Gelda_00020 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces hygroscopicus
Strain	17997
Entry name	Geldanamycin
Contig	DQ914285
Start / Stop / Direction	18,572 / 19,345 / + [in whole cluster] 9,172 / 9,945 / + [in contig]
Location	18572..19345 [in whole cluster] 9172..9945 [in contig]
Type	CDS
Length	774 bp (257 aa)

Annotation

Category	1.4 Other
Product	putative amide synthase
Product (GenBank)	GdmF
Gene
Gene (GenBank)	gdmF
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)	amide synthase; rifF
Reference	ACC Q06BM3 PmId [18214443] The LuxR family members GdmRI and GdmRII are positive regulators of geldanamycin biosynthesis in Streptomyces hygroscopicus 17997. (Arch Microbiol. , 2008) comment geldanamycin生合成clusterにあるpositive regulators GdmRI and GdmRII に関する報告。 cluster schemeあり。 F(gdmF) : Amide synthase gene geldanamycin polyketide骨格生合成に関連した遺伝子としてpks, gdmF, and gdnA-O-Pの転写を観察している。これらの遺伝子はgdmRI and gdmRII によって転写レベルでpositiveに調節される。
Related Reference	ACC O52547 NITE Rifam_00260 PmId [9512878] Biosynthesis of the ansamycin antibiotic rifamycin: deductions from the molecular analysis of the rif biosynthetic gene cluster of Amycolatopsis mediterranei S699. (Chem Biol. , 1998) [10430893] Direct evidence that the rifamycin polyketide synthase assembles polyketide chains processively. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 1999) [11812235] Expression and purification of the rifamycin amide synthase, RifF, an enzyme homologous to the prokaryotic arylamine N-acetyltransferases. (Protein Expr Purif. , 2002) comment Blast id40%, 1e-43 Amycolatopsis mediterranei_rifF [DoBISCUIT]amide synthase UniProt(O52547)でのproduct nameは3-amino-5-hydroxybenzoic acid synthase(AHBA synthase)とされているが、これは論文に出てくるものと配列が異なる。 --- [PMID: 9512878](1998) ansamycin系抗生物質rifamycinの生合成gene clusterの報告。 RifF(260aa): amide synthase(N-acetyl transferase) RifFは哺乳類のarylamine:acetyl-CoA acetyltransferase(EC 2.3.1.5)に明らかな相同性がある。この反応への化学的類似性から、RifFがPKSから完成したpolyketideを放出する intramolecular amide formationを担い、macrolactam構造を持つproansamycin Xが生成されることが考えられる。このORFの上流に隣接しているRifamycin PKSをコードするORFにはTE domainが含まれておらず、このORFがその代わりにpolyketide放出に関連している。 --- [PMID: 10430893](1999) 同じ著者らのPKSに関する報告。 rifF inactivation mutant作成して中間体を検出。 mutantではmacrocyclic lactamとして完成したundecaketideではなく、tetra-からdecaketideにわたる直鎖状polyketidesを産生し、rifamycin B非産生であった。 --- [PMID: 11812235](2002) 実験には上記論文著者Floss HG.から提供されたplasmidをtemplateとして使用している。タンパクの配列比較、3D構造予測。
Related Reference	ACC Q84G21 NITE Gelda2_00110 PmId [12586396] Cloning and characterization of a gene cluster for geldanamycin production in Streptomyces hygroscopicus NRRL 3602. (FEMS Microbiol Lett. , 2003) comment Streptomyces geldanamycininus NRRL 3602でのgeldanamycin生合成clusterにある対応遺伝子。

Sequence

>putative amide synthase [GdmF]
MFDVAKYLRRIGVESIPAPTLDTLRHLHKRHLMAVPYDNSTAPDRLPASRHLTNVPLDLV
FEHVVTEGHGGVCYELNRLFHTLLAELGYDVRMVAAAVRQANGAFGPEREHTFDLVRLDG
RTHLVDVGFPGPSYSEPLRLSEEEQHQYGCAYRVTEHDGYRVVERRPKESGWQPVYRFRP
ELADPSGWDAVRLDSLDDYAQDSVLAGTTFRSRATDNGKIVLIGRRCFTVEDGVERTKVL
VKADEFQDTVDLILAGE

>putative amide synthase [GdmF]
ATGTTCGACGTGGCGAAGTACCTGCGGCGCATCGGGGTGGAGTCCATACCCGCACCAACT
CTGGACACCCTCCGGCACCTGCACAAACGGCATCTCATGGCGGTCCCGTACGACAACTCG
ACGGCCCCCGACCGGCTCCCGGCCTCGCGGCATCTGACGAACGTCCCGCTGGACCTGGTG
TTCGAGCATGTGGTGACCGAGGGCCATGGCGGAGTGTGCTACGAGCTCAACCGGCTGTTC
CACACGCTGCTGGCCGAACTCGGCTACGACGTGCGCATGGTGGCGGCGGCGGTACGGCAG
GCGAACGGGGCCTTCGGCCCGGAGCGCGAGCACACCTTCGACCTGGTCCGCCTCGACGGG
CGGACCCACCTGGTGGACGTCGGTTTCCCCGGGCCGTCCTATTCGGAGCCGCTGCGCCTG
TCCGAGGAGGAGCAGCACCAGTACGGCTGTGCCTACCGCGTGACCGAACACGACGGCTAC
CGGGTGGTGGAACGGCGGCCCAAGGAGAGCGGCTGGCAGCCGGTGTACCGGTTCCGGCCG
GAGCTGGCCGACCCGTCCGGCTGGGACGCGGTGCGGCTGGACAGCCTGGACGACTACGCA
CAGGACTCGGTGCTCGCCGGGACCACCTTCCGCAGCCGGGCCACGGACAACGGAAAGATC
GTGCTGATCGGCAGGCGCTGCTTCACCGTCGAGGACGGGGTGGAGCGCACCAAGGTGCTG
GTGAAGGCGGACGAGTTCCAGGACACGGTCGATCTGATCCTGGCGGGCGAATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001447 Arylamine N-acetyltransferase (Family) PF00797 Acetyltransf_2
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Gelda_00010 Gelda_00030