Resis_00100 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces resistomycificus
Strain	HKI-237
Entry name	Resistomycin
Contig	AJ585192
Start / Stop / Direction	7,298 / 7,750 / + [in whole cluster] 7,298 / 7,750 / + [in contig]
Location	7298..7750 [in whole cluster] 7298..7750 [in contig]
Type	CDS
Length	453 bp (150 aa)

Annotation

Category	3.4 other modification
Product	putative cyclase
Product (GenBank)	RemI protein
Gene
Gene (GenBank)	remI
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q70DW8 PmId [14982421] A gene cluster encoding resistomycin biosynthesis in Streptomyces resistomycificus; exploring polyketide cyclization beyond linear and angucyclic patterns. (J Am Chem Soc. , 2004) [18533655] Orchestration of discoid polyketide cyclization in the resistomycin pathway. (J Am Chem Soc. , 2008) comment [PMID:14982421](2004) resistomycin生合成gene cluster全体を異種性発現により同定。 RemI: Cyclase 機能推定はAA配列相同性から。 remABCI cassetteはtcmKLMN に機能的に等しい。 --- [PMID: 18533655](2008) minimal rem PKSを検証。 remABDCI をS.lividans TK23で発現しても十分な量のpolyketide得られず。 delta-remABDCI と remABDCI のplasmidをS.lividans TK23で同時に発現すると、resistomycin産生が得られる。delta-remABDCI は、tetracenomycin生合成遺伝子の対応するgenes tcmJKLMNで相補されresistomycinを産生できる。よって、直線状decaketide(tetracenomycin)と円盤状decaketide(resistomycin)の初期経路は同一であると言っている。 remABDCI + remFGLでresistomycin産生可能。
Related Reference	ACC P16559 PmId [1548230] Nucleotide sequence of the tcmII-tcmIV region of the tetracenomycin C biosynthetic gene cluster of Streptomyces glaucescens and evidence that the tcmN gene encodes a multifunctional cyclase-dehydratase-O-methyl transferase. (J Bacteriol. , 1992) [8692863] Deciphering the mechanism for the assembly of aromatic polyketides by a bacterial polyketide synthase. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 1996) [9195917] Domain analysis of the molecular recognition features of aromatic polyketide synthase subunits. (J Biol Chem. , 1997) [18388203] Crystal structure and functional analysis of tetracenomycin ARO/CYC: implications for cyclization specificity of aromatic polyketides. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2008) comment Blast 3rd, 39%, 2e-17, N-term部分hit[4-145/494aa] Streptomyces glaucescens_tcmN Multifunctional cyclase-dehydratase-3-O-methyl transferase tcmN -- [PMID: 1548230](1992) S.glaucescens由来の抗生剤tetracenomycin C (Tcm C)合成に関わる遺伝子の一つ、tcmNに関する実験論文。 Tcm C のC-3およびC-8 O-methylationをブロックするmutantでは、tcmNおよびtcmOが欠損。 DNAシークエンス解析やrecombinantタンパク(MBPとのfusionタンパク)の発現解析、相補試験などを行っている。 PKS genesとtcmN-N末domain(1-177)をplasmidに組み込み、産物解析をしている。この結果をふまえ、tcmNのN末domainは1つ以上の早期環化と、部分的に環化された中間体(Tcm F2)を導く付随したdehydrationsをおそらく担うと提唱。 -- [PMID: 8692863](1996) minimal PKS TcmJKLMによって形成されるdecaketideは、TcmNがないと自発的環化によってSEK15などの異常産物を形成。 TcmNを添加するとtetracenomycin Cの正常前駆体であるTcm F2産生を回復、拡大。形成されたTcm F2はきつくPKSに結合されている。 -- [PMID: 9195917](1997) TcmN-N末monodomain ARO/CYCとdidomain ARO/CYCsとの組み合わせで産物解析。 monodomain ARO/CYCsは配列はとても似ているのに、didomain ARO/CYCsのN末domainの代わりをできない。 didomain actinorhodin or griseusin ARO/CYCは、N末domainもC末domainも、それぞれ単独発現ではaromatase活性がない。 -- [PMID: 18388203](2008) Tcm ARO/CYCの結晶構造解析。 Docking, mutagenesis, in vivo assay実施。 2つのpocket残基R69 and Y35が1st- and 2nd-ring cyclization特異性に必須であることがわかった。最初の2環の位置特異的なcyclizationsと、続くaromatizationsは内部pocketで起こることが強く示唆されている。

Sequence

>putative cyclase [RemI protein]
MPRIENSIVIGADPRLVFDVTNDIARWSEIFDEYSHAKVLSEERDGRWTEIVFELTNEEG
AGWRSWRILDHRELVAVAERRDPLYPFAYMHLRWSYQEVPEGTLMTWIQDFELDDRFEVP
LATVLERMNTHTRHNQAGIKQKIESGAVRP

>putative cyclase [RemI protein]
ATGCCGCGGATCGAGAACAGCATCGTGATCGGGGCCGACCCCCGGCTTGTGTTCGACGTC
ACCAACGACATCGCCCGCTGGTCGGAGATCTTCGACGAGTACAGCCACGCCAAGGTCCTC
TCCGAGGAACGCGACGGCCGCTGGACGGAGATCGTGTTCGAGCTGACCAACGAGGAGGGG
GCCGGCTGGCGATCCTGGCGGATCCTGGACCACCGCGAGCTCGTGGCGGTCGCCGAACGC
CGCGATCCCCTCTACCCGTTCGCCTACATGCACCTGCGGTGGAGCTACCAGGAGGTTCCC
GAGGGGACGTTGATGACCTGGATCCAGGACTTCGAGCTCGACGACCGGTTCGAGGTCCCG
CTCGCGACGGTCCTGGAGCGGATGAACACGCACACCCGGCACAACCAGGCCGGCATCAAG
CAGAAGATCGAGTCGGGAGCCGTGCGGCCGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR019587 Polyketide cyclase/dehydrase (Family) PF10604 Polyketide_cyc2 IPR023393 START-like domain (Domain) G3DSA:3.30.530.20 G3DSA:3.30.530.20
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Resis_00090 Resis_00110