Alnu_00240 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces sp.
Strain	CM020
Entry name	Alnumycin
Contig	EU852062
Start / Stop / Direction	21,759 / 20,218 / - [in whole cluster] 21,759 / 20,218 / - [in contig]
Location	complement(20218..21759) [in whole cluster] complement(20218..21759) [in contig]
Type	CDS
Length	1,542 bp (513 aa)

Annotation

Category	4.3 transport
Product	putative drug resistance transporter
Product (GenBank)	AlnT1 transporter
Gene
Gene (GenBank)	alnT1
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC B6SEG9 PmId [18940666] Characterization of the alnumycin gene cluster reveals unusual gene products for pyran ring formation and dioxan biosynthesis. (Chem Biol. , 2008) comment alnumycin gene clusterのクローニング、シークエンス。 aln2-alnT2の領域をS.albusに導入して、alnumycin産生されることを確認している。 AlnT1: Transporter 配列解析からの提唱。
Related Reference	ACC P46105 NITE Actino_00140 PmId [1878971] The act cluster contains regulatory and antibiotic export genes, direct targets for translational control by the bldA tRNA gene of Streptomyces. (Cell. , 1991) [8636024] Production of actinorhodin-related "blue pigments" by Streptomyces coelicolor A3(2). (J Bacteriol. , 1996) [17644591] Investigation of transcription repression and small-molecule responsiveness by TetR-like transcription factors using a heterologous Escherichia coli-based assay. (J Bacteriol. , 2007) [17338074] Initiation of actinorhodin export in Streptomyces coelicolor. (Mol Microbiol. , 2007) comment Blast 12th, id38%, 1e-85 Streptomyces coelicolor_actII-ORF2 Probable actinorhodin transporter [Actino_00140]drug resistance transporter -- [PMID: 1878971](1991) actinorhodin biosynthetic gene clusterのactII領域の解析論文。 ActII-ORF2は、排出によって抵抗性を与える膜貫通タンパクに似ている。 TMSs=13 actII-ORF1, actII-ORF2, or actII-ORF3の破壊はactinorhodin生合成を妨げない。 actII-ORF2/ORF3 mutationsは（たぶん酸性型の）抗生物質を細胞内に蓄積し、抗生物質排出が妨げられている。確認しているのは青色色素として。 -- [PMID: 8636024](1996) double actII-ORF2/3 mutantはactinorhodin関連物質の細胞外排出が阻害される。 actII-ORF3 mutantは細胞外排出を阻害しないので、actII-ORF2が細胞外排出に不可欠。 actVA-ORF1 and actII-ORF2によってコードされるputative membrane proteinsはどちらも単独では青色色素排出できないので、これらは排出複合体の一部を形成するかもしれない。 -- [PMID: 17644591](2007) E.coli-based biosensorsを開発し、DNAと小分子リガンドとの相互作用の調査に使用。 ActRはactII-ORF2(actA)の発現を抑制する。 actII-ORF2(actA)のオペレーター_OactはActRと特異的に結合。 ActRはactinorhodinと関連分子と相互作用する。 -- [PMID: 17338074](2007) tetAを抑制するTetRのように、ActRはactAのrepressorである。 actinorhodin生合成経路の中間体である(S)-DNPAと、中間体dihydrokalafunginに関連した分子kalafunginが、特に強力なActR ligandsであり、ActRによる抑制を軽減する。
Related Reference	ACC Q2P9Z6 NITE Stref_00190 PmId [16751529] Isolation, characterization, and heterologous expression of the biosynthesis gene cluster for the antitumor anthracycline steffimycin. (Appl Environ Microbiol. , 2006) comment Blast 33rd, id38%, 4e-70 Streptomyces steffisburgensis_sfrB Putative transmembrane efflux protein [Stref_00190]steffimycin resistance transporter sfrB: Transmembrane efflux protein sfrA and sfrBはsteffimycin抵抗性に関連する候補。 SfrAはMMPL familyの膜内在性タンパク(pfam03176)に、 SfrBはMFS familyのpermeases(COG0477)に似ている。 S.steffisburgensisは少なくとも50ug/mlのsteffimycinに抵抗性を示す。 Stf2B3を発現したS.albus(sfrBあり)は25ug/ml steffimycinに抵抗性あり。 pEM4KSEHを発現したS.albus(sfrAあり)はsteffimycinへの抵抗性を全く示さない。 (data not shown) この結果は、実際の抵抗性決定因子としてSfrBを指摘する。しかし、S.steffisburgensisで観察されたレベルの抵抗性を与えるためにはSfrB and SfrAの協力が必要なのかもしれない。

