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Chro_00350 : CDS information

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Organism
StrainATCC 13273 (=NBRC 3746)
Entry nameChromomycin
Contig
Start / Stop / Direction39,332 / 40,288 / + [in whole cluster]
39,332 / 40,288 / + [in contig]
Location39332..40288 [in whole cluster]
39332..40288 [in contig]
TypeCDS
Length957 bp (318 aa)
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Category3.4 other modification
Productputative cyclase/dehydratase
Product (GenBank)aromatase
Gene
Gene (GenBank)cmmQ
EC number
Keyword
  • 1st ring
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[15112992] Biosynthesis of the antitumor chromomycin A3 in Streptomyces griseus: analysis of the gene cluster and rational design of novel chromomycin analogs. (Chem Biol. , 2004)
comment
aureolic acid type antitumor drug chromomycin A3の生合成gene clusterの同定論文。

CmmQ: Aromatase

配列解析から機能推定。
1st ring閉環を担うaromataseであると提唱されている。
Related Reference
ACC
Q2PA00
NITE
Stref_00150
PmId
[16751529] Isolation, characterization, and heterologous expression of the biosynthesis gene cluster for the antitumor anthracycline steffimycin. (Appl Environ Microbiol. , 2006)
comment
Blast 5th, id53%, 8e-78
Streptomyces steffisburgensis_stfQ
Aromatase

steffimycin生合成gene clusterのクローニング、特徴づけ。
36ORFsが見つかり、そのうち24ORFsを含む26.5 kb領域がおそらくsteffimycin生合成に関連する。

配列解析からの機能推定。
stfQ: Aromatase

stfP,K,S(minmal PKS), stfQ(aromatase), stfY(CYC), stfOI(oxygenase), stfX(?), and stfT(C7 KR) genesを含んでいるpEM4KSEHをS.albusに導入し、異種性にsteffimycin中間体(2-O-demethyl-8-demethoxy-10-deoxysteffimycinone)が形成されることを確認している。

steffimycinは非還元polyketideから1st ringを形成すると提唱されている。
ACC
Q54221
NITE
Griseu_00050
PmId
[8169211] Cloning, sequencing, and analysis of the griseusin polyketide synthase gene cluster from Streptomyces griseus. (J Bacteriol. , 1994)
[9195917] Domain analysis of the molecular recognition features of aromatic polyketide synthase subunits. (J Biol Chem. , 1997)
[10467128] Heterologous expression, purification, reconstitution and kinetic analysis of an extended type II polyketide synthase. (Chem Biol. , 1999)
comment
Blast 11th, id40%, 4e-58
Streptomyces griseus
Putative cyclase/dehydrase

---
[PMID: 8169211](1994)
griseusin PKS gene clusterの報告。
ORF4 for a cyclase-dehydrase

actVII領域との比較によりcyclaseと推定される。
act PKS genesに対応しているORF1-ORF4までの5ORFsを2回組み換えしてermEにすると、griseucinA, Bを産生しない。

--
[PMID: 9195917](1997)
TcmN-N末monodomain ARO/CYCとdidomain ARO/CYCsとの組み合わせで産物解析。
monodomain ARO/CYCsは配列はとても似ているのに、didomain ARO/CYCsのN末domainの代わりをできない。
didomain actinorhodin or griseusin ARO/CYCは、N末domainもC末domainも、それぞれ単独発現ではaromatase活性がない。

gris ARO/CYCのC末domainはaromtase活性がない状況で発現されたときtetracenomycin (tcm) minimal PKSの鎖長特異性を変調し、予想された20C産物に加えて、新規の18C産物の形成を導いた。

--
[PMID: 10467128](1999) abstract
act minimal PKS + act KR + gris ARO/CYCで構成された拡張PKSが、act minimal PKS + act KR または act minimal PKSのみより高い代謝回転数を持つことが明らかになった。

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selected fasta
>putative cyclase/dehydratase [aromatase]
MSQPHLIRHRVTVRAAAPLCFGLMADLDHWPQHFGPAVHAEVLEPDEGDGDLIRRWALTG
GTGVHVWDARRRLDRNGLRIVFDQVEPQAPLTGMRAVWSFEADGEGITTVGVTHEFTVTG
DDPEAVRRTTDDVNARTPDQLDSLRDLAERWDEVEPLVISFEDPLFIGGRLEDVYEFLYA
ADAWPERVPHVEKLEMTEDTPGIQFFDMHTHTPDGRDHSTRSVRVCLPSHKIVYKQISLP
ALLDGHTGHWVFTETPEGVIAHARHTATIKPSALPLLGEGTTVADARKYLRRVLSTNSLQ
TLRYAKQFAEERVHAAHA
selected fasta
>putative cyclase/dehydratase [aromatase]
ATGTCCCAGCCGCACCTCATCCGGCACCGCGTCACCGTCCGAGCAGCCGCCCCGCTCTGC
TTCGGCCTGATGGCCGACCTCGACCACTGGCCCCAGCACTTCGGTCCCGCCGTGCACGCC
GAGGTCCTGGAGCCCGACGAAGGCGACGGCGACCTGATCCGTCGCTGGGCGCTGACCGGC
GGCACCGGCGTGCACGTCTGGGACGCCCGCCGCCGGCTCGACCGGAACGGCCTGCGCATC
GTCTTCGACCAGGTGGAGCCGCAGGCACCCCTGACCGGCATGCGCGCCGTGTGGAGCTTC
GAGGCCGACGGCGAGGGAATCACGACCGTGGGCGTCACCCATGAGTTCACCGTCACCGGG
GACGATCCCGAAGCGGTGCGTCGGACCACCGACGACGTCAACGCCCGCACCCCCGACCAG
CTCGACTCGCTGCGTGACCTTGCCGAGCGGTGGGACGAGGTGGAGCCCCTGGTCATCTCC
TTCGAGGACCCGCTGTTCATCGGCGGCCGGCTGGAGGACGTCTACGAGTTCCTGTACGCA
GCCGACGCATGGCCGGAGCGTGTTCCGCACGTGGAGAAGCTGGAGATGACCGAGGACACC
CCCGGCATCCAGTTCTTCGACATGCACACGCACACCCCCGACGGACGCGACCACAGCACC
CGGTCCGTGCGGGTCTGCCTGCCGAGCCACAAGATCGTCTACAAGCAGATCAGTCTTCCG
GCCCTGCTCGACGGCCATACCGGGCACTGGGTGTTCACGGAGACCCCGGAGGGTGTCATC
GCCCACGCCCGGCACACCGCGACGATCAAACCGTCCGCGCTGCCACTCCTGGGGGAGGGC
ACCACGGTCGCCGACGCCCGGAAGTACCTGCGCCGGGTCCTGAGTACCAACAGCCTGCAA
ACCCTGCGGTACGCCAAGCAGTTCGCCGAGGAGCGAGTCCATGCCGCCCACGCCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR023393 START-like domain (Domain)
[8-150] 4.9e-08 G3DSA:3.30.530.20
G3DSA:3.30.530.20   G3DSA:3.30.530.20
SignalP
[1-40] 0.662 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
Chro_00340 Chro_00340   Chro_00360 Chro_00360
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