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Alnu_00020 : CDS information

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Organism
StrainCM020
Entry nameAlnumycin
Contig
Start / Stop / Direction1,178 / 483 / - [in whole cluster]
1,178 / 483 / - [in contig]
Locationcomplement(483..1178) [in whole cluster]
complement(483..1178) [in contig]
TypeCDS
Length696 bp (231 aa)
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Category5.1 general function
Productputative nucleotidyltransferase
Product (GenBank)Aln1
Gene
Gene (GenBank)aln1
EC number2.7.7.-
Keyword
  • coenzyme F420
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[18940666] Characterization of the alnumycin gene cluster reveals unusual gene products for pyran ring formation and dioxan biosynthesis. (Chem Biol. , 2008)
comment
alnumycin gene clusterのクローニング、シークエンス。
aln2-alnT2の領域をS.albusに導入して、alnumycin産生されることを確認している。
この結果からalnR1 and aln1はalnumycin生合成に絶対的に必要ではないが、それでもnative hostでの関与は除外できない、と述べられている。

Aln1: Unknown
Related Reference
ACC
A0QUZ4
PmId
[17660436] Mycobacterium smegmatis mc2 155 fbiC and MSMEG_2392 are involved in triphenylmethane dye decolorization and coenzyme F420 biosynthesis. (Microbiology. , 2007)
comment
Blast 46th, id40%, 3e-16
Mycobacterium smegmatis_cofC(MSMEG_2392)
2-phospho-L-lactate guanylyltransferase(EC 2.7.7.68)

ふつうはtriphenylmethane dyesに耐性のあるMycobacteriumの、脱色できないmutantから同定された遺伝子が、7,8-didemethyl-8-hydroxy-5-deazariboflavin(FO) synthase_fbiC ortholog と MSMEG_2392。

fbiC mutantは、coenzyme F420 も FO も欠いている。
MSMEG_2392 mutantsは、FOは含むが、coenzyme F420を欠く。

またこのmutant株は、redox-cycling agentsであるplumbagin and menadioneによってもたらされる酸化ストレスにも敏感。補完された株で回復。

これらの結果から、MSMEG_2392はcoenzyme F420の生合成に関与することが示された。

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selected fasta
>putative nucleotidyltransferase [Aln1]
MWSVVLPVKSFSRAKSRLAAGLGPWRQELAHAFFLDTLWAVRNTEGVRTVVVVTADPLAA
SQARTLGALVCPDAPDPDLNDAIRLGAAKCRSVGPEGPVAVLTADLPGLRPRELEHVLGE
ARHHQRAFVADHTGEGTTVLTALTTSGISPAFGTDSAHRHASLGAFPVDMPSDCGIRLDV
DTPEDLARVALRGVGPYTAALFRLRKARYPVAADPVQAVEGVQGASATASS
selected fasta
>putative nucleotidyltransferase [Aln1]
GTGTGGTCGGTGGTGCTCCCGGTCAAGTCGTTCAGCAGGGCCAAGAGCCGGCTAGCGGCA
GGGCTGGGGCCGTGGCGCCAGGAACTGGCCCACGCCTTCTTCCTGGACACACTCTGGGCC
GTACGCAACACCGAAGGGGTCCGTACGGTCGTGGTGGTGACGGCCGATCCCCTGGCCGCC
TCGCAGGCCCGCACCCTGGGCGCGCTGGTCTGCCCGGACGCACCCGATCCCGACCTCAAC
GACGCCATACGCCTGGGGGCCGCCAAGTGCCGCTCGGTGGGCCCCGAGGGCCCGGTGGCG
GTACTCACCGCCGACCTGCCGGGCCTGCGTCCACGCGAACTGGAGCACGTCCTAGGGGAG
GCCCGTCACCACCAACGGGCCTTCGTAGCCGACCACACAGGCGAAGGAACCACCGTCCTG
ACCGCACTCACCACCTCCGGCATCTCGCCCGCCTTCGGCACGGACTCCGCCCACCGGCAC
GCCTCGCTCGGGGCGTTCCCCGTCGACATGCCGAGCGACTGCGGCATCCGGCTGGACGTG
GACACCCCGGAGGACCTGGCGCGGGTGGCGCTGCGAGGGGTGGGGCCGTACACGGCGGCG
CTGTTCCGCCTACGGAAGGCGAGGTATCCGGTGGCGGCCGACCCCGTCCAGGCCGTTGAG
GGCGTTCAGGGTGCTTCGGCGACGGCTTCCTCGTAA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR002835 2-phospho-L-lactate guanylyltransferase, CofC (Family)
[4-211] 1.2e-12 PF01983
PF01983   CofC
[4-197] 3.2e-46 TIGR03552
TIGR03552   F420_cofC
SignalP
[1-32] 0.434 Signal
Bacteria, Gram-positive   
[1-40] 0.638 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
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