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Fred_00170 : CDS information

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Organism
StrainATCC 49344
Entry nameFredericamycin
Contig
Start / Stop / Direction14,322 / 15,383 / + [in whole cluster]
14,322 / 15,383 / + [in contig]
Location14322..15383 [in whole cluster]
14322..15383 [in contig]
TypeCDS
Length1,062 bp (353 aa)
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Category3.2 modification methylation
Productputative O-methyltransferase
Product (GenBank)putative o-methyltransferase
GenefdmN
Gene (GenBank)
EC number2.1.1.-
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • FdmN
Reference
ACC
PmId
[16305230] Cloning, sequencing, analysis, and heterologous expression of the fredericamycin biosynthetic gene cluster from Streptomyces griseus. (J Am Chem Soc. , 2005)
comment
Fredericamycin(FDM) gene clusterの同定論文。

fdmN: O-methyltransferase

fdmC-fdmT3のfragmentをS.albusへ導入し、FDM-A産生に十分であることを確認している。

tetracenomycin D3のphenolic OH基をO-methylationするbifunctional protein TcmNのC末領域へ高い配列類似があることから、FDM-AのD環（←A環の間違いと思われる）のOH基をO-methylationするmethyltransferaseであると提唱されている。

これはFdmNのhomologueがmethoxyquinone部分(A環)を持つpolyketideの生合成clusterに共通して見られることに一致する。
Related Reference
ACC
P16559
PmId
[1548230] Nucleotide sequence of the tcmII-tcmIV region of the tetracenomycin C biosynthetic gene cluster of Streptomyces glaucescens and evidence that the tcmN gene encodes a multifunctional cyclase-dehydratase-O-methyl transferase. (J Bacteriol. , 1992)
comment
Blast 4th, id52%, 1e-78, C-term部分hit[176-494/494aa]
Streptomyces glaucescens_tcmN
Multifunctional cyclase-dehydratase-3-O-methyl transferase tcmN

S.glaucescens由来の抗生剤tetracenomycin C (Tcm C)合成に関わる遺伝子の一つ、tcmNに関する実験論文。

Tcm CのC-3 OH基のメチル化に影響のあるtcmII, IV mutantでは、tcmII, IV領域に不全がある。
この領域からORF(tcmN)を同定。
tcmNを含むfragmentでこれらmutantsは相補される。

tcmNのN末側は117codonsまで削除されてもレベルは低下するものの相補が可能。
逆にC末側の削除は21codonsでも両mutantsの相補が激減する。
（と、本文にあるが、結果を示すTABLE 2からはそれを読み取れない。）

以上から、
・tcmNの翻訳が1つ以上の内部positionで開始できること、
・vivoではposition 118がstart siteとして使用されること、
・C末側は3-O-methyltransferaseをコードすること、
・N末側は3-O-methyltransferase不全の相補に関連しないこと、
が示唆されている。

TcmNのN末は非還元polyketide鎖のcyclaseであるが、その反応産物はTcmNのC末にあるmethyltransferaseの直接的な基質ではない。
ACC
Q7X2G8
NITE
Gilvo_00100
PmId
[22800463] Roles of the synergistic reductive O-methyltransferase GilM and of O-methyltransferase GilMT in the gilvocarcin biosynthetic pathway. (J Am Chem Soc. , 2012)
comment
Blast 72nd, id36%, 2e-49
Streptomyces griseoflavus_gilMT
Putative O-methyltransferase

GilMT and GilMの調査。
recombinant enzymesを使った合成中間体とのin vitro実験。

モデル基質として2-aryl-5-hydroxy-1,4-naphthoquinoneを使用。
E.coliで発現、精製されたGilMTは、SAM存在下でこの基質のphenyl環のOH基がメチル化された化合物5を蓄積することを確認している。SAMがないとこの反応は起こらない。

