Avil_00060 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces viridochromogenes
Strain	Tü57
Entry name	Avilamycin
Contig	AF333038
Start / Stop / Direction	4,931 / 5,794 / + [in whole cluster] 4,931 / 5,794 / + [in contig]
Location	4931..5794 [in whole cluster] 4931..5794 [in contig]
Type	CDS
Length	864 bp (287 aa)

Annotation

Category	4.4 resistance
Product	23S rRNA (uridine2479-2'-O)-methyltransferase
Product (GenBank)	rRNA methyltransferase
Gene
Gene (GenBank)	aviRb
EC number	2.1.1.-
Keyword
Note
Note (GenBank)	AviRb
Reference	ACC Q9F5K6 PmId [11181344] An ATP-binding cassette transporter and two rRNA methyltransferases are involved in resistance to avilamycin in the producer organism Streptomyces viridochromogenes Tu57. (Antimicrob Agents Chemother. , 2001) [11410376] Biosynthesis of the orthosomycin antibiotic avilamycin A: deductions from the molecular analysis of the avi biosynthetic gene cluster of Streptomyces viridochromogenes Tu57 and production of new antibiotics. (Chem Biol. , 2001) [12828631] The avilamycin resistance determinants AviRa and AviRb methylate 23S rRNA at the guanosine 2535 base and the uridine 2479 ribose. (Mol Microbiol. , 2003) [15581897] Structure and function of the antibiotic resistance-mediating methyltransferase AviRb from Streptomyces viridochromogenes. (J Mol Biol. , 2005) comment [PMID:11181344] avilamycin耐性遺伝子(aviABC1,aviABC2,aviRa,aviRb)のクローニングと機能解析の報告。 S. lividans TK66にてaviRbを発現させるとavilamycinに対して高い耐性を示した。基質としてE.coliの16S rRNAと23S rRNAのmixtureを使用しrRNA methyltransferase activityを調べ、aviRbがrRNA methyltransferaseであることを確認した。また、Coincubation experimentsではrRNAの異なるpositionをメチル化していると推定している。 [PMID:11410376] avilamycin A生合成遺伝子クラスターの報告。 AviRb:rRNA-methyltransferase from Chlamydia trachomatis [Proposed function:Resistance] aviRbはavilamycin resistanceに関与するrRNA-methyltransferase genesとしている。 [PMID:12828631] AviRa,AviRbの機能解析報告。 aviRaとaviRbは、23S rRNAを基質することが判明。Recombinant AviRaとAviRbは精製後も活性が残ったままで、in vitroで23S rRNA domain Vの転写を特異的にメチル化した。Reverse transcriptase primer extensionにより、AviRaはrRNAのhelix 91のG2535をターゲットとするN-methyltransferaseであり、AviRbはhelix 89にあるnucleotide U2479の2'-O-riboseを修飾することが示された。MALDI mass spectrometry によりこのpositionが正しいことを確認し、それぞれのnucleotideでsingle methyl groupが付加することを証明した。さらに結晶構造解析も行っている。 [PMID:15581897] AviRbの結晶構造解析の報告。 mutant株の活性測定は触媒反応に必要な4残基を示し、Asn139, Asn262はuracilと結合し、別のサブユニット由来のArg145はattacking ribose 2'-hydroxyl groupを固定していた。E234は触媒反応に関与はするが、hydroxyl groupの酵素的メチル化を行う残基ではなく水素結合を形成する残基だと結論づけている。

Sequence

>23S rRNA (uridine2479-2'-O)-methyltransferase [rRNA methyltransferase]
MARSRGERTPAARRITSRNARFQQWQALLGNRNKRTRAGEFLVMGVRPISLAVEHGWPVR
TLLYDGQRELSKWARELLRTVRTEQIAMAPDLLMELGEKNEAPPEVVAVVEMPADDLDRI
PVREDFLGVLFDRPTSPGNIGSIIRSADALGAHGLIVAGHAADVYDPKSVRSSTGSLFSL
PAVRVPSPGEVMDWVEARRAAGTPIVLVGTDEHGDCDVFDFDFTQPTLLLIGNETAGLSN
AWRTLCDYTVSIPMAGSASSLNAANAATAILYEAVRQRISGRTATTP

>23S rRNA (uridine2479-2'-O)-methyltransferase [rRNA methyltransferase]
ATGGCAAGATCACGTGGAGAGCGGACGCCGGCGGCTCGGCGGATCACCTCACGCAACGCT
CGTTTCCAGCAGTGGCAGGCACTGCTCGGCAACCGCAACAAGCGCACGCGCGCCGGTGAG
TTCCTGGTGATGGGAGTCCGCCCGATCTCGCTCGCGGTGGAGCACGGCTGGCCCGTACGC
ACGCTCCTCTACGACGGACAGCGGGAGCTGTCGAAGTGGGCGCGGGAGCTTCTTCGTACG
GTGCGGACGGAGCAGATCGCGATGGCCCCGGACCTGCTGATGGAGCTGGGGGAGAAGAAC
GAGGCCCCGCCCGAGGTCGTCGCCGTCGTGGAGATGCCCGCCGACGACCTCGACCGGATC
CCGGTCCGGGAGGACTTCCTGGGCGTACTGTTCGACCGGCCGACCAGTCCGGGGAACATC
GGCAGCATCATTCGCTCGGCGGATGCCCTGGGCGCGCACGGGCTGATCGTGGCGGGGCAC
GCCGCCGACGTCTACGACCCGAAATCGGTCCGGTCGAGCACCGGCTCGCTGTTCTCCCTG
CCCGCCGTCCGGGTGCCGTCACCGGGCGAGGTGATGGACTGGGTGGAGGCCCGCCGGGCC
GCCGGCACGCCGATCGTCCTGGTCGGTACGGACGAGCACGGCGACTGCGATGTGTTCGAC
TTCGACTTCACCCAGCCGACCCTGCTGCTGATCGGCAATGAGACAGCCGGGCTCAGCAAC
GCCTGGCGTACGTTGTGCGACTACACGGTCAGCATCCCGATGGCCGGCTCCGCGAGCTCG
CTGAACGCGGCGAACGCCGCGACCGCGATCCTCTACGAAGCGGTACGGCAGCGGATCAGC
GGAAGAACCGCAACAACTCCCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001537 tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU (Domain) PF00588 SpoU_methylase
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Avil_00050 Avil_00070