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Resis_00080 : CDS information

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Organism
StrainHKI-237
Entry nameResistomycin
Contig
Start / Stop / Direction6,569 / 6,997 / + [in whole cluster]
6,569 / 6,997 / + [in contig]
Location6569..6997 [in whole cluster]
6569..6997 [in contig]
TypeCDS
Length429 bp (142 aa)
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Category1.4 Other
Productputative holo-[acyl-carrier-protein] synthase
putative 4'-phosphopantetheinyl transferase AcpS
Product (GenBank)RemD protein
Gene
Gene (GenBank)remD
EC number2.7.8.7
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[14982421] A gene cluster encoding resistomycin biosynthesis in Streptomyces resistomycificus; exploring polyketide cyclization beyond linear and angucyclic patterns. (J Am Chem Soc. , 2004)
[18533655] Orchestration of discoid polyketide cyclization in the resistomycin pathway. (J Am Chem Soc. , 2008)
comment
[PMID:14982421](2004)
resistomycin生合成gene cluster全体を異種性発現により同定。

RemD: PPTase

機能推定はAA配列相同性から。
RemDは、apo-ACPs → 活性化されたholo-ACPsへ変換するPPTaseに高い相同性あり。

---
[PMID: 18533655](2008)
minimal rem PKSを検証。

remABDCI をS.lividans TK23で発現しても十分な量のpolyketide得られず。
delta-remABDCI と remABDCI のplasmidをS.lividans TK23で同時に発現すると、resistomycin産生が得られる。delta-remABDCI は、tetracenomycin生合成遺伝子の対応するgenes tcmJKLMNで相補されresistomycinを産生できる。

よって、直線状decaketide(tetracenomycin)と円盤状decaketide(resistomycin)の初期経路は同一であると言っている。

remABDCI + remFGLでresistomycin産生可能。
Related Reference
ACC
Q2MGB1
NITE
Fred_00280
PmId
[16895912] A dedicated phosphopantetheinyl transferase for the fredericamycin polyketide synthase from Streptomyces griseus. (J Biol Chem. , 2006)
comment
Blast 46th, id47%, 1e-11
Streptomyces griseus_acpS
Holo-[acyl-carrier-protein] synthase(EC 2.7.8.7)
[DoBISCUIT] holo-[acyl-carrier-protein] synthase_fdmW

fdmWの不活化はFDM産生を約93%減少、相補で回復。
fdm clusterのACP(fdmH)と他のACPsとの反応との比較から、FdmWがFDM生合成に特異的であるといえる。（他のACPsでも全くphosphopantetheinylateできないわけではない。）

FdmWとの酵素活性
FdmH ACP, with a K(m) of 5.8 microM and a k(cat)/K(m) of 8.1 microM(-1) x min(-1)
TcmM ACP with a K(m) of 1.0 x 10(2) microM and a k(cat) /K(m) of 0.6 microM(-1) x min(-1)

他のPPTasesとのalignment結果からN末37aa truncated FdmWを作成して活性測定し、PPTase活性にはこのN末部分が必要であることを確認している。
Family/Domain
FD
IPR002582
comment
[IPR002582] Holo-[acyl carrier protein] synthase (Family)
function; holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity

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selected fasta
>putative holo-[acyl-carrier-protein] synthase [RemD protein]
MSAAEALIAEALLNAPATVRGVGIDVVDVQRLRAMLERRGRPLYDRLFTPAELVLCEGGS
PRHRANRLAGRIAAKEAVRKSLGAHGQGCGWLDVEIGRAESGQPLPRVSGRAEEAFRRAS
FTGLHLSITHEAGLALAIALAV
selected fasta
>putative holo-[acyl-carrier-protein] synthase [RemD protein]
ATGTCTGCTGCTGAGGCGTTGATCGCGGAAGCCCTGCTGAACGCCCCCGCGACGGTCCGC
GGGGTCGGCATCGACGTCGTGGACGTCCAGCGACTGCGGGCCATGCTCGAACGCCGTGGA
CGGCCGCTGTACGACCGGCTGTTCACGCCCGCCGAACTGGTCCTGTGCGAGGGCGGCTCG
CCGCGCCACCGGGCCAACCGCCTGGCCGGCCGGATCGCCGCCAAGGAGGCCGTCCGCAAG
TCCCTCGGCGCGCACGGACAGGGCTGCGGGTGGCTGGACGTCGAGATCGGCCGCGCCGAG
TCCGGGCAGCCGCTGCCGCGGGTGTCCGGGCGGGCCGAGGAGGCCTTCCGGCGGGCCTCG
TTCACCGGACTGCACCTGAGCATCACGCACGAGGCGGGGCTCGCCCTGGCGATCGCCCTC
GCCGTCTAG

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR002582 Holo-[acyl carrier protein] synthase (Family)
[19-138] 5.20000000000001e-19 TIGR00516
TIGR00516   AcpS
IPR004568 Phosphopantethiene-protein transferase (Domain)
[20-138] 1.4e-20 TIGR00556
TIGR00556   Pantethn_trn
[25-104] PD004282
PD004282   PPantethiene-prot_Trfase
IPR008278 4'-phosphopantetheinyl transferase (Domain)
[18-141] 1.79999754022375e-22 SSF56214
SSF56214   4-PPT_transf
[19-141] 7.29999999999999e-33 G3DSA:3.90.470.20
G3DSA:3.90.470.20   G3DSA:3.90.470.20
[21-138] 7.4e-15 PF01648
PF01648   ACPS
SignalP
[1-21] 0.865 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
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