Fren_00060 Fren_00060   Fren_00080 Fren_00080

Fren_00070 : CDS information

close this sectionLocation

Organism
StrainAK24158
Entry nameFrenolicin
Contig
Start / Stop / Direction10,091 / 10,939 / + [in whole cluster]
10,091 / 10,939 / + [in contig]
Location10091..10939 [in whole cluster]
10091..10939 [in contig]
TypeCDS
Length849 bp (282 aa)
Click on the icon to see Genetic map.

close this sectionAnnotation

Category4.1 transcriptional regulator
Productputative transcriptional regulator
Product (GenBank)pathway specific regulator
Gene
Gene (GenBank)frnG
EC number
Keyword
  • SARP family
Note
Note (GenBank)
  • FrnG; actII-ORF4 homolog
Reference
ACC
comment
"Analysis of a 27 kb region of Streptomyces roseofulvus containing genes for frenolicin biosynthesis."

論文として報告があるのは10.2kbp領域のみ[PMID:8181754]。
このORFはその範囲外でGenBank登録AF058302に由来する。
Related Reference
ACC
Q9XCC4
PmId
[11985721] Differential roles of two SARP-encoding regulatory genes during tylosin biosynthesis. (Mol Microbiol. , 2002)
[16942604] Regulation of tylosin biosynthesis involving 'SARP-helper' activity. (Mol Microbiol. , 2006)
comment
Blast 5th, id48%, 2e-50
Streptomyces fradiae_tylS
Hypothetical pathway specific regulatory protein TylS

---
[PMID:11985721](2002)
tylSはtylosin産生に必須。
TysSはtylRなどの遺伝子発現を調節する。

--
[PMID:16942604](2006)
TylSでtylUは調節される。
tylU破壊でTylRが減少し、tylosin収量が80%になる。
TylS and TylUは、tylRの発現を促進するために協調して働く。
ACC
P25047
NITE
Adria_00210
PmId
[1729206] Regulation of secondary metabolism in Streptomyces spp. and overproduction of daunorubicin in Streptomyces peucetius. (J Bacteriol. , 1992)
[7868593] Functional characterization and transcriptional analysis of the dnrR1 locus, which controls daunorubicin biosynthesis in Streptomyces peucetius. (J Bacteriol. , 1995)
[8971703] Purification and characterization of the DNA-binding protein DnrI, a transcriptional factor of daunorubicin biosynthesis in Streptomyces peucetius. (Mol Microbiol. , 1996)
[16545946] Feedback regulation of doxorubicin biosynthesis in Streptomyces peucetius. (Res Microbiol. , 2006)
[20529134] Modulation of dnrN expression by intracellular levels of DnrO and daunorubicin in Streptomyces peucetius. (FEMS Microbiol Lett. , 2010)
[20158521] Daunorubicin efflux in Streptomyces peucetius modulates biosynthesis by feedback regulation. (FEMS Microbiol Lett. , 2010)
comment
Blast 19th, id44%, 1e-46
Streptomyces peucetius_dnrI
Regulatory protein dnrI
[Adria_00210]transcriptional activator

--
[PMID: 1729206](1992)
ATCC 29050 strainでdnrI を不活化したら、RHO産生とdaunorubicin (DNR)産生ができなくなり、DNRへの抵抗性が著しく減った。

---
同じ著者らの続報。
[PMID: 7868593](1995)
dnrI::aphII mutantでは、DNR生合成におけるearly- and late-acting enzymesの両方をコードする転写物が存在しない。よってdnrI は、直接または間接的にDNR生合成遺伝子のすべてを調節している。

dnrI::aphII and dnrN::aphII strainsでresistance genes=drrAB and drrC転写物は消失。
よって、dnrI はDNR抵抗性の重大なregulatorであり、dnrNはdnrI を通して間接的にその影響を発現する、と示唆される。

--
[PMID: 8971703](1996) abstract
DNA-binding assays.
・dnrG-dpsABCD と dpsEF の間
・dnrC gene と dnrDKPSQ の間
の遺伝子間領域を含んだDNA断片へ特異的に結合する。

--
[PMID: 16545946](2006) abstract
dnrI promoter活性を増やすためにはDnrO and DnrN の両方が必要であった。

