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Resis_00090 : CDS information

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Organism
StrainHKI-237
Entry nameResistomycin
Contig
Start / Stop / Direction7,042 / 7,293 / + [in whole cluster]
7,042 / 7,293 / + [in contig]
Location7042..7293 [in whole cluster]
7042..7293 [in contig]
TypeCDS
Length252 bp (83 aa)
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Category1.1 PKS
Productpolyketide synthase acyl carrier protein subunit
Product (GenBank)RemC protein
Gene
Gene (GenBank)remC
EC number
Keyword
  • type II PKS
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[14982421] A gene cluster encoding resistomycin biosynthesis in Streptomyces resistomycificus; exploring polyketide cyclization beyond linear and angucyclic patterns. (J Am Chem Soc. , 2004)
[18533655] Orchestration of discoid polyketide cyclization in the resistomycin pathway. (J Am Chem Soc. , 2008)
comment
[PMID:14982421](2004)
resistomycin生合成gene cluster全体を異種性発現により同定。

RemC: Acyl carrier protein

機能推定はAA配列相同性から。
probable rem ACP(RemC)は、知られたaromatic PKSsのACPsに弱い相同性しかなく、むしろFASのACPsに似ている。

ふつうはKSのすぐ後ろにあるが、KSをコードするremABとremCの間にはremDが存在する。RemDはapo-ACPsを活性化holo-ACPsへ変換するPPTaseに高い相同性あり。

---
[PMID: 18533655](2008)
minimal rem PKSを検証。

remABDCI をS.lividans TK23で発現しても十分な量のpolyketide得られず。
delta-remABDCI と remABDCI のplasmidをS.lividans TK23で同時に発現すると、resistomycin産生が得られる。delta-remABDCI は、tetracenomycin生合成遺伝子の対応するgenes tcmJKLMNで相補されresistomycinを産生できる。

よって、直線状decaketide(tetracenomycin)と円盤状decaketide(resistomycin)の初期経路は同一であると言っている。

remABDCI + remFGLでresistomycin産生可能。

close this sectionPKS/NRPS Module

ACP1..72

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selected fasta
>polyketide synthase acyl carrier protein subunit [RemC protein]
MDVREQVFAVMRGVGFDGDELADGKRLAEDLDIDSTELVEIVVALEQHFDITVDADAEGG
FTTVGDLVGCVGRLLSAGSAARG
selected fasta
>polyketide synthase acyl carrier protein subunit [RemC protein]
ATGGACGTACGAGAGCAGGTGTTCGCCGTGATGCGCGGCGTCGGGTTCGACGGGGACGAA
CTGGCGGACGGCAAGCGGCTGGCCGAGGACCTCGACATCGACTCGACCGAGTTGGTGGAG
ATCGTCGTCGCCCTGGAGCAGCACTTCGACATCACCGTCGACGCGGACGCCGAGGGCGGC
TTCACCACCGTCGGCGACCTGGTGGGCTGTGTCGGACGGCTGCTGTCCGCCGGCAGCGCC
GCCAGGGGGTGA
ACP1..72
ACP1..216

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR009081 Acyl carrier protein-like (Domain)
[18-70] 4.7e-07 PF00550
PF00550   PP-binding
[1-72] PS50075
PS50075   ACP_DOMAIN
[14-77] 4.00000000000001e-13 G3DSA:1.10.1200.10
G3DSA:1.10.1200.10   ACP_like
[3-81] 6.69999687625999e-11 SSF47336
SSF47336   ACP_like
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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