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Chart_00270 : CDS information

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Organism
StrainHKI-249
Entry nameChartreusin
Contig
Start / Stop / Direction25,802 / 27,430 / + [in whole cluster]
6,222 / 7,850 / + [in contig]
Location25802..27430 [in whole cluster]
6222..7850 [in contig]
TypeCDS
Length1,629 bp (542 aa)
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Category4.3 transport
Productputative drug resistance transporter
Product (GenBank)ChaT1 protein
Gene
Gene (GenBank)chaT1
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[15911378] Biosynthesis of the antitumor agent chartreusin involves the oxidative rearrangement of an anthracyclic polyketide. (Chem Biol. , 2005)
comment
chartreusin生合成clusterの解析論文。
異種性にclusterを発現してchartreusin産生を確認。

ChaT1: Drug transporter transmembrane efflux protein

配列解析に基づき、機能予測している。
Related Reference
ACC
P46105
NITE
Actino_00140
PmId
[1878971] The act cluster contains regulatory and antibiotic export genes, direct targets for translational control by the bldA tRNA gene of Streptomyces. (Cell. , 1991)
[8636024] Production of actinorhodin-related "blue pigments" by Streptomyces coelicolor A3(2). (J Bacteriol. , 1996)
[17644591] Investigation of transcription repression and small-molecule responsiveness by TetR-like transcription factors using a heterologous Escherichia coli-based assay. (J Bacteriol. , 2007)
[17338074] Initiation of actinorhodin export in Streptomyces coelicolor. (Mol Microbiol. , 2007)
comment
Blast 109th, id33%, 1e-59
Streptomyces coelicolor_actII-ORF2
Probable actinorhodin transporter

--
[PMID: 1878971](1991)
actinorhodin biosynthetic gene clusterのactII領域の解析論文。

ActII-ORF2は、排出によって抵抗性を与える膜貫通タンパクに似ている。
TMSs=13

actII-ORF1, actII-ORF2, or actII-ORF3の破壊はactinorhodin生合成を妨げない。
actII-ORF2/ORF3 mutationsは（たぶん酸性型の）抗生物質を細胞内に蓄積し、抗生物質排出が妨げられている。
確認しているのは青色色素として。

--
[PMID: 8636024](1996)
double actII-ORF2/3 mutantはactinorhodin関連物質の細胞外排出が阻害される。
actII-ORF3 mutantは細胞外排出を阻害しないので、actII-ORF2が細胞外排出に不可欠。

actVA-ORF1 and actII-ORF2によってコードされるputative membrane proteinsはどちらも単独では青色色素排出できないので、これらは排出複合体の一部を形成するかもしれない。

--
[PMID: 17644591](2007)
E.coli-based biosensorsを開発し、DNAと小分子リガンドとの相互作用の調査に使用。
ActRはactII-ORF2(actA)の発現を抑制する。
actII-ORF2(actA)のオペレーター_OactはActRと特異的に結合。
ActRはactinorhodinと関連分子と相互作用する。

--
[PMID: 17338074](2007)
tetAを抑制するTetRのように、ActRはactAのrepressorである。
actinorhodin生合成経路の中間体である(S)-DNPAと、中間体dihydrokalafunginに関連した分子kalafunginが、特に強力なActR ligandsであり、ActRによる抑制を軽減する。
ACC
P39886
PmId
[1592819] ( , )
[1592820] The Streptomyces glaucescens TcmR protein represses transcription of the divergently oriented tcmR and tcmA genes by binding to an intergenic operator region. (J Bacteriol. , 1992)
comment
Blast 246th, id35%, 2e-54
Streptomyces glaucescens_tcmA
Tetracenomycin C resistance and export protein

--
[PMID: 1592819](1992)
配列解析。
smallest subcloneを得るときに、tetracenomycin C resistanceがあるか確認している。
tcmA(resistance gene)の上流は逆向きtcmR(repressor)。

--
[PMID: 1592820](1992)
tcmRありなしでのtcmAへの影響、TcmR proteinの結合条件を検討。
tcmAの転写はtetracenomycin Cによって誘導され、tcmR geneによって抑制される。
TcmR proteinは特異的にtcmA-tcmR遺伝子間領域のoperator(s)に結合する。
この結合はtetracenomycin Cによって抑制される。

