Cosmo_00020 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces olindensis
Strain	DAUFPE 5622
Entry name	Cosmomycin
Contig	DQ280500
Start / Stop / Direction	1,000 / 374 / - [in whole cluster] 1,000 / 374 / - [in contig]
Location	complement(374..1000) [in whole cluster] complement(374..1000) [in contig]
Type	CDS
Length	627 bp (208 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	putative NDP-hexose epimerase
Product (GenBank)	CosL
Gene
Gene (GenBank)	cosL
EC number	5.1.3.-
Keyword	L-rhodosamine L-2-deoxyfucose L-rhodinose
Note
Note (GenBank)	putative NDP-hexose 3-5 epimerase
Reference	ACC Q2PZS4 PmId [16810496] Insights in the glycosylation steps during biosynthesis of the antitumor anthracycline cosmomycin: characterization of two glycosyltransferase genes. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2006) comment cosmomycinsを含むanthracycline複合体retamycinの産生株Streptomyces olindensisの染色体14kb領域から、cosmomycin生合成に関連した13genesを同定。 cosL: NDP-hexose 3,5-epimerase cosLについては配列解析のみ。 NDP-deoxysugar生合成に関連すると予測されている。 cosmomycin deoxysugarsはすべてL-sugarなので、CosLは対応するD体の中間体をL体に変換する3,5-epimeraseであると提唱されている。
Related Reference	ACC O33707 NITE Adria_00190 PmId [9209071] Cloning and characterization of the Streptomyces peucetius dnmZUV genes encoding three enzymes required for biosynthesis of the daunorubicin precursor thymidine diphospho-L-daunosamine. (J Bacteriol. , 1997) [10631513] A two-plasmid system for the glycosylation of polyketide antibiotics: bioconversion of epsilon-rhodomycinone to rhodomycin D. (Chem Biol. , 1999) [11129052] Analysis of genes involved in 6-deoxyhexose biosynthesis and transfer in Saccharopolyspora erythraea. (Mol Gen Genet. , 2000) [15977277] ( , ) comment Blast 4th, id64%, 1e-69 Streptomyces peucetius_dnmU Putative epimerase --- [PMID: 9209071](1997) dTDP-L-daunosamineの生合成に必要なdnmZUV genesのクローニングと特徴づけ。 dnmU: dTDP-4-keto-6-deoxyglucose またはそれより後の中間体のL-立体異性体の合成 WHM1673 mutant strainの表現型と相補の結果から、DnmUはdaunosamine (DNR)生合成に必要。配列類似性から、DnmUはDNR生合成においてdTDP-4-keto-6-deoxyglucose-3(5)-epimeraseとして機能すると示唆される。でもこれが本当の基質かどうかは分からない。 --- [PMID: 10631513](1999) 異種性ホストにおけるL-daunosamineの生合成と付着のための最少の情報は、dnmLMJVUTS genesによってコードされる。 --- [PMID: 11129052](2000) S. erythraea eryBVII deletion mutantはeryBVII またはS. peucetius_dnmUで相補可能、erythromycin A 産生を回復する。 S. peucetius DSM 40754(Other collection no.: ATCC 29050)由来dnmUを使用している。 --- [PMID: 15977277](2005) abstract dTDP-4-keto-6-deoxyglucose 3,5-epimeraseとして働くRmlCをDnmUで置換できた(in vitro)。しかしhomologでの実験結果などから、DnmUはvivoでC-5 epimerizationのみを触媒すると結論づけている。
Related Reference	ACC Q9S0P2 NITE Aver_00150 PmId [11451669] Insights about the biosynthesis of the avermectin deoxysugar L-oleandrose through heterologous expression of Streptomyces avermitilis deoxysugar genes in Streptomyces lividans. (Chem Biol. , 2001) comment Blast 21st, id56%, 7e-55 Streptomyces avermitilis_aveBV dTDP-4-keto-6-deoxyhexose 3,5-epimerase [DoBISCUIT]NDP-hexose 5-epimerase Table1. avrF/aveBV: dTDP-4-keto-6-deoxyglucose 3-epimerase　 (本文を読むと5-epimeraseの間違いと思われる。) S.lividansでS.avermitilis avrBCDEFGHIを発現させて外因性aglyconeと反応させて産物解析。 delta-avrFな発現株では、C-13にD-olivoseが1つbeta-glycoside結合したavermectin A1a3を産生する。 avermectin A1a3を産生できるのはdelta-avrFのみ。 C-3での立体化学は最終的に3-O-methyltransferaseによって決定されるので、AvrF proteinは5-epimeraseであって3,5-epimeraseではない。

Sequence

>putative NDP-hexose epimerase [CosL]
MQIRKLKVEGAYEFTPRQFRDHRGLFVSPFQLEAFQQALGRPHFPVAQTNHSISRRGTVR
GIHFTVTPPGTAKYVYCARGRALDIVVDLRVGSPTFMQWDAVEMDQVHFRASYFPVGVGH
AFVALEDDTVMSYLLTGPYVAENELAVDIFDRELGVRLPAGLDTVQSERDAAALSFAAAR
AQGLLPDYAESAAVEERLWQSSGIGASS

>putative NDP-hexose epimerase [CosL]
ATGCAGATCCGTAAGCTCAAGGTCGAGGGTGCCTACGAGTTCACCCCCCGTCAGTTCCGC
GACCACCGCGGGCTGTTCGTCTCGCCCTTCCAGCTGGAGGCGTTCCAGCAGGCGCTGGGG
CGGCCGCACTTCCCGGTCGCGCAGACCAACCACAGCATCTCCCGGCGCGGCACGGTCCGC
GGCATCCACTTCACCGTCACCCCACCAGGTACCGCGAAGTACGTGTACTGCGCGCGCGGC
CGAGCCCTCGACATCGTGGTCGACCTGCGGGTCGGCTCGCCCACCTTCATGCAGTGGGAC
GCGGTCGAGATGGACCAGGTCCACTTCCGTGCCTCGTACTTCCCGGTCGGCGTCGGCCAC
GCCTTCGTCGCGCTGGAGGACGACACCGTCATGTCCTACCTGCTCACGGGCCCGTACGTG
GCCGAGAACGAGCTCGCCGTCGACATCTTCGACCGGGAGCTGGGCGTGCGGCTCCCCGCC
GGTCTCGACACGGTGCAGTCGGAGCGGGACGCCGCGGCGCTGTCCTTCGCCGCGGCCCGG
GCCCAGGGGCTGCTGCCCGACTACGCCGAGTCCGCGGCGGTCGAGGAGCGCCTGTGGCAG
TCCTCCGGCATCGGCGCCTCGAGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR000888 dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase-related (Family) PD001462 dTDP_sugar_isom PF00908 dTDP_sugar_isom IPR011051 RmlC-like cupin domain (Domain) SSF51182 RmlC_like_cupin IPR014710 RmlC-like jelly roll fold (Domain) G3DSA:2.60.120.10 RmlC-like_jellyroll
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Cosmo_00010 Cosmo_00030