Alnu_00090 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces sp.
Strain	CM020
Entry name	Alnumycin
Contig	EU852062
Start / Stop / Direction	6,389 / 7,180 / + [in whole cluster] 6,389 / 7,180 / + [in contig]
Location	6389..7180 [in whole cluster] 6389..7180 [in contig]
Type	CDS
Length	792 bp (263 aa)

Annotation

Category	3.3 modification reduction
Product	putative polyketide C-9 ketoreductase
Product (GenBank)	AlnP ketoreductase
Gene
Gene (GenBank)	alnP
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC B6SEF4 PmId [18940666] Characterization of the alnumycin gene cluster reveals unusual gene products for pyran ring formation and dioxan biosynthesis. (Chem Biol. , 2008) comment alnumycin gene clusterのクローニング、シークエンス。 aln2-alnT2の領域をS.albusに導入して、alnumycin産生されることを確認している。 AlnP: Ketoreductase 配列解析から、新生polyketideをC-9で還元するketoreductaseであると提唱されている。
Related Reference	ACC Q8VWB5 PmId [8157619] Nucleotide sequence of the aknA region of the aklavinone biosynthetic gene cluster of Streptomyces galilaeus. (J Bacteriol. , 1994) comment Blast 4th, id71%, 2e-97 Streptomyces galilaeus(3AR-33)_aknA AknA 2-hydroxyaklavinone(polyketide C9の位置にOH基が残っているaklavinone)を産生するS. galilaeus ANR-58では、aknAの配列に変更がある。
	ACC Q56166 NITE Jado_00110 PmId [7881555] Cloning and characterization of polyketide synthase genes for jadomycin B biosynthesis in Streptomyces venezuelae ISP5230. (Microbiology. , 1994) [9224566] Iterative type II polyketide synthases, cyclases and ketoreductases exhibit context-dependent behavior in the biosynthesis of linear and angular decapolyketides. (Chem Biol. , 1997) comment Blast 20th, id65%, 5e-94 Streptomyces venezuelae Ketoreductase [DoBISCUIT]9-ketoreductase_ORF5(jadE) -- [PMID:7881555](1994) ORF5は配列解析からketoreductaseであると提唱されている。 ORF2-ORF4領域(ORF5も含まれる)を含んだplasmidの染色体DNAへの組み込みは、jadomycin B産生を激しく抑制したが、成長や胞子色素沈着には影響なし。 -- [PMID: 9224566](1997) minimal PKS + KR + CYCをjadomycin, daunorubicin, tetracenomycinのgenesで構成し、そのplasmid発現株での産物を解析。 JadEはdecaketideだけでなく、octaketideも還元できる。
	ACC Q54812 NITE Adria_00250 PmId [9224566] Iterative type II polyketide synthases, cyclases and ketoreductases exhibit context-dependent behavior in the biosynthesis of linear and angular decapolyketides. (Chem Biol. , 1997) comment Blast 22nd, id66%, 4e-93 Streptomyces peucetius_dpsE Daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase [DoBISCUIT]C-9 ketoreductase DpsEは、DpsFによる環化に先立って必要なC-9還元を担う、decaketideに特異的なketoreductaseであることが実験で確認されている。 minimal PKS + KR + CYCをjadomycin, daunorubicin, tetracenomycinのgenesで構成し、そのplasmid発現株での産物を解析。 DpsE KRはdecaketidesを還元できるが、octaketidesを還元できない。 JadEはdecaketideだけでなく、octaketideも還元できる。 JadD, DpsFの両cyclasesはC-9で還元されたdecaketidesの位置特異的なfirst-ring cyclase/dehydrasesである。
	ACC P16544 NITE Actino_00170 PmId [2394677] Biosynthesis of anthraquinones by interspecies cloning of actinorhodin biosynthesis genes in streptomycetes: clarification of actinorhodin gene functions. (J Bacteriol. , 1990) [15458634] The crystal structure of the actIII actinorhodin polyketide reductase: proposed mechanism for ACP and polyketide binding. (Structure. , 2004) [18205400] Inhibition kinetics and emodin cocrystal structure of a type II polyketide ketoreductase. (Biochemistry. , 2008) [18691223] Localization of the ActIII actinorhodin polyketide ketoreductase to the cell wall. (FEMS Microbiol Lett. , 2008) comment Blast 30th, id65%, 2e-91 Streptomyces coelicolor_actIII Putative ketoacyl reductase [DoBISCUIT]C-9 ketoreductase --- [PMID: 2394677](1990) anthracyclines 2-hydroxyaklavinoneを産生するStreptomyces galilaeus ATCC 31671にactIII を導入すると、aklavinoneが独占的に形成される。よってActIII がC-9でのketo基の還元することが示される。 --- [PMID:15458634](2004) activeな4量体のS.coelicolor type II polyketide KR (actIII )とその結合cofactor NADP+との結晶構造を測定。観察結果に基づき、ACP and polyketide bindingのモデルを構築。 --- [PMID:18205400](2008) ActKRの基質が直線polyketideなのか、環化されたpolyketideなのかを、不安定な自然基質に代わり、安定な基質候補でスクリーニング。 linear or monocyclic ketones, acetoacetyl-CoA or acetoacetyl-ACPで活性見られず。 bicyclic ketoneのtrans-1-decalone, 2-decalone, and alpha-tetraloneに酵素活性あり。その他の実験結果も総合し、C9位置特異性は、active siteでのthree-point dockingと、基質のC7-C12環形状による二重の制約の結果である。 --- [PMID:18691223](2008) PKS-KS subunitは細胞膜、ketoreductase_ActIII は細胞壁にある。

