Avil_00110 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces viridochromogenes
Strain	Tü57
Entry name	Avilamycin
Contig	AF333038
Start / Stop / Direction	7,935 / 8,903 / + [in whole cluster] 7,935 / 8,903 / + [in contig]
Location	7935..8903 [in whole cluster] 7935..8903 [in contig]
Type	CDS
Length	969 bp (322 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	putative NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein
Product (GenBank)	putative UDP-glucose 4-epimerase
Gene
Gene (GenBank)	aviQ1
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)	AviQ1
Reference	ACC Q93KX6 PmId [11410376] Biosynthesis of the orthosomycin antibiotic avilamycin A: deductions from the molecular analysis of the avi biosynthetic gene cluster of Streptomyces viridochromogenes Tu57 and production of new antibiotics. (Chem Biol. , 2001) comment avilamycin A生合成遺伝子クラスターの報告。 AviQ1: UDP-glucose 4-epimerase from T. maritima [Proposed function:Sugar biosynthesis] このORFについて機能解析はされていない。 AviQ1, AviQ2 or AviQ3がepimerization stepsに関与すると推定している。これらの遺伝子が機能する可能性のあるstepとして、4-O-methyl-D-fucose moiety生合成、2-O-isobutyryl-L-lyxose moiety生合成、methyleurekanate moiety生合成が挙げられている。しかし、AviQ1, AviQ2, AviQ3については正確な機能を予測することは難しいと記述している。
Related Reference	ACC Q9L5C0 PmId [18266738] ( , ) comment Bradyrhizobium japonicum UDP-galactose 4-epimerase_galE [6e-28 119 33.33] galEのcloningと特徴付け。 Escherichia coli galE mutantを相補することを確認している。B. japonicum galE geneはepimerase activityを示し、lipopolysaccharide synthesisやgalactose metabolism、あるいは両方に関与しているかもしれないと予測している。また、galE mutant producesはO-antigenが欠落した異常なlipopolysaccharideを生産し、soybeanのnodulationに影響を与えることが示された。
Related Reference	ACC P13226 PmId [3335481] ( , ) comment Streptomyces lividans UDP-glucose 4-epimerase_galE (synonym:UDP-galactose 4-epimerase) [3e-20 93.6 30.25] S. lividans gal genes(galT, galE, galK)は大腸菌のgalE,galT,galK欠失株をそれぞれ相補し、galTEK operonはgalactose utilizationに関与することを示した。
Family/Domain	FD IPR001509 comment [IPR001509] NAD-dependent epimerase/dehydratase (Domain) Family: Epimerase (PF01370) NAD dependent epimerase/dehydratase family

Sequence

>putative NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein [putative UDP-glucose 4-epimerase]
MSMFPGFSAGTRLLVTGGAGFIGSHVVDAFLEAGAEVTVLDDLTTGDPERLDPRAVIRRV
DVTDAAALDEAVRSARPDVICHLAAQIDVRVSVATPAVDARVNVEGTINVLEAAHAVGAR
VVFASTGGALYGEGVPVPTNEDTLPRPGAPYGTAKYCAEKYIGLFNRLHGTEHSVLRLGN
VYGPRQSPGGEAGVIAIYCGLASEGGVPTVFGDGSQTRDYVYVGDVAAAFVAPYGTVGPA
SGTSDTGKGSTVLEVLDHIAAASGRDLPPRFAPRRPGEIQHSTLDVTRVAADLGWTASVP
LEKGIAATYAWVRSGSPVRQQA

>putative NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein [putative UDP-glucose 4-epimerase]
ATGTCCATGTTCCCGGGGTTCTCAGCCGGAACACGTCTGCTGGTGACCGGAGGGGCGGGC
TTCATCGGCTCGCACGTGGTCGACGCCTTCCTGGAGGCCGGGGCCGAGGTCACCGTGCTG
GACGACCTGACCACCGGTGACCCGGAACGTCTGGACCCACGTGCGGTCATCCGTCGCGTC
GACGTGACCGATGCCGCCGCCCTGGACGAGGCCGTGCGGTCGGCGCGCCCCGACGTCATC
TGCCATCTCGCGGCCCAGATCGACGTCCGGGTCTCGGTGGCCACACCGGCCGTCGACGCG
CGGGTCAACGTCGAGGGCACGATCAACGTGCTGGAAGCGGCGCACGCCGTCGGGGCGCGG
GTCGTGTTCGCCTCCACCGGCGGGGCGCTCTACGGGGAAGGCGTTCCGGTCCCGACGAAC
GAGGACACGCTGCCCAGGCCGGGGGCGCCCTACGGCACGGCCAAGTACTGCGCGGAGAAG
TACATCGGCCTGTTCAACCGGCTGCACGGAACCGAGCACAGCGTGTTGCGGCTCGGCAAC
GTGTACGGGCCCCGGCAGAGCCCGGGCGGTGAGGCGGGCGTCATCGCCATCTACTGCGGG
CTGGCCTCCGAGGGCGGAGTGCCCACGGTGTTCGGCGACGGTTCGCAGACCCGTGACTAC
GTGTACGTCGGCGACGTCGCCGCGGCGTTCGTCGCGCCGTACGGCACCGTCGGCCCGGCG
TCTGGAACATCGGACACGGGCAAGGGGAGCACGGTGCTGGAGGTCCTCGACCACATCGCC
GCCGCCTCCGGGCGCGACCTGCCTCCCCGTTTCGCGCCCCGCCGGCCGGGCGAGATCCAG
CACAGCACCCTGGACGTCACTCGTGTCGCCGCCGATCTGGGCTGGACCGCGTCCGTCCCG
CTGGAGAAAGGCATCGCCGCCACCTACGCCTGGGTCCGTTCCGGTTCGCCCGTCCGGCAG
CAGGCATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001509 NAD-dependent epimerase/dehydratase (Domain) PF01370 Epimerase IPR016040 NAD(P)-binding domain (Domain) G3DSA:3.40.50.720 NAD(P)-bd IPR025308 UDP-glucose 4-epimerase C-terminal domain (Domain) PF13950 Epimerase_Csub
SignalP	Eukaryota
TMHMM	No significant hit

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