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Alnu_00140 : CDS information

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Organism
StrainCM020
Entry nameAlnumycin
Contig
Start / Stop / Direction11,401 / 11,868 / + [in whole cluster]
11,401 / 11,868 / + [in contig]
Location11401..11868 [in whole cluster]
11401..11868 [in contig]
TypeCDS
Length468 bp (155 aa)
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Category5.1 general function
Productputative oxidoreductase
Product (GenBank)Aln3
Gene
Gene (GenBank)aln3
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[18940666] Characterization of the alnumycin gene cluster reveals unusual gene products for pyran ring formation and dioxan biosynthesis. (Chem Biol. , 2008)
[22474343] Biosynthetic pathway toward carbohydrate-like moieties of alnumycins contains unusual steps for C-C bond formation and cleavage. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2012)
comment
[PMID: 18940666](2008)
lnumycin gene clusterのクローニング、シークエンス。
aln2-alnT2の領域をS.albusに導入して、alnumycin産生されることを確認している。

Aln3: Unknown

配列解析のみ。
aclacinomycin生合成clusterの機能不明タンパクAclJに似ている。

--
[PMID: 22474343](2012)
cluster論文のグループがdioxane部分の形成について調査した続報。

aln3 knockout株を作成、産物解析。
Alnumycin B1, B2が新たに同定されたが、同時に少量のalnumycinも確認された。
よってAln3はalnumycin生合成に必須ではない。

また、初期予測ではAln3はAln4と共に最後の生合成ステップを触媒するとされていたが、Aln4のみで触媒できることも確認されている。
Related Reference
ACC
P71854
PmId
[16387854] Identification of a nitroimidazo-oxazine-specific protein involved in PA-824 resistance in Mycobacterium tuberculosis. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2006)
comment
Blast 105th, id34%, 3e-14
Mycobacterium tuberculosis_ddn(Rv3547)
Deazaflavin-dependent nitroreductase

Rv3547は、抗結核プロドラッグPA-824のaromatic nitro基を生体内還元して感受性を得るのに必要なタンパク。配列確認、相補確認。

Rv3547 homologuesはoxazole analoguesの活性化で役割を果たすかもしれない可能性がある。
Family/Domain
FD
IPR004378
comment
[IPR004378] Deazaflavin-dependent nitroreductase(family)
function; oxidoreductase activity

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selected fasta
>putative oxidoreductase [Aln3]
MAADQFDPAPTTPAEGDPGSYNLPVMQEFRQNGGKVGGPFEGGSLILLTTKGAKSGVVRT
VPTLFFAQSDGSLLIFGSNGGADTHPAWFHNIRVNPRVTVETGEETYSAVATEVPAGSEE
RDRLFAEAAAEVQAFAAYQAQTERKIPLVILSRKD
selected fasta
>putative oxidoreductase [Aln3]
GTGGCTGCTGACCAGTTCGACCCCGCGCCCACCACCCCCGCCGAAGGAGACCCGGGCAGC
TACAACCTCCCGGTCATGCAGGAGTTCCGGCAGAACGGCGGCAAGGTCGGCGGTCCCTTC
GAAGGCGGTTCGCTCATCCTGCTCACCACCAAGGGGGCGAAGTCCGGCGTGGTGCGCACG
GTGCCCACCCTCTTCTTCGCCCAGTCCGACGGTAGCCTGCTGATCTTCGGCAGCAACGGC
GGCGCGGACACCCACCCCGCCTGGTTCCACAACATCAGGGTCAATCCCCGGGTGACCGTC
GAGACCGGCGAGGAGACCTACTCGGCCGTCGCGACCGAGGTGCCGGCCGGGAGCGAGGAG
CGCGACCGCCTCTTCGCCGAGGCCGCCGCCGAGGTGCAGGCCTTCGCCGCCTACCAGGCC
CAGACTGAGCGGAAGATCCCCCTGGTCATACTGAGCCGGAAGGACTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR004378 Deazaflavin-dependent nitroreductase (Family)
[38-151] 4.5e-24 TIGR00026
TIGR00026   Hi_GC_TIGR00026
[27-151] 1.5e-30 PF04075
PF04075   DUF385
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Alnu_00130 Alnu_00130   Alnu_00150 Alnu_00150
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