Sequence

>putative drug resistance transporter [AlnT1 transporter]
MTVEEQADTAPPAQYSPKRWATLAVTLFAVFMDMVDNTVLNVALPAVQQDLDASSAQLEW
SVAGYTLAFAAAMITGARLGDQLGRRRIYLIGLGAFVVTSALAGAAVNPEMLIASRILQG
GAAALMVPQVLAMLQVDFPKSERPKAMSMYGMSLAVGGIGGPLLGGVLLEADLFGLGWRP
VFYVNVPVGLAALVAAAILTRESRVETRESFDIRGTLIATVGLISLLFPLVQGRELDWPW
WTFALMIACPVILWLFVRYEHRVIARGESPIIDPALLHHRSSLGGLLVAILFFCGMAYQL
VLTVHLQTGEGYSPIRTAVALVTFTVGVGIGSAVAPQLMPLGRRVVLLGCAVMAVGMGVI
TWTVDHWSGSLEWWHLAPGMIVSGIGLAMVAGTLLTIVLAQMPKSASGAASSLINTAIQI
GVATGVAIVGTVYFTLLEDRHTPTDSAVVGLLTVVGLYTLAGLLALVLPPGRVDVSDVDS
DADTDADSDHHHATAAVGTALPPEAGAKARVAP

>putative drug resistance transporter [AlnT1 transporter]
ATGACGGTGGAAGAACAAGCTGATACGGCGCCCCCGGCGCAGTACAGCCCGAAGCGCTGG
GCGACGCTGGCCGTCACCCTGTTCGCGGTGTTCATGGACATGGTGGACAACACCGTCCTC
AACGTGGCCCTGCCCGCCGTCCAGCAGGACCTGGACGCCTCCTCCGCCCAGCTCGAATGG
TCGGTGGCGGGATACACGCTGGCCTTCGCCGCCGCCATGATCACCGGTGCCCGTCTCGGC
GACCAGCTCGGGCGCCGGCGGATCTACCTCATCGGCCTCGGCGCCTTCGTCGTCACCTCG
GCACTGGCGGGCGCGGCGGTCAACCCGGAGATGCTCATCGCCTCCCGCATCCTCCAGGGC
GGCGCCGCCGCGCTGATGGTGCCCCAGGTCCTGGCGATGCTCCAGGTGGACTTCCCGAAG
TCCGAGCGCCCGAAGGCGATGTCCATGTACGGCATGTCGCTGGCCGTGGGCGGCATCGGC
GGCCCGCTGCTGGGCGGCGTCCTGCTGGAGGCCGACCTCTTCGGCCTGGGCTGGCGGCCG
GTCTTCTACGTCAACGTTCCCGTCGGACTGGCCGCGCTGGTCGCCGCCGCCATCCTCACC
CGTGAGTCGCGCGTGGAGACCCGGGAGAGCTTCGACATCCGCGGCACCCTGATCGCGACC
GTCGGCCTGATCAGCCTGCTCTTCCCGCTCGTACAGGGACGCGAACTGGACTGGCCCTGG
TGGACCTTCGCCCTGATGATCGCCTGCCCGGTGATCCTCTGGCTGTTCGTCCGCTACGAG
CACCGGGTGATCGCCCGCGGCGAGTCACCGATCATCGATCCGGCCCTGCTGCACCACCGC
AGCTCGCTCGGCGGCCTGCTCGTCGCCATCCTGTTCTTCTGCGGGATGGCCTACCAACTG
GTCCTCACGGTCCACCTCCAGACGGGCGAGGGGTACTCCCCCATCCGCACCGCGGTCGCA
CTGGTCACGTTCACCGTGGGTGTGGGCATCGGCTCGGCCGTGGCCCCTCAGCTGATGCCG
CTCGGCCGCCGGGTGGTGCTCCTGGGCTGCGCGGTCATGGCCGTGGGCATGGGGGTCATC
ACCTGGACCGTCGACCACTGGTCCGGCTCGCTGGAGTGGTGGCACCTGGCACCCGGCATG
ATCGTCTCCGGTATCGGCCTCGCCATGGTCGCCGGGACGCTGCTCACCATCGTGCTGGCC
CAGATGCCCAAGTCCGCCTCGGGCGCCGCGTCCTCGCTGATCAACACAGCCATCCAGATC
GGCGTGGCCACCGGCGTCGCGATCGTGGGCACCGTCTACTTCACGCTGCTGGAGGACCGG
CACACGCCCACCGACTCGGCGGTCGTCGGCCTGCTGACCGTCGTCGGCCTCTACACCCTG
GCCGGACTGCTCGCCCTCGTACTGCCGCCGGGCCGGGTCGACGTGAGCGATGTCGACTCC
GACGCGGACACCGATGCCGATTCCGACCACCACCACGCGACGGCCGCCGTCGGCACAGCC
CTGCCCCCGGAGGCCGGGGCGAAGGCGCGCGTCGCCCCCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001411 Tetracycline resistance protein TetB/drug resistance transporter (Family) PR01036 TCRTETB IPR011701 Major facilitator superfamily (Family) PF07690 MFS_1 IPR016196 Major facilitator superfamily domain, general substrate transporter (Domain) SSF103473 MFS_gen_substrate_transporter IPR020846 Major facilitator superfamily domain (Domain) PS50850 MFS
SignalP	No significant hit
TMHMM	Transmembrane 14

Alnu_00230 Alnu_00250