Sequence

>putative polyketide C-9 ketoreductase [AlnP ketoreductase]
MEQVQAPRGTAVVTGATRGIGRSVAASLGALGHPVYLCARDEEALTQTVKELQESGVTAD
GTVCDVTSAESVQRFVQSAVDRFGPVEVLVNNAGRSGGGVTAEIPDELWFDVINTNLNSV
FLVTKQVLTTGRMRELKRARIVSIASTGGKQGVVFGAPYSASKHGVVGFTKALGLELAKS
GITVNAVCPGYVETPMAGNVRQHYARIWNTTEDEVLERFNAKIPLGRYTDPDEVAAMVAY
LVSDAAAAVTAQAINVCGGLGNY

>putative polyketide C-9 ketoreductase [AlnP ketoreductase]
ATGGAGCAGGTACAGGCCCCCCGGGGCACCGCCGTCGTCACCGGAGCGACCCGGGGCATC
GGACGGTCCGTCGCGGCCTCCCTGGGCGCGCTCGGACACCCCGTCTACCTCTGCGCCCGG
GACGAGGAAGCCCTCACCCAGACCGTCAAGGAGCTCCAGGAGAGCGGTGTGACGGCAGAC
GGAACCGTGTGCGACGTGACCTCGGCCGAGAGCGTGCAGCGGTTCGTCCAGTCCGCCGTC
GACCGGTTCGGTCCCGTTGAGGTCCTGGTGAACAACGCCGGGCGCAGCGGTGGCGGCGTC
ACCGCCGAGATCCCCGACGAGCTCTGGTTCGACGTCATCAACACCAACCTCAACAGCGTC
TTCCTGGTCACCAAGCAGGTGCTGACCACCGGCCGGATGCGTGAGCTGAAGCGCGCCAGG
ATCGTCAGCATCGCCTCCACGGGCGGCAAGCAGGGCGTCGTGTTCGGGGCGCCCTACTCG
GCCTCCAAGCACGGCGTGGTCGGGTTCACCAAGGCCCTCGGCCTCGAACTGGCCAAGAGC
GGAATCACCGTCAACGCGGTCTGCCCCGGCTATGTGGAGACGCCCATGGCGGGCAACGTG
CGCCAGCACTACGCCCGTATCTGGAACACCACCGAGGACGAGGTCCTGGAGCGGTTCAAC
GCCAAGATCCCCCTCGGCCGCTACACCGACCCCGACGAGGTCGCCGCCATGGTGGCGTAT
CTCGTCTCGGACGCGGCGGCGGCCGTCACCGCGCAGGCGATCAACGTCTGCGGAGGCCTC
GGAAACTACTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR002198 Short-chain dehydrogenase/reductase SDR (Family) PIRSF000126 11-beta-HSD1 PF00106 adh_short PR00080 SDRFAMILY IPR002347 Glucose/ribitol dehydrogenase (Family) PR00081 GDHRDH IPR016040 NAD(P)-binding domain (Domain) G3DSA:3.40.50.720 NAD(P)-bd IPR020904 Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site (Conserved_site) PS00061 ADH_SHORT
SignalP	Bacteria, Gram-positive Bacteria, Gram-negative
TMHMM	No significant hit

Alnu_00080 Alnu_00100