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selected fasta
>putative drug resistance transporter [ChaT1 protein]
MTEVKTAEAPVTQRPWLVLAIMCVGFFMALLDGSIVNIAIPTLIDGLDASYDQVLWIIDG
YMLVFSVLLITTGRLGDIYGYRRLFLIGITLFTVASALCGLSESPDWLLAARVLQGLGGA
LLFPQVISSILTIFPPQLRGRAFGLFGAIVGFAPIVGPVVGGFLLAHLSWRWIFFINVPI
GIVTALLAVRYVPVMRPGRSNSLDLTGVALATAGLTGIVFGLIEGERYDWGTITGPISIA
SVIIAGVVLLVLFVLWQHRRKTDSLMPLALFNARNFSVGNGVGFIFQLGMIAIAFVLVLY
LQTARGYSALETAAVMLPNAILTAVGSTYAGRLSDKFGGKYVLMAGLAMLTVGLLVLVAS
TDAHSDAWSLLPGLIIIGIASGATFAPLQQATMDGVNPQLAGAASGVSNTTRQVGGVLGT
AVLGALLSARINADLPEEAQEQAAQLPSELRDQFLAAADSAGNFSPPSVPSGLSVSEADL
FRRLGDDAFATSFTHAMHVTFLVAAAVLIAATVLCGLFTTPPRAEPAQETAGEEDTRSTS
ED
selected fasta
>putative drug resistance transporter [ChaT1 protein]
GTGACGGAAGTCAAAACGGCGGAAGCCCCGGTCACGCAGCGGCCATGGTTGGTCCTCGCC
ATCATGTGTGTCGGCTTCTTCATGGCGCTGCTCGACGGAAGCATCGTCAATATCGCCATC
CCGACATTGATCGACGGCCTGGACGCGTCCTACGACCAAGTGCTGTGGATCATCGACGGA
TACATGCTGGTCTTCTCGGTACTGCTGATCACCACCGGGCGCCTCGGCGACATCTACGGG
TATCGGCGGCTTTTCCTGATCGGTATCACCCTCTTCACCGTGGCCTCGGCCCTGTGCGGG
CTGTCCGAGTCGCCCGACTGGCTGCTCGCCGCGCGTGTGCTGCAAGGGCTGGGCGGGGCG
CTGCTGTTCCCGCAGGTGATCTCGTCGATCCTGACGATCTTCCCGCCTCAGCTGCGCGGT
CGGGCGTTCGGCCTCTTCGGGGCCATCGTCGGCTTCGCGCCGATCGTCGGCCCGGTCGTC
GGCGGTTTCCTCCTCGCCCACCTCAGCTGGCGCTGGATCTTCTTCATCAACGTCCCGATC
GGCATCGTCACCGCCCTGCTGGCCGTCCGGTACGTCCCGGTCATGCGGCCCGGCCGCAGC
AACAGCCTCGACCTGACCGGCGTCGCCCTGGCCACCGCCGGCCTCACCGGCATCGTCTTC
GGCCTCATCGAGGGCGAGCGCTACGACTGGGGAACCATCACCGGCCCGATCAGCATCGCG
TCCGTCATCATCGCCGGCGTCGTGCTGCTCGTCCTGTTCGTCCTGTGGCAGCACCGCCGC
AAGACCGACTCCCTCATGCCGCTGGCCCTCTTCAACGCCCGTAACTTCTCGGTCGGCAAC
GGCGTCGGCTTCATCTTCCAGCTCGGGATGATCGCCATCGCCTTCGTCCTGGTGCTCTAT
CTCCAGACGGCCCGCGGTTACAGCGCTCTGGAGACCGCCGCGGTCATGCTGCCCAACGCG
ATCCTGACCGCGGTCGGCTCCACCTACGCGGGCCGGCTGTCCGACAAGTTCGGCGGCAAG
TACGTCCTCATGGCCGGCCTCGCCATGCTCACCGTCGGTCTGCTCGTCCTGGTCGCCTCC
ACCGACGCGCACAGCGACGCCTGGAGTCTGCTGCCCGGCCTGATCATCATCGGCATCGCC
AGCGGCGCCACCTTCGCCCCGCTGCAACAGGCCACCATGGACGGCGTGAACCCCCAGTTG
GCGGGTGCGGCCTCGGGCGTCTCCAACACGACCCGCCAGGTGGGCGGCGTCCTCGGCACC
GCCGTACTGGGCGCCCTGCTGTCCGCCCGTATCAACGCCGATCTCCCCGAGGAGGCCCAG
GAACAGGCCGCCCAGCTGCCGTCGGAACTGCGCGACCAATTCCTGGCCGCCGCCGACAGC
GCGGGGAACTTCAGTCCGCCCAGCGTTCCTTCGGGCCTCAGTGTGAGCGAGGCCGACCTG
TTCCGGCGCCTGGGTGACGACGCCTTCGCGACGAGCTTCACCCACGCCATGCACGTCACC
TTCCTGGTCGCGGCCGCAGTGCTCATCGCGGCGACCGTCTTGTGCGGCCTCTTCACGACG
CCGCCGAGGGCGGAACCCGCCCAGGAGACCGCGGGTGAGGAGGACACCCGCAGCACATCC
GAGGACTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001411 Tetracycline resistance protein TetB/drug resistance transporter (Family)
[21-45] 2.00000075217457e-11 PR01036 [81-103] 2.00000075217457e-11 PR01036 [142-166] 2.00000075217457e-11 PR01036 [410-429] 2.00000075217457e-11 PR01036
PR01036   TCRTETB
IPR004638 Drug resistance transporter EmrB/QacA subfamily (Family)
[19-514] 2.90000000000003e-97 TIGR00711
TIGR00711   Efflux_EmrB
IPR011701 Major facilitator superfamily (Family)
[23-419] 1.09999999999999e-59 PF07690
PF07690   MFS_1
IPR016196 Major facilitator superfamily domain, general substrate transporter (Domain)
[1-535] 1.69998802370953e-88 SSF103473
SSF103473   MFS_gen_substrate_transporter
IPR020846 Major facilitator superfamily domain (Domain)
[18-523] PS50850
PS50850   MFS
SignalP
[1-29] 0.483 Signal
Eukaryota   
TMHMM
[17-39] Transmembrane (i-o) [54-71] Transmembrane (o-i) [84-101] Transmembrane (i-o) [116-138] Transmembrane (o-i) [145-167] Transmembrane (i-o) [172-194] Transmembrane (o-i) [201-223] Transmembrane (i-o) [233-255] Transmembrane (o-i) [276-298] Transmembrane (i-o) [341-360] Transmembrane (o-i) [367-389] Transmembrane (i-o) [496-518] Transmembrane (o-i)
Transmembrane 12   
Chart_00260 Chart_00260   Chart_00280 Chart_00280
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