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Avil_00410 : CDS information

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Organism
StrainTü57
Entry nameAvilamycin
Contig
Start / Stop / Direction40,799 / 40,047 / - [in whole cluster]
40,799 / 40,047 / - [in contig]
Locationcomplement(40047..40799) [in whole cluster]
complement(40047..40799) [in contig]
TypeCDS
Length753 bp (250 aa)
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Category2.3 modification addition of sugar moiety
Productputative eurekanate biosynthesis protein
Product (GenBank)
GeneaviO2
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
  • eurekanate
  • acetyl group
Note
Note (GenBank)
Reference
PmId
[11410376] Biosynthesis of the orthosomycin antibiotic avilamycin A: deductions from the molecular analysis of the avi biosynthetic gene cluster of Streptomyces viridochromogenes Tu57 and production of new antibiotics. (Chem Biol. , 2001)
comment
[PMID:11410376]
avilamycin A生合成遺伝子クラスターの報告。

AviO2:L-proline 4-hydroxylase from Dactylosporangium sp. [Proposed function:C-O-C formation]

AviO1,AviO2,AviO3は、avilamycin AのO-CH2-O group(residue H)とorthoester linkasesの形成に関与すると推測。このORFの機能解析はされていない。


[PMID:15640214(2005)]
AviB1,AviB2,AviO1,AviO2,AviO3の機能解析の報告。
各欠損株を作製し、NMRにて構造解析を行っている。

aviO2欠損株はeurekanate moietyのC4位がアセチル化されていないavilamycin誘導体を検出した。また、HSQC法の結果とあわせてAviO2はsugar moietyにacetyl carbanionを付着すると予測した。
しかし、AviO2がAviB1/B2によって縮合ステップを触媒することを開始するための4-OH基の酸化に関与している可能性を排除できていない。

aviB1とAviO2のmutantは両方ともC4位でketo基ではなくOH基を持つが、機構的観点からcarbanionの付着には4-keto基が必要。そこで、4-keto誘導体はこれまで認識されていない、おそらく非特異的なケトレダクターゼによって縮合stepのあと還元されると推測している。

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selected fasta
>putative eurekanate biosynthesis protein
MGAVETVIDEEHRAAFQADGFASLPRLVDDTELEWLRGVYDRLFSEHADFTTGDYFDIAG
RQDSDRPARLPQIVRPEKFVPELVESAHFQRCRAIAAQLLDIPEDELDFYGHAILKPPNY
GAATPWHQDEGYMDPRCRRRGLSIWTPLDEATVDSGCLHYVPGAHLGPVLPHRHIDDDDR
IRGLVTDAVDPAAGVPVPLASGEAVVHALRAPHYAGPNLTDQTRRAYVLVFMGAAEEVAD
PEPRPWLDKD
selected fasta
>putative eurekanate biosynthesis protein
ATGGGGGCCGTGGAAACTGTGATCGACGAGGAGCACCGCGCAGCCTTCCAGGCCGACGGA
TTCGCATCGCTGCCGCGGCTCGTGGACGACACGGAGCTGGAGTGGCTGCGCGGTGTCTAC
GATCGCCTGTTCTCCGAGCACGCCGACTTCACTACGGGCGACTACTTCGACATCGCCGGC
CGCCAGGATTCCGACAGGCCGGCCCGGCTACCGCAGATCGTGCGCCCGGAGAAATTCGTC
CCCGAGCTGGTCGAGAGTGCGCATTTCCAGCGGTGCCGGGCGATCGCCGCGCAGCTGCTG
GACATCCCGGAGGACGAGCTCGACTTCTATGGGCACGCCATTCTGAAGCCGCCGAACTAC
GGCGCGGCAACGCCCTGGCACCAGGACGAGGGCTACATGGACCCGCGCTGCCGCCGGCGC
GGGCTCAGCATATGGACCCCGCTGGACGAGGCCACCGTGGACAGCGGCTGCCTGCACTAT
GTGCCCGGCGCGCACCTCGGTCCCGTGCTGCCGCACCGGCACATCGACGACGACGACCGT
ATCCGGGGGCTGGTGACCGACGCGGTGGACCCGGCCGCCGGGGTGCCCGTCCCCCTCGCC
TCGGGTGAGGCCGTGGTGCACGCCCTGCGCGCTCCGCATTACGCGGGCCCCAATCTCACC
GACCAGACGCGCCGGGCCTATGTGCTGGTCTTCATGGGGGCGGCCGAAGAGGTCGCCGAC
CCCGAGCCGCGCCCCTGGCTGGACAAGGACTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR008775 Phytanoyl-CoA dioxygenase (Family)
[16-226] 5e-27 PF05721
PF05721   PhyH
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Avil_00400 Avil_00400   Avil_00420 Avil_00420
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