis and transfer in Saccharopolyspora erythraea. (Mol Gen Genet. , 2000) comment [PMID: 9209071](1997) dTDP-L-daunosamineの生合成に必要なdnmZUV genesのクローニングと特徴づけ。 dnmU: dTDP-4-keto-6-deoxyglucose またはそれより後の中間体のL-立体異性体の合成 WHM1673 mutant strainの表現型と相補の結果から、DnmUはdaunosamine (DNR)生合成に必要。配列類似性から、DnmUはDNR生合成においてdTDP-4-keto-6-deoxyglucose-3(5)-epimeraseとして機能すると示唆される。でもこれが本当の基質かどうかは分からない。 --- [PMID: 10631513](1999) 異種性ホストにおけるL-daunosamineの生合成と付着のための最少の情報は、dnmLMJVUTS genesによってコードされる。 -- [PMID: 11129052](2000) S. erythraea eryBVII deletion mutantはeryBVII またはS. peucetius_dnmUで相補可能、erythromycin A 産生を回復する。 S. peucetius DSM 40754(Other collection no.: ATCC 29050)由来dnmUを使用している。 -- [PMID: 15977277](2005) abstract dTDP-4-keto-6-deoxyglucose 3,5-epimeraseとして働くRmlCをDnmUで置換できた(in vitro)。しかしhomologでの実験結果などから、DnmUはvivoでC-5 epimerizationのみを触媒すると結論づけている。
Related Reference	ACC Q9S0P2 NITE Aver_00150 PmId [11451669] Insights about the biosynthesis of the avermectin deoxysugar L-oleandrose through heterologous expression of Streptomyces avermitilis deoxysugar genes in Streptomyces lividans. (Chem Biol. , 2001) comment Blast 22nd, id60%, 3e-59 Streptomyces avermitilis_aveBV dTDP-4-keto-6-deoxyhexose 3,5-epimerase [Aver_00150]NDP-hexose 5-epimerase Table1. avrF/aveBV: dTDP-4-keto-6-deoxyglucose 3-epimerase　 (本文を読むと5-epimeraseの間違いと思われる。) S.lividansでS.avermitilis avrBCDEFGHIを発現させて外因性aglyconeと反応させて産物解析。 delta-avrFな発現株では、C-13にD-olivoseが1つbeta-glycoside結合したavermectin A1a3を産生する。 avermectin A1a3を産生できるのはdelta-avrFのみ。 C-3での立体化学は最終的に3-O-methyltransferaseによって決定されるので、AvrF proteinは5-epimeraseであって3,5-epimeraseではない。
Related Reference	ACC C5J048 PmId [22893224] ( , ) comment Blast 44th, id47%, 7e-46 Streptomyces peucetius ATCC 27952_rmbC TDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase (fragment) S. peucetius ATCC 27952でdTDP-4-keto-6-deoxyglucose 3,5-epimeraseをコードするdnmU and rmbCについての論文。・dTDP-L-daunosamine生合成に関与するdnmU ・dTDP-L-rhamnose生合成に関与するrmbC どちらもvitroで、 dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose → dTDP-4-keto-L-rhamnose の反応が可能だが、お互いのvivoでの機能を代償できないことが破壊実験で示された。よって、機能は似ているけど各経路で特異的に働く。また、rmbC破壊で主要産物のdoxorubicin産生が消失するようなので、rmbCの多面的作用が実証される。この有害作用は胞子形成のスイッチを入れ、多くの遺伝子の発現を抑止し、その他代謝産物の産生を妨げるかもしれない。 --- dnmUに相当するUniProt entry見当たらない。

Sequence

>NDP-hexose epimerase [putative epimerase]
MKARELAVQGAYTFEPEVFPDERGLFVSPFREDAFTAAVGHPLFPVRQTNHSRSRRGVVR
GVHYTVTPPGSAKYVYCARGRSLDIVVDVRVGSPTYGRWDAVELEPREFRAVYFPVGVGH
AFVALEDDTVMSYMLSGEYVQANELAVSVLDPALGLPVPGDLEPLLSGRDRAAPPLEQAR
AAGTLPEYAACRAVESELWPPAGSRGDG

>NDP-hexose epimerase [putative epimerase]
ATGAAGGCGCGGGAACTGGCGGTGCAGGGGGCGTACACGTTCGAGCCGGAGGTGTTTCCG
GACGAGCGGGGGCTGTTCGTCTCACCGTTCCGGGAGGATGCGTTCACGGCCGCGGTCGGC
CACCCCCTCTTCCCGGTGCGGCAGACGAATCACAGCCGGTCGCGGCGCGGGGTGGTGCGG
GGCGTGCACTACACCGTGACGCCGCCGGGCTCGGCCAAGTACGTGTACTGCGCCCGTGGC
AGGTCGCTGGACATCGTCGTCGACGTGCGGGTCGGCTCCCCGACGTACGGCCGGTGGGAC
GCCGTCGAGCTGGAGCCGCGTGAGTTCCGGGCGGTGTACTTCCCGGTCGGGGTGGGGCAC
GCCTTCGTGGCCCTGGAGGACGACACCGTCATGTCGTACATGCTGTCCGGGGAGTACGTG
CAGGCCAACGAACTCGCCGTGTCGGTGCTGGACCCGGCCCTCGGGCTGCCCGTGCCGGGT
GACCTGGAGCCTCTGCTGTCCGGCCGGGACCGGGCTGCACCGCCCCTGGAGCAGGCCCGG
GCCGCCGGGACCCTTCCGGAGTACGCCGCATGCCGGGCGGTCGAGTCGGAGCTGTGGCCG
CCGGCCGGGTCACGCGGAGACGGGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR000888 dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase-related (Family) PD001462 dTDP_sugar_isom PF00908 dTDP_sugar_isom IPR011051 RmlC-like cupin domain (Domain) SSF51182 RmlC_like_cupin IPR014710 RmlC-like jelly roll fold (Domain) G3DSA:2.60.120.10 RmlC-like_jellyroll
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Adria_00180 Adria_00200