Fred_00070 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces griseus
Strain	ATCC 49344
Entry name	Fredericamycin
Contig	AF525490
Start / Stop / Direction	7,804 / 8,229 / + [in whole cluster] 7,804 / 8,229 / + [in contig]
Location	7804..8229 [in whole cluster] 7804..8229 [in contig]
Type	CDS
Length	426 bp (141 aa)

Annotation

Category	3.3 modification reduction
Product	putative oxidoreductase
Product (GenBank)	putative polyketide cyclase
Gene	fdmE
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)	FdmE
Reference	ACC Q2MGD2 PmId [16305230] Cloning, sequencing, analysis, and heterologous expression of the fredericamycin biosynthetic gene cluster from Streptomyces griseus. (J Am Chem Soc. , 2005) comment Fredericamycin(FDM) gene clusterの同定論文。 fdmE: polyketide cyclase fdmC-fdmT3のfragmentをS.albusへ導入し、FDM-A産生に十分であることを確認している。 dalta-fdmEFGHIJK mutantでFDM-A産生は完全になくなる。相補で回復。 TcmJへ高い配列類似がある。 TcmJの機能は完全には解明されていないが、PKS複合体の形成を促進してtetracenomycin産生を拡大するようなので、FdmJもFDM産生に関して同様に働くことが提唱されている。 minimal type II PKS + cyclasesの6genesの並びがtetracenomycin genesと一致している。
Related Reference	ACC P23157 PmId [15701630] A novel quinone-forming monooxygenase family involved in modification of aromatic polyketides. (J Biol Chem. , 2005) comment Blast 18th, id50%, 2e-31 Streptomyces coelicolor_SCO5319 16.7 kDa protein in whiE locus(WhiE ORF II) type III PKSに隣接して存在し、cupin superfamilyに属するMomAは、1,3,6,8-tetrahydroxynaphthalene (THN) → flaviolin へのmonooxygenationを触媒する。加えて基質としていくつかのpolyketidesを使用し、対応するquinoneを形成する。 MomAとAA配列類似のあるWhiE-ORFII はtype II minimal PKSの上流に隣接し、MomAと同様にTHNのmonooxygenationを触媒した。よってcupin superfamilyに属する新規クラスのquinone形成monooxygenasesは、types II and III のPKSsによって合成された芳香族polyketidesの修飾に関連する。 WhiE-ORFII とAA配列類似のあるTcmJについても考察していて、PKS componentとの接着剤として働くarchitectural proteinというこれまでの提唱とは異なり、後期修飾段階に関連すると想定している。 ElmJ, TcmJ, GrhSを含んだalignmentあり。 (ここで示されているCupin motif内の重要なsitesは、FdmEにも保存されている。)
Related Reference	ACC P16558 PmId [8244926] The tcmVI region of the tetracenomycin C biosynthetic gene cluster of Streptomyces glaucescens encodes the tetracenomycin F1 monooxygenase, tetracenomycin F2 cyclase, and, most likely, a second cyclase. (J Bacteriol. , 1993) [8248801] Enzymatic synthesis of a bacterial polyketide from acetyl and malonyl coenzyme A. (Science. , 1993) [9609708] Reconstitution of the iterative type II polyketide synthase for tetracenomycin F2 biosynthesis. (Biochemistry. , 1998) comment Blast 25th, id54%, 5e-30 Streptomyces glaucescens_tcmJ Tetracenomycin polyketide synthesis protein tcmJ --- [PMID:8244926](1993) tcmH, tcmI, tcmJの同定論文。・tcmH はtetracenomycin(TCM) F1 → TCM D3 へ変換するC-5 monooxygenaseをコードする。・tcmI はTCM F2 → TCM F1 へ変換するD-ring cyclaseをコードする。・tcmJ はTCM F2の生合成で働くB-ring cyclaseをおそらくコードする。TCM F2の生合成で、TcmNのN末domain（tcmN177 geneによってコードされる）はTcmJより遅くに働く。 --- [PMID: 8248801](1993) TcmKLMNにTcmJを追加すると4倍以上の全活性増加が見られた。 --- [PMIDなし, JACS, 1995, 117, 6811-6821] elmGHIJの同定論文[PMID: 11325225](2001)で、ElmJの機能提唱のために引用されている。 act PKS geneとtcm PKS gene, tcmN, tcmJを組み合わせたplasmidを導入して、その産物を確認している。 tcmJ geneは代謝産物量に影響しうるが、その生合成には必須ではない。この結果は[PMID:8244926]での報告と一致するとのこと。 TcmJの機能は謎なままであるが、TcmN と TcmJは相加的に作用すると考えられている。TcmN は、PKS複合体形成を促進させることで、または、cyclase TcmNをPKS複合体へ結合させることで、最適な活性を供給すると予測している。 --- [PMID: 9609708](1998) abstract 機能不明なTcmJはtetracenomycin F2の産生を非常に増やすが、再構成されたシステムにおいてcyclaseとしてTcmN(1st and 2nd ring cyclase)を置換できなかった。

Sequence

>putative oxidoreductase [putative polyketide cyclase]
MQTSDLIKVAVDDVEPNRARGGDLRVLLSPKTCGATSGFMGVGALEPGEFVSEHYHPYSE
EFFHAVEGRVLLRVDGRELVLEPGESFMVPIGVRHRIENPGSGTARVAFFLSPLAPRPEL
GHVDCEPLPGEGAPPEVGGAR

>putative oxidoreductase [putative polyketide cyclase]
ATGCAGACCTCAGACCTGATCAAAGTCGCCGTCGACGACGTCGAGCCCAACCGGGCGCGC
GGCGGCGACCTCCGTGTCCTGCTCAGCCCCAAGACCTGCGGAGCCACCTCGGGGTTCATG
GGCGTCGGCGCCCTGGAGCCCGGCGAGTTCGTCTCCGAGCACTACCACCCGTACTCCGAG
GAGTTCTTCCACGCCGTCGAGGGCCGTGTCCTGCTGCGGGTCGACGGCCGCGAACTGGTT
CTGGAGCCCGGCGAGTCCTTCATGGTCCCGATCGGCGTCCGGCACCGGATCGAGAACCCG
GGGTCCGGCACGGCCCGCGTCGCCTTCTTCCTGAGCCCGCTCGCCCCGCGCCCGGAGCTG
GGGCACGTGGACTGCGAGCCGCTGCCCGGCGAGGGCGCTCCGCCCGAGGTGGGGGGCGCG
CGATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR011051 RmlC-like cupin domain (Domain) SSF51182 RmlC_like_cupin IPR013096 Cupin 2, conserved barrel (Domain) PF07883 Cupin_2 IPR014710 RmlC-like jelly roll fold (Domain) G3DSA:2.60.120.10 RmlC-like_jellyroll IPR016672 Polyketide biosynthesis protein CurC, predicted (Family) PIRSF016602 CurC_prd
SignalP	Eukaryota Bacteria, Gram-negative
TMHMM	No significant hit

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