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Alip_00100 : CDS information

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Organism
StrainTü117
Entry nameAlpha-lipomycin
Contig
Start / Stop / Direction12,641 / 13,666 / + [in whole cluster]
12,641 / 13,666 / + [in contig]
Location12641..13666 [in whole cluster]
12641..13666 [in contig]
TypeCDS
Length1,026 bp (341 aa)
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Category2.1 modification addition of extender units
Productputative methyltransferase
Product (GenBank)LipMt
Gene
Gene (GenBank)lipMt
EC number2.1.1.-
Keyword
  • glutamic acid
Note
Note (GenBank)
  • putative N-methyltransferase
Reference
ACC
PmId
[16723573] Biosynthetic gene cluster for the polyenoyltetramic acid alpha-lipomycin. (Antimicrob Agents Chemother. , 2006)
comment
alpha-lipomycin生合成遺伝子クラスターに関する文献。

lipMt(341 aa): methyltransferase

相同性よりmethyltransferaseであると予測している。

lipMt挿入破壊株はlipomycin非産生となり、lipMtを相補するとlipomycin産生を回復することから、glutamic acidのN-methylationがbeta-lipomycin生産には必須。

また、lipM変異株にN-methylated glutamic acidを加えてもlipomycinの生産が確認できなかったことから、glutamic acidはNRPSの基質として結合してから、その場でN-methylationが生じると考察している。
Related Reference
ACC
P16559
PmId
[1548230] Nucleotide sequence of the tcmII-tcmIV region of the tetracenomycin C biosynthetic gene cluster of Streptomyces glaucescens and evidence that the tcmN gene encodes a multifunctional cyclase-dehydratase-O-methyl transferase. (J Bacteriol. , 1992)
comment
Blast 49th, 33%, 1e-33, C末hit
Streptomyces glaucescens_tcmN
Multifunctional cyclase-dehydratase-3-O-methyl transferase tcmN

S.glaucescens由来の抗生剤tetracenomycin C (Tcm C)合成に関わる遺伝子の一つ、tcmNに関する実験論文。

Tcm CのC-3 OH基のメチル化に影響のあるtcmII, IV mutantでは、tcmII, IV領域に不全がある。
この領域からORF(tcmN)を同定。
tcmNを含むfragmentでこれらmutantsは相補される。

tcmNのN末側は117codonsまで削除されてもレベルは低下するものの相補が可能。
逆にC末側の削除は21codonsでも両mutantsの相補が激減する。
（と、本文にあるが、結果を示すTABLE 2からはそれを読み取れない。）

以上から、
・tcmNの翻訳が1つ以上の内部positionで開始できること、
・vivoではposition 118がstart siteとして使用されること、
・C末側は3-O-methyltransferaseをコードすること、
・N末側は3-O-methyltransferase不全の相補に関連しないこと、
が示唆されている。
ACC
Q7X2G8
NITE
Gilvo_00100
PmId
[22800463] Roles of the synergistic reductive O-methyltransferase GilM and of O-methyltransferase GilMT in the gilvocarcin biosynthetic pathway. (J Am Chem Soc. , 2012)
comment
Blast 36th, id32%, 2e-35
Streptomyces griseoflavus_gilMT
Putative O-methyltransferase

GilMT and GilMの調査。
recombinant enzymesを使った合成中間体とのin vitro実験。

モデル基質として2-aryl-5-hydroxy-1,4-naphthoquinoneを使用。
E.coliで発現、精製されたGilMTは、SAM存在下でこの基質のphenyl環のOH基がメチル化された化合物5を蓄積することを確認している。SAMがないとこの反応は起こらない。

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selected fasta
>putative methyltransferase [LipMt]
MEVSLMGLAGMGWIAKSLTAAAELGLADHLDGTPMTAEELAKQTGTHPETLEALLRILSA
LGVFRRDDAGVYRNSALSDQLRDDHPQSMRHYVMLSGGLYADTFTAVTHTLRTGESAFRH
LHGTRIYEYLEQRPAEADLYDKAMADLARPVAAALAGTYDFGAVRSVLDVGGNSGELLKG
LLTAHPHLTGTCLDRPDVCARATAELAASDREDLKDRLVYRPGDFLQEVPAGSDLYTVKN
VLHNWNHEHSVVILGRIREAMERTDADRSAGRRARLLVIEPLIETDLDWMRVLFQMVVCE
DGTRGRTDEVQRAQIAEAGLEVLDTLRLSTGHTAHICAAAH
selected fasta
>putative methyltransferase [LipMt]
GTGGAAGTCAGCCTCATGGGCCTGGCGGGAATGGGCTGGATCGCGAAGTCGCTGACCGCC
GCCGCGGAACTCGGCCTCGCCGACCACCTCGACGGCACGCCGATGACCGCGGAGGAACTC
GCCAAGCAGACCGGGACCCATCCCGAGACGCTCGAGGCGCTGCTGCGGATCCTGTCCGCG
CTCGGCGTCTTCCGCCGCGACGACGCCGGCGTGTACCGCAACTCCGCGCTGTCCGACCAG
CTCCGCGACGACCACCCGCAGTCGATGCGGCACTACGTGATGCTCTCCGGCGGCCTGTAC
GCCGACACCTTCACCGCCGTCACCCACACCCTGCGCACCGGCGAGTCCGCCTTCCGCCAC
CTGCACGGCACCCGCATCTACGAGTACCTCGAGCAGCGGCCCGCCGAGGCGGACCTGTAC
GACAAGGCCATGGCCGACCTGGCCCGGCCCGTCGCCGCGGCCCTCGCCGGGACCTACGAC
TTCGGCGCCGTCCGCAGTGTGCTCGACGTCGGCGGCAACAGCGGAGAGCTGCTCAAGGGG
CTGCTCACCGCCCACCCGCACCTGACCGGTACGTGCCTGGACCGGCCGGACGTCTGTGCC
CGCGCCACCGCTGAACTGGCCGCCTCCGACCGCGAGGACCTCAAGGACCGGCTCGTCTAC
CGGCCGGGTGACTTCCTTCAGGAGGTGCCCGCCGGCTCCGACCTGTACACCGTCAAGAAC
GTGCTGCACAACTGGAACCACGAGCACAGCGTCGTGATCCTCGGCCGCATCCGGGAGGCC
ATGGAGCGCACCGACGCCGACCGGTCCGCCGGCCGGCGGGCCCGGCTGCTGGTCATCGAG
CCACTGATCGAGACCGACCTCGACTGGATGCGCGTGCTGTTCCAGATGGTCGTCTGCGAG
GACGGCACCCGAGGCCGCACCGATGAGGTCCAGCGGGCCCAGATCGCCGAGGCCGGCCTC
GAGGTGCTCGACACGCTCCGCCTCTCCACAGGTCACACCGCCCACATCTGCGCCGCCGCT
CACTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001077 O-methyltransferase, family 2 (Domain)
[70-293] 2.59999999999998e-44 PF00891
PF00891   Methyltransf_2
IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain)
[7-79] 6.3e-17 G3DSA:1.10.10.10
G3DSA:1.10.10.10   Wing_hlx_DNA_bd
IPR012967 Plant methyltransferase dimerisation (Domain)
[17-61] 8.40000000000001e-05 PF08100
PF08100   Dimerisation
IPR016461 O-methyltransferase, caffeic acid-type (Family)
[1-329] 4.19999771339581e-11 PIRSF005739
PIRSF005739   O-mtase
SignalP
[1-21] 0.784 Signal
Eukaryota   
[1-20] 0.5 Signal
Bacteria, Gram-negative   
TMHMM No significant hit
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