Alnu_00170 Alnu_00170   Alnu_00190 Alnu_00190

Alnu_00180 : CDS information

close this sectionLocation

Organism
StrainCM020
Entry nameAlnumycin
Contig
Start / Stop / Direction15,116 / 14,037 / - [in whole cluster]
15,116 / 14,037 / - [in contig]
Locationcomplement(14037..15116) [in whole cluster]
complement(14037..15116) [in contig]
TypeCDS
Length1,080 bp (359 aa)
Click on the icon to see Genetic map.

close this sectionAnnotation

Category3.3 modification reduction
Productoxidase
Product (GenBank)Aln6
Gene
Gene (GenBank)aln6
EC number
Keyword
  • dioxan moiety
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[18940666] Characterization of the alnumycin gene cluster reveals unusual gene products for pyran ring formation and dioxan biosynthesis. (Chem Biol. , 2008)
[22474343] Biosynthetic pathway toward carbohydrate-like moieties of alnumycins contains unusual steps for C-C bond formation and cleavage. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2012)
comment
[PMID: 18940666](2008)
alnumycin gene clusterのクローニング、シークエンス。
aln2-alnT2の領域をS.albusに導入して、alnumycin産生されることを確認している。

Aln6: Oxidase(Tailoring)

Aln6とAln7は、ActVA-ORF3 homologues.
配列解析のみ。actinorhodin VA領域の論文[PMID: 1766437]を参照し機能提唱している。

--
[PMID: 22474343](2012)
cluster論文のグループがdioxane部分の形成について調査した続報。

aln6 mutantは、
・K1115A
・furanose型ribose unitを含むAlnumycin Cs(epimeric pair)
・pyranose型ribose unitを含むAlnumycin D (shunt産物)
を蓄積、Alnumycin A非産生。

Alnumycin Cs + Aln6 から Alnumycin Bs が産生された。
この反応でAlnumycin Bs形成に伴い、O2消費、H2O2形成が見られたので、Aln6をoxidaseとして同定。

[5-13C] and [1-13C] D-ribose取り込みによりC1'-C2' cleavage siteを検証。
Alnumycin Bsにおけるpositions 5' and 1' でそれぞれ濃縮が見られた。

以上の結果から提唱されているAlnumycin Cs→Alnumycin Bsへの酸化的再編成過程は非常に複雑で、さらなる詳細な生化学的、構造的特徴づけを必要とするとのこと。
しかし自分たちのデータから、Aln6をalnumycin oxidase/riboisomeraseとして明解に同定できるとも言っている。

基質prealnumycin, NADPH, D-ribose-5-phosphate, AlnA, AlnB, Aln6, and Aln4のOne-Pot Enzymatic Synthesisで、Alnumycin Aの合成可能。
Related Reference
ACC
Q93IZ2
NITE
Actino_00090
PmId
[1766437] Organisation and functions of the actVA region of the actinorhodin biosynthetic gene cluster of Streptomyces coelicolor. (Mol Gen Genet. , 1991)
comment
Blast 8th, id36%, 1e-25
Streptomyces coelicolor_SCO5078(actVA-ORF3)
Putative uncharacterized protein

actinorhodin biosynthetic gene clusterのactVA領域の配列解析。

actVA-ORF3とactVA-ORF5(たぶんactVA-ORF4も)は、act mutantsの相補実験からC-6 hydroxylationに関与するとされている。ただ、ここで使用しているactVA-ORF3のN末は欠損していて、実験的に微妙。

actVA-ORF1-5を含むpIJ2315をmedermycin産生株に導入するとhybrid化合物mederrhodin A(8-hydroxymedermycin)を産生するので、C-8 hydroxylationへの関与についても述べられている。

close this sectionSequence

selected fasta
>oxidase [Aln6]
MPRRTFVSRHGLLLAAAALGTVMTTPGTSTAKPGSRGYRMVWDDFADGFRTEGEGARWFH
VAGGPYRADDGIVATRRGELSVRARGSHPATGEPAFTQTIPAENPVGMPGSGDHAKFIAY
TSHTASSGHPGFDAHEGYELLFETRLSGRTYGTADHPFGDAVRDPEDDLRLASAMMLTTD
PETSVSFDFVVTNKRIYAWYGRPTFLRGQLGDYASFAHTVPLVARKPGDSHDFGIAYDRA
AGVVRWLIDGEEHFRVDRIGHRLDRSTATLDEGGEETLVRPRQLNAGLGLLTLLDASWPT
DKGLVRLSARKHTTYYRPSVGAPQEQTFADEDSTDAGRLFGQGAAVRLGSYRVTSRRSR
selected fasta
>oxidase [Aln6]
ATGCCGCGCAGAACGTTCGTCTCCCGGCACGGCCTGCTGCTCGCCGCCGCCGCGCTGGGC
ACCGTCATGACGACACCGGGGACCTCCACCGCCAAACCGGGCAGCCGTGGCTACCGGATG
GTCTGGGACGACTTCGCCGACGGGTTCCGCACCGAGGGCGAGGGCGCCCGGTGGTTCCAC
GTGGCGGGCGGTCCCTACCGTGCCGACGACGGCATCGTCGCCACCCGCCGGGGCGAGCTG
TCCGTGCGGGCACGTGGCAGTCACCCCGCGACCGGCGAGCCGGCGTTCACGCAGACCATC
CCCGCCGAGAACCCGGTCGGCATGCCGGGCTCAGGGGACCACGCCAAGTTCATCGCGTAC
ACCAGTCACACGGCCTCCAGCGGCCACCCGGGGTTCGACGCCCACGAGGGCTACGAGCTC
CTCTTCGAGACGCGGCTCTCCGGTAGGACCTACGGCACCGCGGACCACCCCTTCGGGGAC
GCGGTGCGGGATCCGGAGGACGATCTGCGGCTGGCCTCCGCGATGATGCTGACCACCGAC
CCGGAGACCTCCGTCTCCTTCGACTTCGTGGTCACCAACAAGCGGATCTACGCCTGGTAC
GGGCGCCCCACCTTCCTGCGCGGCCAGTTGGGCGACTACGCCTCGTTCGCGCACACTGTG
CCGCTGGTCGCGAGGAAGCCCGGCGACAGCCACGACTTCGGCATCGCCTACGACCGCGCC
GCCGGTGTGGTGCGCTGGCTCATCGACGGCGAGGAGCACTTCCGGGTGGACCGCATCGGA
CACCGGCTCGACCGGTCCACCGCGACCCTGGACGAGGGCGGCGAGGAGACGCTGGTCAGG
CCGAGGCAGCTCAACGCCGGGCTGGGACTGCTGACCCTGCTGGACGCGTCCTGGCCCACC
GACAAGGGCCTCGTACGGCTCTCCGCGCGCAAGCACACCACGTACTACCGGCCCTCGGTC
GGTGCCCCGCAGGAGCAGACCTTCGCCGACGAGGACAGCACCGACGCCGGGCGGCTCTTC
GGGCAGGGCGCGGCCGTGCGGCTCGGCTCCTACCGCGTGACCAGCAGGCGCTCGCGGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro No significant hit
SignalP
[1-31] 1 Signal
Bacteria, Gram-positive   
[1-31] 1 Signal
Bacteria, Gram-negative   
[1-31] 0.998 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
Alnu_00170 Alnu_00170   Alnu_00190 Alnu_00190
Page top