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Ello_00150 : CDS information

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Organism
StrainTü2353
Entry nameElloramycin
Contig
Start / Stop / Direction12,132 / 13,181 / + [in whole cluster]
12,132 / 13,181 / + [in contig]
Location12132..13181 [in whole cluster]
12132..13181 [in contig]
TypeCDS
Length1,050 bp (349 aa)
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Category3.2 modification methylation
Productputative C-3 O-methyltransferase
Product (GenBank)C3 O-methyltransferase
Gene
Gene (GenBank)elmNII
EC number2.1.1.-
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[18310024] Biosynthesis of elloramycin in Streptomyces olivaceus requires glycosylation by enzymes encoded outside the aglycon cluster. (Microbiology. , 2008)
comment
elloramycin clusterの同定論文。
elmNIIについては配列解析のみ。

elmNII: C3 O-methyltransferase

TcmNのC末に高い類似性があることから、中間体tetracenomycin D3のC-3でのmethoxy基生成を担うO-methyltransferaseであると提唱されている。

tetracenomycin D3 → tetracenomycin B3
Related Reference
ACC
P16559
PmId
[1548230] Nucleotide sequence of the tcmII-tcmIV region of the tetracenomycin C biosynthetic gene cluster of Streptomyces glaucescens and evidence that the tcmN gene encodes a multifunctional cyclase-dehydratase-O-methyl transferase. (J Bacteriol. , 1992)
comment
Blast 2nd, id65%, 1e-119, C-term部分hit[151-494/494aa]
Streptomyces glaucescens_tcmN
Multifunctional cyclase-dehydratase-3-O-methyl transferase tcmN

S.glaucescens由来の抗生剤tetracenomycin C (Tcm C)合成に関わる遺伝子の一つ、tcmNに関する実験論文。

Tcm CのC-3 OH基のメチル化に影響のあるtcmII, IV mutantでは、tcmII, IV領域に不全がある。
この領域からORF(tcmN)を同定。
tcmNを含むfragmentでこれらmutantsは相補される。

tcmNのN末側は117codonsまで削除されてもレベルは低下するものの相補が可能。
逆にC末側の削除は21codonsでも両mutantsの相補が激減する。
（と、本文にあるが、結果を示すTABLE 2からはそれを読み取れない。）

以上から、
・tcmNの翻訳が1つ以上の内部positionで開始できること、
・vivoではposition 118がstart siteとして使用されること、
・C末側は3-O-methyltransferaseをコードすること、
・N末側は3-O-methyltransferase不全の相補に関連しないこと、
が示唆されている。

TcmNのN末は非還元polyketide鎖のcyclaseであるが、その反応産物はTcmNのC末にあるmethyltransferaseの直接的な基質ではない。
ACC
Q7X2G8
NITE
Gilvo_00100
PmId
[22800463] Roles of the synergistic reductive O-methyltransferase GilM and of O-methyltransferase GilMT in the gilvocarcin biosynthetic pathway. (J Am Chem Soc. , 2012)
comment
Blast 82nd, id32%, 2e-34
Streptomyces griseoflavus_gilMT
Putative O-methyltransferase

GilMT and GilMの調査。
recombinant enzymesを使った合成中間体とのin vitro実験。

モデル基質として2-aryl-5-hydroxy-1,4-naphthoquinoneを使用。
E.coliで発現、精製されたGilMTは、SAM存在下でこの基質のphenyl環のOH基がメチル化された化合物5を蓄積することを確認している。SAMがないとこの反応は起こらない。

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selected fasta
>putative C-3 O-methyltransferase [C3 O-methyltransferase]
MSTAYGERSAAAGLPTDLHAQRLLLLAGAGRLSRVVHVLVELGIAERIGDETRTVDELAA
DTGTDALSLYRILRVAASVGIFQEGPAKAFSATPLSDGLRPGHPGSVLPLVQYNNLDLTR
RPFEQILHSVRTGAPAFDEVFGRPFYAYLESHPEAGEFFERFMLHWSRRLVAEELPKLGL
ERFRRIVDLGGGDGGFLAEVLRRQPGTTGVLMDLPRVAASARARLAEAGLADRVTVVPDD
FFRAPIPTDGDAYLLKGVLHNWSDDKVRELLHRLRAAIGPREATLLVFDVVMSPDNRWDH
GKFLDADMLVLFGGRERTLPEWRKLFAETGFELTNEPEYRWAMLECRPV
selected fasta
>putative C-3 O-methyltransferase [C3 O-methyltransferase]
ATGAGCACCGCGTACGGCGAACGGTCCGCGGCGGCCGGACTGCCCACGGACCTGCACGCC
CAGCGTCTGCTGCTGCTCGCCGGCGCCGGCCGGCTCTCCCGGGTCGTCCACGTCCTGGTG
GAGCTGGGCATCGCCGAGCGCATCGGGGACGAGACCCGCACCGTCGACGAACTCGCCGCC
GACACCGGCACGGACGCCCTGTCCCTGTACCGGATCCTGCGCGTCGCCGCGTCCGTCGGC
ATCTTCCAGGAGGGCCCGGCCAAGGCGTTCTCGGCCACGCCGCTCTCCGACGGGCTGCGC
CCCGGGCACCCGGGCAGCGTGCTGCCCCTGGTCCAGTACAACAACTTGGACCTGACCCGG
CGCCCCTTCGAGCAGATCCTGCACAGCGTCCGCACCGGCGCACCCGCCTTCGACGAGGTG
TTCGGCCGACCGTTCTACGCCTACCTGGAGAGCCACCCCGAAGCCGGCGAGTTCTTCGAG
CGGTTCATGCTGCACTGGAGCCGCCGGCTGGTCGCCGAAGAGCTCCCGAAGCTCGGCCTC
GAACGCTTCCGCCGGATCGTCGACCTCGGCGGCGGCGACGGCGGCTTCCTCGCCGAGGTC
CTGCGCCGGCAGCCCGGGACCACGGGCGTCCTGATGGACCTGCCGAGGGTCGCCGCCTCG
GCACGCGCCCGGCTCGCCGAAGCCGGCCTCGCCGACCGGGTCACCGTCGTGCCGGACGAC
TTCTTCCGGGCGCCGATCCCCACCGACGGCGACGCGTACCTCCTCAAGGGCGTGCTGCAC
AACTGGTCCGACGACAAGGTGCGGGAACTCCTGCACCGCCTGCGGGCCGCCATCGGACCG
CGCGAGGCGACCCTGCTCGTCTTCGACGTCGTGATGTCGCCGGACAACCGCTGGGACCAC
GGCAAGTTCCTCGACGCCGACATGCTCGTCCTCTTCGGCGGCAGGGAGCGCACGCTCCCC
GAGTGGCGGAAGCTGTTCGCGGAGACCGGCTTCGAGCTGACCAACGAGCCCGAGTACCGC
TGGGCGATGCTCGAATGCAGGCCGGTATGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001077 O-methyltransferase, family 2 (Domain)
[89-326] 1.6e-61 PF00891
PF00891   Methyltransf_2
IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain)
[18-97] 3.60000000000001e-10 G3DSA:1.10.10.10
G3DSA:1.10.10.10   Wing_hlx_DNA_bd
IPR016461 O-methyltransferase, caffeic acid-type (Family)
[1-348] 6.5999985252641e-13 PIRSF005739
PIRSF005739   O-mtase
SignalP
[1-38] 0.092 Signal
Bacteria, Gram-negative   
TMHMM No significant hit
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