Resis_00130 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces resistomycificus
Strain	HKI-237
Entry name	Resistomycin
Contig	AJ585192
Start / Stop / Direction	9,469 / 10,299 / + [in whole cluster] 9,469 / 10,299 / + [in contig]
Location	9469..10299 [in whole cluster] 9469..10299 [in contig]
Type	CDS
Length	831 bp (276 aa)

Annotation

Category	3.4 other modification
Product	cyclase
Product (GenBank)	RemL protein
Gene
Gene (GenBank)	remL
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q70DW5 PmId [14982421] A gene cluster encoding resistomycin biosynthesis in Streptomyces resistomycificus; exploring polyketide cyclization beyond linear and angucyclic patterns. (J Am Chem Soc. , 2004) [18533655] Orchestration of discoid polyketide cyclization in the resistomycin pathway. (J Am Chem Soc. , 2008) comment [PMID: 14982421](2004) resistomycin生合成gene cluster全体を異種性発現により同定。 RemL: Cyclase 機能推定はAA配列相同性から。前例のないS字型polyketide foldに関し、鎖のfoldの向きを変更するためのcyclases候補。 --- [PMID:18533655](2008) delta-remF mutantはresistomycin非産生。代わりにtetracenomycin(Tcm) derivatives D3, D1, R1, R2を検出。 remFで相補可能、resistomycin産生回復。 remABDCI, remABDCI + remL, remABDCI + remGLでもresistomycin非産生で、Tcm derivatives D3, D1産生。remABDCI + remFGLでresistomycin産生。 resistomycin生合成のためにはRemI, F, Lの3つのcyclaseすべてが揃っていなくてはならない。 RemAB(KS-CLF) + RemIFLでカゴ状の複合体を形成し、その中でdecaketideはS字型に折りたたまれ、bis-nor-resistomycinが形成されると考えられている。 resistomycin = 円盤状decaketide tetracenomycin = 直線状decaketide
Related Reference	ACC O68500 NITE Adria_00160 PmId [9573189] The Streptomyces peucetius dpsY and dnrX genes govern early and late steps of daunorubicin and doxorubicin biosynthesis. (J Bacteriol. , 1998) [10419974] The Streptomyces peucetius dpsC gene determines the choice of starter unit in biosynthesis of the daunorubicin polyketide. (J Bacteriol. , 1999) comment Blast 7th, id45%, 2e-39 Streptomyces peucetius_dpsY Polyketide cyclase -- [PMID: 9573189](1998) daunorubicin(DNR),doxorubicin(DXR)生合成に関与。mutantが別の変換体であるUWM5を蓄積することから、合成系初期の12-deoxyaklanonic acid(aklanonic acid)形成反応を触媒すると考えられる。 -- 同じ著者らの続報 [PMID: 10419974](1999) pWHM1011: tcmJ+dpsABCDGEF = UWM5 pWHM1012: tcmJ+dpsABCDGEFY = AA dpsYがないとshunt産物UWM5産生。 dpsYがあるとaklanonic acid(AA)産生。
	ACC Q9L4U2 NITE Acla_00250 PmId [12715874] Studies on a second and third ring cyclization in anthracycline biosynthesis. (J Antibiot (Tokyo). , 2003) comment Blast 15th, id45%, 5e-37 Streptomyces galilaeus_aknW Putative cyclase 異種性遺伝子発現によるanthracycline生合成での2nd and 3rd ring cyclizationの研究に焦点を合わせた論文。 cyclase gene_dpsYにpoint mutationがあるanthracycline非産生Streptomyces peucetius mutant D2は、putative cyclase gene S. galilaeus_aknWまたはS. nogalater_snoaMを含んだplasmidで相補され、daunomycinsを産生した。
	ACC Q9RN54 NITE Nogl_00250 PmId [11683270] The entire nogalamycin biosynthetic gene cluster of Streptomyces nogalater: characterization of a 20-kb DNA region and generation of hybrid structures. (Mol Genet Genomics. , 2001) [12715874] Studies on a second and third ring cyclization in anthracycline biosynthesis. (J Antibiot (Tokyo). , 2003) comment Blast 16th, id45%, 2e-36 Streptomyces nogalater_snoaM Putative polyketide cyclase -- [PMID: 11683270](2001) S. nogalater genomic DNA fragmentの配列解析と、異種性発現による産物解析。 nogalamycin生合成に関する20ORFsが明らかになった。 snoaM: polyketide cyclase snoaMは、aknW, orf1, dpsY, mtmYなどpolyketide cyclaseと有意な類似性あり。 promoter下にsnoaMを含むplasmid pSYE66は、S.peucetius mutant D2を相補し、D2の特徴的な産物である間違って環化されたanthracycline代謝産物(UWM5)の代わりに、anthracycline glycosidesを産生させることができる。 --- [PMID: 12715874](2003) cyclase gene_dpsYにpoint mutationがあるanthracycline非産生Streptomyces peucetius mutant D2は、putative cyclase gene S. galilaeus_aknWまたはS. nogalater_snoaMを含んだplasmidで相補され、daunomycinsを産生した。内在性cyclaseを持つS. lividans TK24株でsnoaMを含んだplasmidを発現すると、10倍のauramycinoneを産生をもたらした。内在性活性による影響のないS. coelicolor CH999では、snoaMを含んだplasmidでのみ、auramycinoneが形成される。

