Adria_00220 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces peucetius
Strain	ATCC 29050 (=NBRC 100596)
Entry name	Doxorubicin
Contig	M80237
Start / Stop / Direction	15,963 / 14,851 / - [in whole cluster] 1,043 / 2,155 / + [in contig]
Location	complement(14851..15963) [in whole cluster] 1043..2155 [in contig]
Type	CDS
Length	1,113 bp (370 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	putative NDP-hexose C-3 aminotransferase
Product (GenBank)
Gene	dnmJ
Gene (GenBank)	dnrJ
EC number	2.6.1.-
Keyword	daunosamine
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC P25048 PmId [7868593] Functional characterization and transcriptional analysis of the dnrR1 locus, which controls daunorubicin biosynthesis in Streptomyces peucetius. (J Bacteriol. , 1995) [9209071] Cloning and characterization of the Streptomyces peucetius dnmZUV genes encoding three enzymes required for biosynthesis of the daunorubicin precursor thymidine diphospho-L-daunosamine. (J Bacteriol. , 1997) [10631513] A two-plasmid system for the glycosylation of polyketide antibiotics: bioconversion of epsilon-rhodomycinone to rhodomycin D. (Chem Biol. , 1999) comment [PMID: 1729206](1992) この論文のときは配列解析からdnrIJがdaunorubicin (DNR)生合成を調節するtwo-component regulatory systemを担うと提唱されていたが、続報で訂正されている。 ↓その続報。同じ著者らによる。 [PMID: 7868593](1995) dnrJ(-) mutantはRHOを蓄積するがcarminomycin→DNRを変換できる。配列解析でputative aminotransferaseのグループに似ている。よって、DnrJの役割はdaunosamine生合成の中間体にamino基を付加するためであると示唆される。 --- [PMID: 9209071](1997) dTDP-L-daunosamineの生合成に必要なdnmZUV genesのクローニングと特徴づけ。この論文においてdaunosamine生合成genesはdnmに統一され、dnrJ→dnmJに変更されている。 --- [PMID: 10631513](1999) 異種性ホストにおけるL-daunosamineの生合成と付着のための最少の情報は、dnmLMJVUTS genesによってコードされる。
Related Reference	ACC Q9F837 NITE Megalo_00050 PmId [16514147] In vivo characterization of the dTDP-D-desosamine pathway of the megalomicin gene cluster from Micromonospora megalomicea. (Microbiology. , 2006) [20418422] TDP-L-megosamine biosynthesis pathway elucidation and megalomicin a production in Escherichia coli. (Appl Environ Microbiol. , 2010) comment Blast 20th, id70%, 1e-147 Micromonospora megalomicea subsp. nigra_megDII TDP-3-keto-6-deoxyhexose 3-aminotransaminase [DoBISCUIT]NDP-hexose C-3 aminotransferase 異なる遺伝子セットを含んだオペロンによってE.coliで産生されたdTDP-sugar中間体のLC/MS/MS解析。セットの組み合わせによりMegDII の機能は確立されている。 MegDII は、desosamineとmegosamine両方の生合成において3-aminotransferaseとして働く。基質は各経路で少し異なる。
Related Reference	ACC Q2PC67 NITE Rubra_00230 PmId [16614891] Functional characterization of ketoreductase (rubN6) and aminotransferase (rubN4) genes in the gene cluster of Streptomyces achromogenes var. rubradiris. (Biotechnol Lett. , 2006) comment Blast 19th, id69%, 1e-147 Streptomyces achromogenes subsp. rubradiris_rubN4 Putative aminotransferase abstract: rubN6 and rubN4をHis-tagged fusion proteinsとしてE.coliで異種性に発現。それぞれのTDP-glucose 4-ketoreductase and TDP-glucose 3-aminotransferaseの機能性を、in vitro enzyme assayによって検証。

