Acla_00250 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces galilaeus
Strain	ATCC 31615
Entry name	Aclacinomycin A
Contig	AF264025
Start / Stop / Direction	27,271 / 28,050 / + [in whole cluster] 11,116 / 11,895 / + [in contig]
Location	27271..28050 [in whole cluster] 11116..11895 [in contig]
Type	CDS
Length	780 bp (259 aa)

Annotation

Category	3.4 other modification
Product	cyclase
Product (GenBank)	putative cyclase
Gene
Gene (GenBank)	aknW
EC number
Keyword	2nd and 3rd ring
Note
Note (GenBank)	AknW
Reference	ACC Q9L4U2 PmId [11016846] A gene cluster from Streptomyces galilaeus involved in glycosylation of aclarubicin. (Mol Gen Genet. , 2000) [12715874] Studies on a second and third ring cyclization in anthracycline biosynthesis. (J Antibiot (Tokyo). , 2003) comment [PMID: 11016846](2000) anthracycline生合成gene clusterの15kb領域をクローニング、特徴づけ。 AknW: Putative cyclase MtmY and DpsYに似ているので、aklavinoneの芳香環を閉じるcyclaseをおそらくコードする。 aknWも含むplasmid pSgs4は、aklavinoneを蓄積するS. galilaeus mutants H063と、rhodinose and deoxyfucose residuesを持つaklavinoneを産生するH054で、aclacinomycinsの産生を回復。 ε-rhodomycinone(RHO)を蓄積するS. peucetius mutants M18におけるpSgs4の導入は、 RHO, L-rhamnosyl-RHO, L-daunosaminyl-RHO をもたらす。 glycosyltransferasesに欠損がないRHO蓄積S. peucetius mutants M90へのpSgs4の導入は、 RHO と L-rhamnosyl-RHO をもたらす。また、aknW, aknX2, aknYとC末を欠いたaknZを含むpSgs44は、H063を完全に、H054とH065 mutantを部分的に相補する。でも、AknWは芳香環化を担うと考えられるのでこれらの相補には影響していない、と述べられている。 --- [PMID: 12715874](2003) 異種性遺伝子発現によるanthracycline生合成での2nd and 3rd ring cyclizationの研究に焦点を合わせた論文。 cyclase gene_dpsYにpoint mutationがあるanthracycline非産生Streptomyces peucetius mutant D2は、putative cyclase gene S. galilaeus_aknWまたはS. nogalater_snoaMを含んだplasmidで相補され、daunomycinsを産生した。
Related Reference	ACC Q9RN54 NITE Nogl_00250 PmId [11683270] The entire nogalamycin biosynthetic gene cluster of Streptomyces nogalater: characterization of a 20-kb DNA region and generation of hybrid structures. (Mol Genet Genomics. , 2001) [12715874] Studies on a second and third ring cyclization in anthracycline biosynthesis. (J Antibiot (Tokyo). , 2003) comment Blast 7th, id73%, 1e-105 Streptomyces nogalater_snoaM Putative polyketide cyclase -- [PMID: 11683270](2001) S. nogalater genomic DNA fragmentの配列解析と、異種性発現による産物解析。 nogalamycin生合成に関する20ORFsが明らかになった。 snoaM: polyketide cyclase snoaMは、aknW, orf1, dpsY, mtmYなどpolyketide cyclaseと有意な類似性あり。 promoter下にsnoaMを含むplasmid pSYE66は、S.peucetius mutant D2を相補し、D2の特徴的な産物である間違って環化されたanthracycline代謝産物(UWM5)の代わりに、anthracycline glycosidesを産生させることができる。 --- [PMID: 12715874](2003) cyclase gene_dpsYにpoint mutationがあるanthracycline非産生Streptomyces peucetius mutant D2は、putative cyclase gene S. galilaeus_aknWまたはS. nogalater_snoaMを含んだplasmidで相補され、daunomycinsを産生した。内在性cyclaseを持つS. lividans TK24株でsnoaMを含んだplasmidを発現すると、10倍のauramycinoneを産生をもたらした。内在性活性による影響のないS. coelicolor CH999では、snoaMを含んだplasmidでのみ、auramycinoneが形成される。
Related Reference	ACC O68500 NITE Adria_00160 PmId [9573189] The Streptomyces peucetius dpsY and dnrX genes govern early and late steps of daunorubicin and doxorubicin biosynthesis. (J Bacteriol. , 1998) [10419974] The Streptomyces peucetius dpsC gene determines the choice of starter unit in biosynthesis of the daunorubicin polyketide. (J Bacteriol. , 1999) comment Blast 10th, id70%, 2e-99 Streptomyces peucetius_dpsY Polyketide cyclase -- [PMID: 9573189](1998) daunorubicin(DNR),doxorubicin(DXR)生合成に関与。mutantが別の変換体であるUWM5を蓄積することから、合成系初期の12-deoxyaklanonic acid(aklanonic acid)形成反応を触媒すると考えられる。 -- 同じ著者らの続報 [PMID: 10419974](1999) pWHM1011: tcmJ+dpsABCDGEF = UWM5 pWHM1012: tcmJ+dpsABCDGEFY = AA dpsYがないとshunt産物UWM5産生。 dpsYがあるとaklanonic acid(AA)産生。

