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Alnu_00210 : CDS information

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Organism
StrainCM020
Entry nameAlnumycin
Contig
Start / Stop / Direction16,988 / 18,046 / + [in whole cluster]
16,988 / 18,046 / + [in contig]
Location16988..18046 [in whole cluster]
16988..18046 [in contig]
TypeCDS
Length1,059 bp (352 aa)
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Category5.4 hypothetical protein
Producthypothetical protein
Product (GenBank)Aln7
Gene
Gene (GenBank)aln7
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[18940666] Characterization of the alnumycin gene cluster reveals unusual gene products for pyran ring formation and dioxan biosynthesis. (Chem Biol. , 2008)
comment
alnumycin gene clusterのクローニング、シークエンス。
aln2-alnT2の領域をS.albusに導入して、alnumycin産生されることを確認している。

Aln7: Oxidase(Tailoring)

Aln6とAln7は、ActVA-ORF3 homologues.
配列解析のみ。actinorhodin VA領域の論文[PMID: 1766437]を参照して、機能提唱。
Related Reference
ACC
B6SEG3
NITE
Alnu_00180
PmId
[22474343] Biosynthetic pathway toward carbohydrate-like moieties of alnumycins contains unusual steps for C-C bond formation and cleavage. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2012)
comment
Blast 4th, id37%, 7e-46
Streptomyces sp. CM020_aln6
Aln6

cluster論文のグループがdioxane部分の形成について調査した続報。

aln6 mutantは、
・K1115A
・furanose型ribose unitを含むAlnumycin Cs(epimeric pair)
・pyranose型ribose unitを含むAlnumycin D (shunt産物)
を蓄積、Alnumycin A非産生。

Alnumycin Cs + Aln6 から Alnumycin Bs が産生された。
この反応でAlnumycin Bs形成に伴い、O2消費、H2O2形成が見られたので、Aln6をoxidaseとして同定。

[5-13C] and [1-13C] D-ribose取り込みによりC1'-C2' cleavage siteを検証。
Alnumycin Bsにおけるpositions 5' and 1' でそれぞれ濃縮が見られた。

以上の結果から提唱されているAlnumycin Cs→Alnumycin Bsへの酸化的再編成過程は非常に複雑で、さらなる詳細な生化学的、構造的特徴づけを必要とするとのこと。
しかし自分たちのデータから、Aln6をalnumycin oxidase/riboisomeraseとして明解に同定できるとも言っている。

基質prealnumycin, NADPH, D-ribose-5-phosphate, AlnA, AlnB, Aln6, and Aln4のOne-Pot Enzymatic Synthesisで、Alnumycin Aの合成可能。

この論文でAln7については触れられていない。
ACC
Q93IZ2
NITE
Actino_00090
PmId
[1766437] Organisation and functions of the actVA region of the actinorhodin biosynthetic gene cluster of Streptomyces coelicolor. (Mol Gen Genet. , 1991)
comment
Blast 6th, id33%, 3e-24
Streptomyces coelicolor_SCO5078(actVA-ORF3)
Putative uncharacterized protein

actinorhodin biosynthetic gene clusterのactVA領域の配列解析。

actVA-ORF3とactVA-ORF5(たぶんactVA-ORF4も)は、act mutantsの相補実験からC-6 hydroxylationに関与するとされている。ただ、ここで使用しているactVA-ORF3のN末は欠損していて、実験的に微妙。

actVA-ORF1-5を含むpIJ2315をmedermycin産生株に導入するとhybrid化合物mederrhodin A(8-hydroxymedermycin)を産生するので、C-8 hydroxylationへの関与についても述べられている。

close this sectionSequence

selected fasta
>hypothetical protein [Aln7]
MRHKVAYAVVAAAAVVALLPATAQSAPTASQAGSGGGTVLFQDTYGTGFTTGENGNWLLQ
GDAEWPTGDAVVTTPGGVLNVVPTGVNPKTGDPAYARSTGPDGGADSDDHIKWIAFPNRF
TAENVPGFEVPDTGSISCVHKVAGRTFGTENPFGSTVKDPASDIRLASIALITADFESRA
IADFSVTNDTIYAIYERLPSDTEDYASYGYAIPLAKTAPGAMHELEVRLDQSGKRVTWFV
DGRQKLQTDKIGTRAFDRKYMTLDHGGTEERVELDQITCGMGLGSLLDGAKPGAADGGAL
VRLKHKDGFYFDPRRGEPVAQKFFDPESKVENRLFGQGSEIRADWTKVIRRP
selected fasta
>hypothetical protein [Aln7]
ATGAGACACAAGGTTGCGTACGCCGTGGTGGCCGCGGCGGCCGTGGTGGCGCTGCTGCCG
GCGACCGCGCAGTCCGCGCCGACGGCGTCGCAGGCGGGGTCGGGCGGCGGGACCGTCCTG
TTCCAGGACACGTACGGCACCGGCTTCACCACCGGTGAGAACGGCAACTGGCTGCTCCAG
GGCGATGCGGAGTGGCCGACCGGGGACGCCGTCGTCACCACGCCGGGCGGGGTGCTCAAC
GTGGTGCCCACCGGCGTCAACCCGAAGACGGGCGACCCGGCCTACGCCCGCAGCACCGGA
CCGGACGGCGGCGCGGACTCGGACGACCACATCAAGTGGATCGCCTTCCCCAACCGGTTC
ACCGCCGAGAACGTCCCGGGCTTCGAGGTGCCGGACACCGGCTCCATCAGCTGTGTGCAC
AAGGTGGCGGGCCGGACCTTCGGCACCGAAAACCCGTTCGGGAGCACCGTCAAGGACCCG
GCGTCCGACATCCGGCTCGCCTCGATCGCGCTGATCACCGCCGACTTCGAGTCCCGGGCG
ATCGCCGACTTCTCGGTCACGAACGACACCATCTACGCCATCTACGAGCGCCTGCCGAGC
GACACGGAGGACTACGCCTCGTACGGCTACGCGATCCCGCTGGCCAAGACGGCGCCGGGG
GCGATGCACGAACTGGAGGTCCGGCTGGACCAGAGCGGCAAGCGCGTGACCTGGTTCGTG
GACGGCCGGCAGAAGCTCCAGACCGACAAGATCGGCACGCGCGCCTTCGACCGCAAGTAC
ATGACGCTCGATCACGGCGGCACGGAGGAGCGGGTCGAACTCGACCAGATCACCTGCGGC
ATGGGGCTGGGCAGTCTGCTGGACGGGGCCAAGCCGGGCGCGGCCGACGGCGGGGCGCTG
GTGCGGCTCAAGCACAAGGACGGCTTCTACTTCGATCCGCGGCGCGGTGAGCCGGTGGCA
CAGAAGTTCTTCGACCCCGAGAGCAAGGTCGAGAACCGGCTCTTCGGCCAGGGCTCCGAG
ATCAGGGCGGACTGGACGAAGGTGATCCGCAGGCCCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro No significant hit
SignalP
[1-25] 1 Signal
Eukaryota   
[1-25] 1 Signal
Bacteria, Gram-positive   
[1-25] 1 Signal
Bacteria, Gram-negative   
TMHMM
[5-27] Transmembrane (i-o)
Transmembrane 1   
Alnu_00200 Alnu_00200   Alnu_00220 Alnu_00220
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