Avil_00100 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces viridochromogenes
Strain	Tü57
Entry name	Avilamycin
Contig	AF333038
Start / Stop / Direction	7,682 / 6,930 / - [in whole cluster] 7,682 / 6,930 / - [in contig]
Location	complement(6930..7682) [in whole cluster] complement(6930..7682) [in contig]
Type	CDS
Length	753 bp (250 aa)

Annotation

Category	4.4 resistance
Product	23S rRNA (guanine2535-N1)-methyltransferase
Product (GenBank)	rRNA methyltransferase AviRa
Gene
Gene (GenBank)	aviRa
EC number	2.1.1.-
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q9F5K5 PmId [11181344] An ATP-binding cassette transporter and two rRNA methyltransferases are involved in resistance to avilamycin in the producer organism Streptomyces viridochromogenes Tu57. (Antimicrob Agents Chemother. , 2001) [11410376] Biosynthesis of the orthosomycin antibiotic avilamycin A: deductions from the molecular analysis of the avi biosynthetic gene cluster of Streptomyces viridochromogenes Tu57 and production of new antibiotics. (Chem Biol. , 2001) [12742024] Crystal structure of the avilamycin resistance-conferring methyltransferase AviRa from Streptomyces viridochromogenes. (J Mol Biol. , 2003) [12828631] The avilamycin resistance determinants AviRa and AviRb methylate 23S rRNA at the guanosine 2535 base and the uridine 2479 ribose. (Mol Microbiol. , 2003) comment [PMID:11181344] avilamycin耐性遺伝子(aviABC1,aviABC2,aviRa,aviRb)のクローニングと機能解析の報告。 S. lividans TK66にてaviRbを発現させるとavilamycinに対して高い耐性を示した。基質としてE.coliの16S rRNAと23S rRNAのmixtureを使用しrRNA methyltransferase activityを調べ、aviRbがrRNA methyltransferaseであることを確認した。また、Coincubation experimentsではrRNAの異なるpositionをメチル化していると推定している。AviRaは既知data baseに相同性を示すエントリはなく、実験結果からAviRbと同様にAdoMet-dependent rRNA methyltransferaseであると推定している。 [PMID:11410376] avilamycin A生合成遺伝子クラスターの報告。 AviRa: - [Proposed function:Resistance] AviRaはavilamycin resistanceに関与するrRNA-methyltransferase genesとしている。 avi gene clusterの境界は実験により決定していないがこのORFが境界だと記述している。 [PMID:12742024] AviRaの結晶構造解析報告。 AviRaは、23SリボソームRNAのペプチジルトランスフェラーゼループ内の特異的グアニン塩基を特異的にメチル化することを確認。 [PMID:12828631] AviRa,AviRbの機能解析報告。 aviRa とaviRbは、23S rRNAを基質することが判明。Recombinant AviRaとAviRbは精製後も活性が残ったままで、in vitroで23S rRNA domain Vの転写を特異的にメチル化した。Reverse transcriptase primer extensionにより、AviRaはrRNAのhelix 91のG2535をターゲットとするN-methyltransferaseであり、AviRbはhelix 89にあるnucleotide U2479の2'-O-riboseを修飾することが示された。MALDI mass spectrometry によりこのpositionが正しいことを確認し、それぞれのnucleotideでsingle methyl groupが付加することを証明した。さらに結晶構造解析も行っている。

Sequence

>23S rRNA (guanine2535-N1)-methyltransferase [rRNA methyltransferase AviRa]
MSAYRHAVERIDSSDLACGVVLHSAPGYPAFPVRLATEIFQRALARLPGDGPVTLWDPCC
GSGYLLTVLGLLHRRSLRQVIASDVDPAPLELAAKNLALLSPAGLTARELERREQSERFG
KPSYLEAAQAARRLRERLTAEGGALPCAIRTADVFDPRALSAVLAGSAPDVVLTDLPYGE
RTHWEGQVPAQPVAGLLRSLASALPAHAVIAVTDRSRKIPVAPVKALERLKIGTRSAVLV
RAADVLEAGP

>23S rRNA (guanine2535-N1)-methyltransferase [rRNA methyltransferase AviRa]
ATGAGTGCGTACCGCCACGCCGTGGAGCGGATCGACAGTTCCGATCTCGCCTGCGGTGTC
GTGCTCCACTCCGCGCCGGGTTACCCCGCCTTCCCCGTCCGCCTGGCGACCGAGATCTTC
CAGCGGGCCCTCGCCCGCCTCCCCGGCGACGGTCCGGTGACGCTGTGGGACCCGTGCTGC
GGCAGCGGTTACCTCCTGACGGTGCTGGGGCTGCTGCACCGGCGCTCGCTGCGGCAGGTG
ATCGCCTCCGATGTGGACCCCGCCCCGCTGGAGCTCGCGGCGAAGAATCTCGCCCTGCTC
TCGCCGGCCGGGCTGACCGCGCGCGAGCTCGAACGGCGTGAGCAGAGCGAGCGTTTCGGC
AAGCCCTCCTATCTGGAGGCCGCGCAGGCCGCCCGCCGGCTGCGGGAGCGCCTGACGGCG
GAGGGCGGTGCGCTGCCGTGCGCCATCCGCACCGCGGACGTCTTCGATCCGCGTGCGCTG
TCCGCCGTCCTCGCCGGGTCCGCGCCCGATGTCGTGCTGACCGACCTGCCGTACGGCGAG
CGCACGCACTGGGAAGGGCAGGTGCCCGCGCAGCCGGTGGCGGGCCTGCTGCGCTCGCTC
GCGTCGGCGCTGCCCGCGCATGCGGTGATCGCCGTCACCGACCGCAGCCGTAAGATCCCG
GTGGCTCCCGTAAAGGCCCTGGAGCGGCTGAAGATCGGCACCCGCTCGGCCGTACTGGTC
CGGGCAGCCGACGTGCTGGAGGCAGGCCCCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR023218 UPF0291 structural domain (Domain) G3DSA:1.10.287.540 UPF0291_struct_dom IPR024268 rRNA methyltransferase AviRa (Family) PF11599 AviRa
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

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