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Dauno_00200 : CDS information

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Organism
StrainC5
Entry nameDaunorubicin
Contig
Start / Stop / Direction2,523 / 1,696 / - [in whole cluster]
674 / 1,501 / + [in contig]
Locationcomplement(1696..2523) [in whole cluster]
674..1501 [in contig]
TypeCDS
Length828 bp (275 aa)
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Category5.2 function unknown
Productputative doxorubicin biosynthesis protein
Product (GenBank)
GenedauV
Gene (GenBank)orfA
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[8655530] Isolation and characterization of a gene from Streptomyces sp. strain C5 that confers the ability to convert daunomycin to doxorubicin on Streptomyces lividans TK24. (J Bacteriol. , 1996)
comment
Streptomyces sp. strain C5のdoxA同定論文。
orfAはdoxAの上流に隣接しており、一緒に同定されている。

orfAは配列解析のみで機能は確認されていない。
id36%でStreptomyces griseus_OrfDに似ている。OrfDはputative threonine/serine kinase geneとリンクされた遺伝子によってコードされる機能不明なタンパク。
Related Reference
ACC
Q9ZAU2
NITE
Adria_00020
PmId
[9864344] Doxorubicin overproduction in Streptomyces peucetius: cloning and characterization of the dnrU ketoreductase and dnrV genes and the doxA cytochrome P-450 hydroxylase gene. (J Bacteriol. , 1999)
comment
Blast 2nd, id95%, 1e-144
Streptomyces peucetius_dnrV
Doxorubicin biosynthesis enzyme DnrV

doxAが不活化されると、RHO→13-deoxy-DNRまでしか進まない。
つまりその後の13-deoxy-DNR→13-dihydro-DNRをDoxAが担う。

dnrVが不活化されると、RHO→13-deoxy-DNRまでは進む。
そのあと、→13-dihydro-DNR→ Daunorubicin (DNR)は少しだけ進み、→ Doxorubicin (DXR)は産生されない。
このようにDnrVの動態はDoxAに似てるが少し異なる。

CYP450_DoxAが機能するためにはdoxAとdnrVが一緒に発現される必要があるようで、dnrV mutantではDoxA proteinがWBで検出されない。

しかしDnrVの正確な機能を説明することができない。
NADPH:ferredoxin oxidoreductasesと似ていないので、electron transport proteinではないみたい。

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selected fasta
>putative doxorubicin biosynthesis protein
MTRFAPGAPAWFDLGSPDVAASADFYTGLFGWTATVVSDPGAGGYTTFSSDGKLVAAVAR
HQIDTPYHRPYGPGNDQHGMPAIWTVYFATNDADALTKRVETAGGDVIMTPMDVLGLGRM
AVFADPSGAAFAVWRKGVMEGAEVTGVPGSVGWVELVTDDIGTARGFYRATLGLAPADTG
RKGVTDPVWHIHDTPVAGTRELGTTGAVRPHWAVLFSVHDCDATVRRAVELGGSVENEPV
DTPRGRRADLLDPHGAGFSVVELREAYPAAADGAS
selected fasta
>putative doxorubicin biosynthesis protein
GTGACCAGGTTCGCGCCCGGCGCCCCCGCATGGTTCGACCTCGGGTCGCCCGATGTCGCC
GCCTCGGCCGACTTCTACACCGGCCTCTTCGGCTGGACCGCGACCGTGGTCAGCGACCCG
GGTGCCGGGGGATACACGACGTTCAGCTCCGACGGGAAGCTGGTCGCCGCGGTCGCCCGC
CATCAGATCGACACGCCCTACCACCGTCCGTACGGGCCCGGCAACGACCAGCACGGCATG
CCGGCCATCTGGACCGTGTACTTCGCCACCAACGACGCCGACGCACTGACCAAACGGGTC
GAGACGGCGGGTGGCGACGTCATCATGACCCCGATGGACGTCCTCGGTCTCGGCCGGATG
GCGGTCTTCGCCGACCCATCGGGGGCCGCGTTCGCGGTGTGGCGCAAGGGCGTCATGGAG
GGCGCGGAGGTGACGGGCGTGCCCGGCTCGGTCGGCTGGGTGGAACTGGTGACCGACGAC
ATCGGGACCGCCCGTGGCTTCTACCGTGCGACCCTCGGCCTGGCTCCGGCCGACACCGGA
CGCAAGGGCGTCACCGACCCGGTTTGGCACATCCATGACACACCGGTCGCCGGCACCCGG
GAACTGGGCACGACCGGCGCGGTACGGCCCCACTGGGCCGTGCTGTTCTCCGTGCACGAC
TGCGACGCGACGGTCCGGCGGGCCGTCGAACTCGGCGGCTCCGTCGAGAACGAGCCCGTC
GACACCCCCAGGGGGCGGCGGGCGGACCTGCTCGACCCGCACGGGGCCGGCTTCTCGGTG
GTCGAACTGCGGGAGGCGTACCCCGCGGCGGCGGACGGTGCCTCATGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR025870 Glyoxalase-like domain (Domain)
[15-134] 3.1e-15 PF12681 [157-259] 4.5e-11 PF12681
PF12681   Glyoxalase_2
SignalP
[1-22] 0.307 Signal
Bacteria, Gram-positive   
[1-10] 0.509 Signal
Bacteria, Gram-negative   
TMHMM No significant hit
Dauno_00210 Dauno_00210   Dauno_00010 Dauno_00010
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