Alip_00110 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces aureofaciens
Strain	Tü117
Entry name	Alpha-lipomycin
Contig	DQ176871
Start / Stop / Direction	13,678 / 14,511 / + [in whole cluster] 13,678 / 14,511 / + [in contig]
Location	13678..14511 [in whole cluster] 13678..14511 [in contig]
Type	CDS
Length	834 bp (277 aa)

Annotation

Category	3.4 other modification
Product	putative cyclase
Product (GenBank)	LipX2
Gene
Gene (GenBank)	lipX2
EC number
Keyword	tetramic acid moiety
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q30CS4 PmId [16723573] Biosynthetic gene cluster for the polyenoyltetramic acid alpha-lipomycin. (Antimicrob Agents Chemother. , 2006) [25621700] Discovery of a new family of Dieckmann cyclases essential to tetramic acid and pyridone-based natural products biosynthesis. (Org Lett. , 2015) comment [PMID: 16723573](2006) alpha-lipomycin生合成遺伝子クラスターに関する文献。 lipX2(277 aa) lipX2 自体の機能は予測されておらず、S. avermitilis MA4680のputative nonribosomal peptide synthetaseの一部やXanthomonas axonopodis pv. citri strain 306のSyrE2と似ている旨の記載がある。SyrE2はadenylate-forming enzymes superfamilyに属することから、LipX2はLipNrpsのPCPに結合する前のグルタミン酸のadenylationに関与している可能性があるとしている。 --- [PMID: 25621700](2015) 遺伝子不活化と相補、合成類似物とのin vitro生化学アッセイ、点変異、系統樹解析から、TrdC, SlgL, LipX2, KirHI, FacHI が二次代謝の際にテトラミン酸とピリドンの部分の骨格形成を触媒するDieckmann cyclasesの新規familyであると導いている。主に実験に使用されているのはTrdCである。LipX2については配列解析のみ。
Related Reference	ACC F1DI35 PmId [25621700] Discovery of a new family of Dieckmann cyclases essential to tetramic acid and pyridone-based natural products biosynthesis. (Org Lett. , 2015) comment BLAST id40% Streptomyces sp. SCSIO1666 TrdC 遺伝子不活化と相補、合成類似物とのin vitro生化学アッセイ、点変異、系統樹解析から、TrdC, SlgL, LipX2, KirHI, FacHI が二次代謝の際にテトラミン酸とピリドンの部分の骨格形成を触媒するDieckmann cyclasesの新規familyであると導いている。主に実験に使用されているTrdCのentry。

Sequence

>putative cyclase [LipX2]
MTVQQPLATTAPPTWKVLNEGGSAEPVVLAVDFAVSGRPESTFSDLGRLLARGVPLWETR
QPEPEQARTFGGEDFASYWVRGVRDTGRPVRAVLGYCVGGLYAARVAQLLAAEQDEAPAV
VLFDPEPPHRAGMVADFRAAVARLSSVLSPEESALAGQAADEAAQQSAGIAALGAALTEV
FTGIAGAAFDRAGLPAGLADELSGAYAAFVAYIAAAAAFDPAVSWAGATALTTPAADPHA
RYARRLIPVDAAHDDILRSPLTADVLTGLLTRSRPQG

>putative cyclase [LipX2]
GTGACCGTGCAGCAGCCCCTGGCGACCACCGCACCGCCCACCTGGAAGGTCCTCAACGAG
GGCGGCAGCGCCGAACCCGTCGTGCTGGCCGTCGACTTCGCCGTCTCCGGGCGCCCCGAA
TCGACGTTCAGCGACCTCGGCCGCCTCCTCGCCCGGGGCGTCCCGCTGTGGGAGACCCGG
CAGCCGGAACCGGAGCAGGCCCGCACCTTCGGCGGCGAGGACTTCGCGTCGTACTGGGTG
CGGGGCGTGCGCGACACCGGCCGCCCCGTGCGCGCCGTGCTCGGCTACTGCGTCGGCGGC
CTGTACGCGGCCCGCGTCGCGCAGCTCCTCGCGGCGGAGCAGGACGAGGCACCGGCCGTT
GTCCTGTTCGACCCCGAGCCGCCCCACCGCGCCGGCATGGTCGCGGACTTCCGGGCCGCC
GTGGCACGGTTGTCCTCCGTGCTCAGCCCGGAGGAGTCCGCGCTGGCCGGGCAGGCCGCC
GACGAGGCGGCCCAGCAGAGCGCCGGCATCGCCGCGCTCGGCGCCGCGCTCACCGAGGTC
TTCACCGGCATCGCCGGCGCCGCCTTCGACCGGGCCGGGCTGCCCGCCGGGCTCGCCGAC
GAACTCAGCGGCGCCTATGCGGCGTTCGTCGCCTACATCGCGGCAGCCGCCGCGTTCGAC
CCGGCCGTGTCGTGGGCCGGCGCCACCGCGCTGACCACTCCCGCGGCCGACCCGCACGCC
CGGTACGCCAGGCGTCTCATCCCCGTCGACGCGGCCCACGACGACATCCTGCGCAGCCCC
CTCACCGCGGACGTCCTCACCGGCCTGCTCACCCGGTCCCGTCCGCAGGGCTAG

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	No significant hit
SignalP	Eukaryota
TMHMM	No significant hit

Alip_00100 Alip_00120