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selected fasta
>putative O-methyltransferase [putative o-methyltransferase]
MDTMTGVVGPALTASLPPHVRLLLLTDGKRISRVLHVLAELAVADELADGPLTVAELAVR
TDAHPDSLGRVLRVAAAFGVFEEREDGRYALTELSEVLRSDVPGSQRDMVLYNGTEMLWR
SYGSLLHTVRTGRPAFEAVYQQDFFTHLEENPQAGALFDRAMTGMSRATARMLLDSYDFG
RFLRLADVGGGRGLFLAEVLTRHPGSRGTLIDRPAVTGEAAGLLREAGVADRVEVVPGDF
FEELPKGHDAYVLKAVLHDWDDRRAAAILGRVRDALAGRPDGRLLICEFLVGPANQWDRG
KLLDLDMLVRFGGRERDADQWRALLAATGFELVNDPVPGRWAVLECRPVPADG
selected fasta
>putative O-methyltransferase [putative o-methyltransferase]
GTGGACACCATGACCGGTGTGGTCGGGCCGGCGTTGACCGCCTCGTTGCCGCCCCACGTA
CGCCTGTTGCTGCTGACGGACGGCAAACGGATATCCCGGGTGCTGCACGTCCTGGCCGAA
CTGGCCGTCGCCGACGAGCTGGCGGACGGACCGCTGACCGTCGCCGAGCTCGCCGTACGT
ACCGACGCCCACCCGGACTCCCTGGGGCGCGTGTTGCGGGTCGCCGCCGCGTTCGGCGTC
TTCGAGGAGCGGGAGGACGGCCGGTACGCGCTGACCGAGCTCAGCGAGGTGCTCCGCTCC
GACGTGCCCGGCAGCCAGCGGGACATGGTGCTCTACAACGGCACCGAGATGCTGTGGCGC
TCCTACGGCTCCCTCCTGCACACGGTGCGGACCGGCCGGCCCGCCTTCGAGGCGGTCTAC
CAGCAGGACTTCTTCACACACCTGGAGGAGAACCCGCAGGCGGGAGCCCTCTTCGACCGG
GCGATGACCGGGATGAGCCGGGCCACCGCGCGGATGCTCCTCGACAGTTACGACTTCGGG
CGGTTCCTCCGCCTCGCGGACGTGGGAGGTGGCCGCGGACTCTTCCTCGCCGAAGTGCTC
ACCCGTCATCCCGGAAGCCGGGGAACGCTGATCGACCGGCCGGCGGTGACCGGGGAGGCG
GCCGGGCTGCTCCGCGAGGCCGGGGTCGCCGACCGGGTCGAGGTGGTGCCCGGCGACTTC
TTCGAGGAGCTGCCGAAGGGCCATGACGCCTATGTGCTCAAGGCCGTGCTGCACGACTGG
GACGACCGGCGCGCGGCCGCCATCCTCGGCCGGGTCCGTGACGCGCTGGCGGGCCGCCCG
GACGGCCGGCTGCTGATCTGCGAGTTCCTCGTCGGCCCCGCCAACCAGTGGGACCGCGGC
AAATTGCTCGACCTGGACATGCTGGTCCGCTTCGGCGGCCGTGAGCGCGACGCGGACCAG
TGGAGGGCGCTGCTGGCGGCCACCGGCTTCGAGCTGGTGAACGACCCGGTGCCCGGGCGC
TGGGCGGTCCTGGAGTGCCGCCCGGTACCGGCCGACGGGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001077 O-methyltransferase, family 2 (Domain)
[86-325] 1e-62 PF00891
PF00891   Methyltransf_2
IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain)
[22-95] 8.59999999999999e-17 G3DSA:1.10.10.10
G3DSA:1.10.10.10   Wing_hlx_DNA_bd
IPR016461 O-methyltransferase, caffeic acid-type (Family)
[1-348] 1.09999909120787e-14 PIRSF005739
PIRSF005739   O-mtase
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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