Sequence

>cyclase [putative cyclase]
MRIIDLSSPVDAAGFEPDPVVHDVLGPKEAATHMSEEMREHFGIDFDPAELPEGEFLSLD
RLQLTTHTGTHVDAPSHYGTRAAYRDGPPRHIDEMPLDWFFRPAVVLDLSDQGTGAVGAD
VLRREMDRIGHTPSPMDIVLLRTGADAWAGTPKYFTDFTGLDGSAVHLLLDLGVRVIGTD
AFSLDAPFGDIITRYRATGDPSVLWPAHVIGRDREYCQVERLAGLDRLPAAHGFRVACFP
VRIAGAGAGWTRAVALVDE

>cyclase [putative cyclase]
GTGCGCATCATCGACCTGTCCTCACCCGTGGACGCGGCGGGTTTTGAACCTGATCCCGTC
GTGCACGACGTTCTCGGTCCGAAGGAGGCCGCCACGCACATGAGCGAGGAGATGCGTGAG
CACTTCGGCATCGACTTCGATCCGGCGGAACTGCCGGAGGGCGAATTCCTCTCGCTCGAC
CGTCTCCAGCTGACCACCCACACCGGAACCCATGTCGACGCGCCCTCGCACTACGGCACG
CGCGCCGCGTACCGGGACGGTCCGCCGCGGCACATCGACGAGATGCCGCTCGACTGGTTC
TTCCGGCCCGCCGTCGTCCTCGACCTCAGCGACCAGGGCACGGGCGCGGTCGGCGCCGAC
GTGCTGCGGCGGGAGATGGACCGGATCGGCCACACTCCCTCGCCCATGGACATCGTCCTG
CTCAGGACCGGTGCCGACGCGTGGGCGGGAACCCCGAAGTACTTCACGGACTTCACCGGG
CTGGACGGTTCGGCCGTGCACCTGCTGCTGGACCTGGGGGTGCGGGTGATCGGCACGGAC
GCGTTCAGCCTGGACGCGCCGTTCGGCGACATCATCACCCGCTACCGGGCCACGGGCGAC
CCGTCGGTCCTGTGGCCCGCCCATGTCATCGGGCGGGACCGGGAGTACTGCCAGGTCGAG
CGGCTCGCCGGGCTCGACCGGCTGCCCGCCGCGCACGGGTTCCGGGTCGCGTGCTTCCCG
GTGCGGATCGCCGGAGCGGGCGCCGGCTGGACGAGGGCGGTGGCCCTGGTCGACGAGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR007325 Putative cyclase (Family) PF04199 Cyclase
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Acla_00240 Acla_00260