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Urd_00070 : CDS information

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Organism
StrainTü2717
Entry nameUrdamycin
Contig
Start / Stop / Direction9,120 / 8,557 / - [in whole cluster]
9,120 / 8,557 / - [in contig]
Locationcomplement(8557..9120) [in whole cluster]
complement(8557..9120) [in contig]
TypeCDS
Length564 bp (187 aa)
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Category4.1 transcriptional regulator
Productputative TetR family transcriptional regulator
Product (GenBank)regulatory protein
Gene
Gene (GenBank)urdK
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • UrdK
Reference
ACC
PmId
[10658661] Two new tailoring enzymes, a glycosyltransferase and an oxygenase, involved in biosynthesis of the angucycline antibiotic urdamycin A in Streptomyces fradiae Tu2717. (Microbiology. , 2000)
comment
urdamycin生合成clusterの追加クローニング。
urdKについては配列解析のみ。

UrdKはregulatory genesに似ている。
S.cyanogenus S136_LanKにid53%
Related Reference
ACC
Q9ZGB7
NITE
Lando_00230
PmId
[18537830] Coordination of export and glycosylation of landomycins in Streptomyces cyanogenus S136. (FEMS Microbiol Lett. , 2008)
[20583594] Properties of lanK-based regulatory circuit involved in landomycin biosynthesis in Streptomyces cyanogenus S136. (Genetika. , 2010)
comment
Blast 10th, id53%, 2e-49
Streptomyces cyanogenus_lanK
LanK

--
[PMID:18537830](2008)
反対向きの遺伝子ペア TetR-family regulator (lanK) and efflux protein (lanJ)の特徴づけ。

lanJ過剰発現株は外因的に加えたlandomycin A and Dへの抵抗性が増す。
lanK過剰発現株はlandomycins Aへの抵抗性が低い。
よって提唱されている通りLanJはlandomycinsを排出して抵抗性をもたらすefflux proteinであり、LanKはlanJを支配下に置くrepressorである。

また、各mutantはlandomycin D(糖側鎖がdisaccharide)を蓄積する。
lanJとその下流にあるNDP-L-rhodinose biosynthetic gene_lanZ1は同一転写unitの可能性あり。
lanK破壊mutantは、lanJ or lanZ1どちらかの発現ではlandomycin A産生を回復しない。
よってLanKは、landomycins排出を担うlanJと、ladomycin D→landomycin Aへの変換に関与するいくつかの下流遺伝子を抑制している。

LanKを精製してbinding assay実施。
LanKはlanKJpに結合し、lanK自身を結合しない。
landomycin A, B, EはLanK-DNA bindingをなくすが、landomycin Dは高濃度でも影響しない。

landomycin Aがvivoでの効率的なLanK ligandであると確認。

--
[PMID:20583594](2010)
LanKはoligomerとして機能する。
LanKは様々なlandomycinsを認識でき、landomycin Aに高感度。

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selected fasta
>putative TetR family transcriptional regulator [regulatory protein]
MTTPKSTRQKIQEVALELFVEQGYEKTSLRGIAERLNVTKPAIYYHFQTKEAILISLFQD
LGQPLAEIIAWAQEQPRTLETKKELLTRYSIALHNAAPLFRFMQENQATVRQLSVGQDFK
DRVGAMAGLIKEPGAPLADQVRCISALFTVHFGTFAMQELDGDPEDKRQELLDVAIELVS
TVHSGAV
selected fasta
>putative TetR family transcriptional regulator [regulatory protein]
ATGACAACGCCCAAGTCCACCCGCCAGAAGATTCAGGAAGTCGCCCTCGAACTCTTCGTC
GAGCAGGGCTATGAGAAGACTTCACTCCGCGGGATCGCCGAGAGACTGAATGTGACAAAA
CCAGCCATTTACTACCATTTTCAGACGAAGGAGGCCATTCTCATCAGCCTCTTCCAGGAT
CTGGGGCAGCCGCTGGCGGAGATCATCGCTTGGGCGCAGGAACAGCCCCGCACTCTGGAG
ACGAAGAAGGAACTGCTCACCCGGTACAGCATCGCCCTGCACAACGCGGCACCACTCTTC
CGGTTCATGCAGGAGAACCAGGCCACGGTGCGACAGCTCAGTGTCGGTCAGGATTTCAAG
GACCGGGTCGGCGCCATGGCGGGCCTGATCAAGGAGCCGGGTGCCCCGCTCGCGGACCAG
GTCCGCTGCATCAGCGCGCTGTTCACCGTCCATTTCGGCACCTTCGCGATGCAGGAACTG
GACGGCGATCCCGAGGACAAGCGCCAGGAGTTGCTCGATGTCGCCATTGAGCTGGTCTCG
ACGGTGCACTCGGGGGCAGTGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001647 DNA-binding HTH domain, TetR-type (Domain)
[11-56] 4.70000000000001e-18 PF00440
PF00440   TetR_N
[5-65] PS50977
PS50977   HTH_TETR_2
[11-24] 5.09999882439978e-11 PR00455 [32-55] 5.09999882439978e-11 PR00455
PR00455   HTHTETR
IPR009057 Homeodomain-like (Domain)
[3-76] 4.19999771339581e-18 SSF46689
SSF46689   Homeodomain_like
IPR015893 Tetracycline transcriptional regulator, TetR-like, C-terminal (Domain)
[5-179] 1.9e-27 G3DSA:1.10.357.10
G3DSA:1.10.357.10   TetR_C
IPR023772 DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site (Conserved_site)
[23-54] PS01081
PS01081   HTH_TETR_1
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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