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Ello_00090 : CDS information

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Organism
StrainTü2353
Entry nameElloramycin
Contig
Start / Stop / Direction8,139 / 8,459 / + [in whole cluster]
8,139 / 8,459 / + [in contig]
Location8139..8459 [in whole cluster]
8139..8459 [in contig]
TypeCDS
Length321 bp (106 aa)
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Category3.4 other modification
Productcyclase/dehydratase
Product (GenBank)TcmF2 cyclase
Gene
Gene (GenBank)elmI
EC number
Keyword
  • 4th ring
Note
  • The N-terminal position was modified from original INSDC entry.
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[18310024] Biosynthesis of elloramycin in Streptomyces olivaceus requires glycosylation by enzymes encoded outside the aglycon cluster. (Microbiology. , 2008)
comment
elloramycin clusterの同定論文。
elmNI については配列解析のみ。

elmI : TcmF2 cyclase

cyclases ElmI (4th ring), ElmJ(3rd ring)とmonooxygenase ElmHの作用により、tetracyclic生合成中間体tetracenomycin D3が生成されるだろうと述べている。
Related Reference
ACC
Q9L4X9
PmId
[11325225] Cloning, sequencing, and heterologous expression of the elmGHIJ genes involved in the biosynthesis of the polyketide antibiotic elloramycin from Streptomyces olivaceus Tu2353. (J Nat Prod. , 2001)
comment
A8KQW5と比べてN末が10aa長いだけで配列は100%一致。
alignmentの様子からこちらの配列のほうが適切と思われる。

---
[PMID: 11325225](2001)
Elloramycin A産生に関連するcosmid clone 16F4からelmGHIJを同定。
E.coli or S.lividansでelmGHI genesを異種性発現して特徴づけ。

ElmG はtetracenomycin B2 oxygenase
ElmH はtetracenomycin F1 monooxygenase
ElmI はtetracenomycin F2 cyclase
として確立した。

elmI をE.coliで過剰発現、精製、確認。
tetracenomycin(Tcm) F2の分子内aldol縮合の触媒において活性あり(pH8.5)。
この反応でmajorなTcm F1とminorな9-decarboxyl-TcmF1が得られた。
ACC
P39890
PmId
[8218177] ( , )
comment
Blast 3rd, id72%, 2e-38
Streptomyces glaucescens_tcmI
Tetracenomycin polyketide synthesis protein tcmI

abstract:

Tetracenomycin (Tcm) F2 cyclaseはtcmI にコードされる。
gel-filtration chromatographyより、溶液中でhomotrimer形成と判明。

pH8.0以上で、TcmI はanthrone Tcm F2 → naphthacenone Tcm F1への環化を触媒。
これは4つある環の最後の1つのみの環化。
Km of 121 +/- 18.2 microM and Vmax of 704 +/- 62.3 nmol.min-1.mg-1

pH6.5以下では、Tcm F2 → 9-decarboxy Tcm F1(Tcm-C生合成経路のshunt産物)への環化を触媒。

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selected fasta
>cyclase/dehydratase [TcmF2 cyclase]
MTYRALMVLRMDPADAERVAAAFEDHDTTGLPEEIGLTRRTLFRFHDLYMHLIEADDDVL
PKILEARDDPRFRKVNEEVGRYLTPYASDWSRLTDSKAEVIYTWEA
selected fasta
>cyclase/dehydratase [TcmF2 cyclase]
ATGACGTACCGGGCCCTGATGGTGCTGCGGATGGACCCGGCCGACGCCGAACGGGTGGCG
GCCGCCTTCGAGGACCACGACACCACCGGACTGCCCGAGGAGATCGGGCTCACCCGCCGC
ACCCTGTTCCGCTTCCACGACCTGTACATGCACCTCATCGAGGCCGACGACGACGTGCTG
CCGAAGATCCTCGAGGCCCGCGACGACCCGCGCTTCCGGAAGGTCAACGAGGAAGTCGGC
CGCTACCTCACCCCGTACGCGTCGGACTGGAGCCGGCTCACCGACTCCAAGGCCGAGGTC
ATCTACACCTGGGAAGCCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR006765 Polyketide synthesis cyclase (Family)
[3-106] 1.09999999999999e-39 G3DSA:3.30.70.1090
G3DSA:3.30.70.1090   Cyclase_polyket
[1-106] PD012644
PD012644   Polyketide_synth_cyclase
[11-106] 5.89999999999994e-35 PF04673
PF04673   Cyclase_polyket
IPR011008 Dimeric alpha-beta barrel (Domain)
[2-106] 9.69997533354407e-39 SSF54909
SSF54909   Dimer_A_B_barrel
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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