Sequence

>putative NDP-hexose C-3 aminotransferase
MSTYVWQYLNEYREERADILDAVETVFESGQLILGTSVRSFEEEFAAYHGLPYCTGVDNG
TNALVLGLRALGIGPGDEVVTVSNTAAPTVVAIDAVGATPVFVDVHEENYLMDTGRLRSV
IGPRTRCLLPVHLYGQSVDMTPVLELAAEHDLKVLEDCAQAHGARRHGRLVGTQGHAAAF
SFYPTKVLGAYGDGGAVVTPDAEVDRRLRRLRYYGMGERYYVVDTPGHNSRLDEVQAEIL
RRKLRRLDAYVEGRRAVARRYEEGLGDLDGLVLPTIAEGNDHVYYVYVVRHPERDRILEA
LTAYDIHLNISYPWPVHTMSGFAHLGYGPGDLPVTERLAGEIFSLPMYPSLRPDAQEKVI
DAVREVVGSL

>putative NDP-hexose C-3 aminotransferase
GTGTCCACCTACGTCTGGCAATACCTCAATGAATACCGGGAAGAACGCGCCGACATTCTC
GATGCGGTGGAAACCGTATTCGAGTCCGGCCAGCTTATTCTCGGGACCAGCGTCCGCTCT
TTCGAGGAGGAGTTCGCCGCTTATCACGGACTGCCGTACTGCACGGGCGTCGACAACGGC
ACCAACGCGCTGGTCCTCGGCCTGCGGGCGCTCGGCATCGGCCCGGGGGACGAGGTCGTG
ACGGTCTCCAACACCGCGGCCCCCACCGTGGTGGCCATCGACGCCGTGGGCGCCACCCCC
GTCTTCGTCGACGTGCACGAGGAGAACTACCTCATGGACACCGGCCGGCTCCGGTCGGTG
ATCGGCCCGCGCACCCGGTGCCTGCTGCCCGTCCACCTCTACGGACAGAGCGTGGACATG
ACCCCCGTGCTCGAACTCGCCGCCGAGCACGACCTGAAGGTGCTGGAGGACTGCGCCCAG
GCCCACGGTGCCCGCCGTCACGGACGGCTGGTCGGCACCCAGGGGCATGCGGCGGCCTTC
TCCTTCTACCCGACCAAGGTCCTCGGTGCCTACGGTGACGGCGGCGCCGTCGTCACGCCG
GACGCGGAAGTCGACCGGCGGCTGCGGCGGTTGCGCTACTACGGCATGGGGGAGCGCTAC
TACGTCGTGGACACCCCCGGGCACAACAGCAGGCTCGACGAGGTGCAGGCCGAGATCCTG
CGCCGGAAACTGCGCCGCCTCGACGCCTATGTCGAGGGCCGCCGGGCCGTCGCCCGCCGC
TACGAGGAGGGACTCGGTGACCTCGACGGCCTGGTGCTGCCCACGATCGCCGAGGGCAAC
GACCACGTCTACTACGTGTACGTGGTGCGTCACCCCGAACGCGACCGCATCCTGGAGGCG
CTCACCGCCTACGACATCCATCTCAACATCAGCTACCCCTGGCCCGTCCACACCATGAGC
GGATTCGCCCACCTCGGCTACGGCCCCGGCGACCTGCCGGTGACCGAACGGCTGGCCGGC
GAGATCTTCTCCCTGCCGATGTACCCCTCGCTGCGTCCCGACGCGCAGGAGAAGGTGATC
GACGCGGTGCGGGAGGTCGTCGGAAGCCTGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR000653 DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase (Family) PIRSF000390 PLP_StrS PF01041 DegT_DnrJ_EryC1 IPR015421 Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (Domain) G3DSA:3.40.640.10 PyrdxlP-dep_Trfase_major_sub1 IPR015422 Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2 (Domain) G3DSA:3.90.1150.10 PyrdxlP-dep_Trfase_major_sub2 IPR015424 Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (Domain) SSF53383 PyrdxlP-dep_Trfase_major
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

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