--
[PMID: 20529134]や[PMID: 20158521]で、dnrO, dnrN, dnrI, DNRが関与する細胞内DNR濃度維持システムが提唱されている。
dnrI promoterにはDnrNが結合し活性化される。

close this sectionSequence

selected fasta
>putative transcriptional regulator [pathway specific regulator]
MEIKYMGQLTMRWEGREKLPSARKPRTVLALLLLNDKTPVTTSALITELWGENPPRSALT
TLQTYILQLRKCLAAMSGRSLACISEKTLVTWPCGYLARLPADATSDVAEFRRFAREGRE
AERRGHLAEAVRSYRAALSLSQGPLLADIEHGPLLRAEAVRMEECRLSLVERSIEGDLLL
GRHREVVSELSALVAQYPYHEQLTGQLMVALVRCGRRQDALAVHQRLRARMVEDLGLEPS
SHLRALQSAVLSGEPLPGPPGTGGEIPTPYAGAFATAARSHD
selected fasta
>putative transcriptional regulator [pathway specific regulator]
GTGGAAATCAAGTACATGGGTCAGTTGACCATGCGGTGGGAGGGGCGGGAAAAGCTCCCC
TCGGCGCGCAAGCCGCGCACCGTGCTCGCCCTTCTGCTCCTCAACGACAAGACACCCGTC
ACGACCAGCGCACTCATCACGGAACTCTGGGGCGAGAACCCGCCGCGCAGCGCCCTGACC
ACCCTCCAGACCTATATTCTCCAGCTCCGGAAATGCCTCGCGGCGATGAGCGGGCGAAGC
CTCGCCTGCATATCCGAGAAAACCCTGGTGACGTGGCCCTGCGGTTATCTGGCGCGGCTT
CCGGCGGACGCCACTTCGGATGTGGCTGAATTCCGTCGGTTTGCCAGGGAGGGGCGGGAA
GCGGAACGCAGGGGTCATCTTGCCGAGGCCGTCCGCTCCTACCGCGCGGCGCTGTCACTG
AGCCAGGGACCACTCCTCGCCGATATCGAGCACGGGCCGCTGCTGCGCGCCGAGGCGGTA
CGCATGGAGGAGTGCCGGCTTTCGCTCGTCGAACGCTCCATCGAGGGCGACCTGCTCCTC
GGCCGGCACCGGGAGGTCGTCAGCGAACTGTCCGCCCTCGTCGCCCAGTACCCCTACCAC
GAACAGCTCACGGGGCAGCTCATGGTCGCGCTCGTGCGCTGTGGCCGCCGGCAGGACGCG
CTCGCCGTGCACCAACGGCTCCGGGCCCGCATGGTGGAGGACCTCGGCCTCGAACCGAGC
AGCCACCTGCGCGCCCTGCAGTCCGCCGTCCTCAGCGGCGAGCCGCTGCCGGGACCGCCC
GGAACCGGTGGCGAGATCCCCACCCCCTACGCGGGCGCTTTCGCCACCGCGGCGCGCTCG
CACGACTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001867 Signal transduction response regulator, C-terminal (Domain)
[17-97] 1.1e-15 PF00486
PF00486   Trans_reg_C
IPR005158 Bacterial transcriptional activator domain (Domain)
[106-251] 7.60000011115808e-43 SM01043
SM01043   BTAD
[107-251] 5.40000000000002e-47 PF03704
PF03704   BTAD
IPR011990 Tetratricopeptide-like helical (Domain)
[114-145] 0.00031 G3DSA:1.25.40.10 [190-227] 0.00031 G3DSA:1.25.40.10
G3DSA:1.25.40.10   TPR-like_helical
IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain)
[23-75] 6.70000000000001e-07 G3DSA:1.10.10.10
G3DSA:1.10.10.10   Wing_hlx_DNA_bd
IPR016032 Signal transduction response regulator, C-terminal effector (Domain)
[1-99] 2.59999946718995e-11 SSF46894
SSF46894   Bipartite_resp_reg_C-effector
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Fren_00060 Fren_00060   Fren_00080 Fren_00080
Page top