Sequence

>cyclase [RemL protein]
MFVDLSIPVSRRAPGVEFEQWLHRDGIRHLSRRIRALPGDSRRDRFVNHLRWLTGSRRLR
EQDLPDGCFMSNEFYRMSVHQGTHVDAPFHYGPECEGRPAKKVMDLPLEWFHGPGVVLDV
RGCGGRVTAADVKDALRAAGPEVGPGWVVLFRTDSDLRLGTPAYYTESTAITPEAVDLLL
DLGVKVLGTDCWSFDGPARRMVEDFFATGDSGALWPTHLHGRRREFVQIEGLARLRALPD
GPFTFMAFPVALADAGAAWCRAVARTGFQESGPAPR

>cyclase [RemL protein]
GTGTTCGTCGATCTGAGCATCCCCGTCAGCCGCCGCGCCCCCGGCGTCGAGTTCGAGCAG
TGGCTCCACCGGGACGGCATCCGCCATCTCTCCCGCCGCATCCGGGCGTTGCCGGGGGAC
AGCCGCCGGGACCGGTTCGTCAACCACCTGCGCTGGCTGACCGGCAGCCGCCGGCTGCGC
GAGCAGGACCTGCCCGACGGCTGCTTCATGTCCAACGAGTTCTACCGGATGTCCGTCCAC
CAGGGCACCCACGTCGACGCGCCCTTCCACTACGGCCCGGAGTGCGAGGGTCGCCCCGCG
AAGAAGGTCATGGACCTGCCCCTGGAGTGGTTCCACGGCCCCGGTGTCGTCCTCGACGTG
CGCGGCTGCGGGGGCCGGGTGACGGCCGCCGACGTCAAGGACGCGTTGCGCGCGGCCGGC
CCGGAGGTCGGCCCCGGCTGGGTGGTGCTGTTCCGCACCGACTCCGACCTGCGGCTCGGC
ACACCGGCGTACTACACCGAGTCCACGGCGATCACCCCCGAGGCCGTCGACCTGCTCCTG
GACCTCGGCGTGAAGGTGCTCGGCACGGACTGCTGGAGCTTCGACGGGCCGGCCCGCCGG
ATGGTCGAGGACTTCTTCGCGACGGGCGACTCCGGCGCCCTGTGGCCCACCCATCTGCAC
GGCAGGCGACGGGAGTTCGTCCAGATCGAGGGGCTGGCCCGGCTGCGGGCGCTGCCGGAC
GGCCCGTTCACGTTCATGGCGTTCCCCGTAGCCCTCGCCGACGCGGGGGCGGCCTGGTGC
CGGGCGGTGGCGCGTACCGGGTTCCAGGAGTCCGGTCCCGCCCCAAGGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR007325 Putative cyclase (Family) PF04199 Cyclase
SignalP	Eukaryota
TMHMM	No significant hit

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