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Ello_00140 : CDS information

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Organism
StrainTü2353
Entry nameElloramycin
Contig
Start / Stop / Direction11,677 / 12,135 / + [in whole cluster]
11,677 / 12,135 / + [in contig]
Location11677..12135 [in whole cluster]
11677..12135 [in contig]
TypeCDS
Length459 bp (152 aa)
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Category3.4 other modification
Productputative cyclase/dehydratase
Product (GenBank)aromatase
Gene
Gene (GenBank)elmNI
EC number
Keyword
  • 1st and 2nd ring
  • unreduced polyketide
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[18310024] Biosynthesis of elloramycin in Streptomyces olivaceus requires glycosylation by enzymes encoded outside the aglycon cluster. (Microbiology. , 2008)
comment
elloramycin clusterの同定論文。
elmNIについては配列解析のみ。

elmNI: Aromatase

TcmNと似ていることから、aromatase ElmNIは最初の2つのringの環化を担うだろうと述べている。
Related Reference
ACC
P16559
PmId
[1548230] Nucleotide sequence of the tcmII-tcmIV region of the tetracenomycin C biosynthetic gene cluster of Streptomyces glaucescens and evidence that the tcmN gene encodes a multifunctional cyclase-dehydratase-O-methyl transferase. (J Bacteriol. , 1992)
[8692863] Deciphering the mechanism for the assembly of aromatic polyketides by a bacterial polyketide synthase. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 1996)
[9195917] Domain analysis of the molecular recognition features of aromatic polyketide synthase subunits. (J Biol Chem. , 1997)
[18388203] Crystal structure and functional analysis of tetracenomycin ARO/CYC: implications for cyclization specificity of aromatic polyketides. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2008)
comment
Blast 2nd, id57%, 2e-44, N-term部分hit[5-145/494aa]
Streptomyces glaucescens_tcmN
Multifunctional cyclase-dehydratase-3-O-methyl transferase tcmN

--
[PMID: 1548230](1992)
S.glaucescens由来の抗生剤tetracenomycin C (Tcm C)合成に関わる遺伝子の一つ、tcmNに関する実験論文。

Tcm C のC-3およびC-8 O-methylationをブロックするmutantでは、tcmNおよびtcmOが欠損。
DNAシークエンス解析やrecombinantタンパク(MBPとのfusionタンパク)の発現解析、相補試験などを行っている。

PKS genesとtcmN-N末domain(1-177)をplasmidに組み込み、産物解析をしている。
この結果をふまえ、tcmNのN末domainは1つ以上の早期環化と、部分的に環化された中間体(Tcm F2)を導く付随したdehydrationsをおそらく担うと提唱。

--
[PMID: 8692863](1996)
minimal PKS TcmJKLMによって形成されるdecaketideは、TcmNがないと自発的環化によってSEK15などの異常産物を形成。
TcmNを添加するとtetracenomycin Cの正常前駆体であるTcm F2産生を回復、拡大。
形成されたTcm F2はきつくPKSに結合されている。

--
[PMID: 9195917](1997)
TcmN-N末monodomain ARO/CYCとdidomain ARO/CYCsとの組み合わせで産物解析。
monodomain ARO/CYCsは配列はとても似ているのに、didomain ARO/CYCsのN末domainの代わりをできない。

didomain actinorhodin or griseusin ARO/CYCは、N末domainもC末domainも、それぞれ単独発現ではaromatase活性がない。

--
[PMID: 18388203](2008)
Tcm ARO/CYCの結晶構造解析。
Docking, mutagenesis, in vivo assay実施。
2つのpocket残基R69 and Y35が1st- and 2nd-ring cyclization特異性に必須であることがわかった。
最初の2環の位置特異的なcyclizationsと、続くaromatizationsは内部pocketで起こることが強く示唆されている。

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selected fasta
>putative cyclase/dehydratase [aromatase]
MTTTDNTITIRAPFDLVWRRTNDVESWPTLFAEYASVDVLRRDGDAVEFRLTTRPDADGK
VWSWVSRREPDLASRTVSARRVETGPFRFMHLTWTYQETPDGVVLRWIQEFEVADEAPFD
DAAMAERIDRNTRLNMGRIKQLIEADATKETV
selected fasta
>putative cyclase/dehydratase [aromatase]
ATGACCACCACCGACAACACGATCACCATCCGCGCGCCCTTCGACCTGGTGTGGCGCAGG
ACCAACGACGTCGAGTCCTGGCCGACCCTGTTCGCCGAGTACGCCTCCGTCGACGTGCTC
CGGCGGGACGGCGACGCCGTCGAGTTCCGCCTCACCACCCGGCCCGACGCCGACGGAAAG
GTGTGGTCGTGGGTCTCCCGCCGGGAGCCAGACCTGGCCTCCCGCACCGTCAGCGCCCGG
CGCGTCGAAACCGGTCCGTTCCGCTTCATGCACCTCACCTGGACCTACCAGGAGACGCCG
GACGGCGTCGTCCTGCGCTGGATCCAGGAGTTCGAGGTCGCGGACGAGGCGCCGTTCGAC
GACGCCGCCATGGCCGAACGGATCGACCGCAACACGCGCCTCAACATGGGCCGGATCAAG
CAGCTGATCGAAGCGGACGCCACGAAGGAGACGGTATGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR019587 Polyketide cyclase/dehydrase (Family)
[1-144] 5.10000000000001e-13 PF10604
PF10604   Polyketide_cyc2
IPR023393 START-like domain (Domain)
[1-137] 2.3e-13 G3DSA:3.30.530.20
G3DSA:3.30.530.20   G3DSA:3.30.530.20
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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