Gelda_00050 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces hygroscopicus
Strain	17997
Entry name	Geldanamycin
Contig	DQ914285
Start / Stop / Direction	24,710 / 23,598 / - [in whole cluster] 15,310 / 14,198 / - [in contig]
Location	complement(23598..24710) [in whole cluster] complement(14198..15310) [in contig]
Type	CDS
Length	1,113 bp (370 aa)

Annotation

Category	2.1 modification addition of extender units
Product	putative glyceroyl-ACP biosynthesis protein putative 1,3-bisphospho-D-glycerate phosphatase/glyceroyltransferase
Product (GenBank)	GdmH
Gene
Gene (GenBank)	gdmH
EC number
Keyword	methoxymalonyl-ACP
Note
Note (GenBank)	putative methoxymalonyl-ACP; fkbH
Reference	ACC Q06BM0 PmId [18214443] The LuxR family members GdmRI and GdmRII are positive regulators of geldanamycin biosynthesis in Streptomyces hygroscopicus 17997. (Arch Microbiol. , 2008) comment geldanamycin生合成clusterにあるpositive regulators GdmRI and GdmRII に関する報告。 cluster schemeあり。 H, I, J, K, G(gdmH, I, J, K, G) : Methoxymalonyl-ACP biosynthetic genes 本文での詳細記載なし。
Related Reference	ACC Q1G727 NITE Oxzol_00080 PmId [16895402] The bifunctional glyceryl transferase/phosphatase OzmB belonging to the HAD superfamily that diverts 1,3-bisphosphoglycerate into polyketide biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2006) comment Blast id65%, 1e-130 Streptomyces albus_ozmB Glyceroyl transferase/phosphatase OzmBは、まずD-3-phosphoglyceryl-S-OzmB中間体を形成するため、glycolytic poolからD-1,3-bisphosphoglycerateを隔離し、それからD-3-glyceryl-S-OzmB種を産出するためリン酸基を除去する（phosphataseとして働く）、そして最後にpolykeide生合成のためのステージをセットするためACPにglycoryl基を移動する（glyceryl transferaseとして働く）ことが実証された。・D-3-phosphoglycerate, ATP, Mg2+, and D-3-phosphoglycerate kinaseとOzmBのインキュベーションは、glyceryl-S-OzmBをもたらすことを質量分析で確認。・OzmBのglycerate付着部位はC(266)-R-V-V(270). ・tautomycin生合成gene cluster由来TtmDのholo-ACP変換型とglyceryl-S-OzmBからglyceryl-S-TtmDをもたらすので、glyceryl-S-OzmBはACPの4'-Ppant部分の-SH基へglycerylを移動できる。・脱リン酸化に重要であるaspartateを変異したOzmB(D14V)はD-3-phosphoglyceryl-S-OzmBをもたらし、phosphatase活性が廃止されている。
	ACC Q8KUG4 NITE Ansam_00180 PmId [11996558] Functional expression of genes involved in the biosynthesis of the novel polyketide chain extension unit, methoxymalonyl-acyl carrier protein, and engineered biosynthesis of 2-desmethyl-2-methoxy-6-deoxyerythronolide B. (J Am Chem Soc. , 2002) [17076505] On the biosynthetic origin of methoxymalonyl-acyl carrier protein, the substrate for incorporation of "glycolate" units into ansamitocin and soraphen A. (J Am Chem Soc. , 2006) comment Blast id70%, 1e-113 Actinosynnema pretiosum subsp. auranticum_asm16 Putative uncharacterized protein asm16 -- [PMID: 11996558](2002) S. lividansで、AT domainsのひとつがmethoxymalonateに特異的なATで置換されているerythromycin PKSのカセットとasm13-17を同時発現すると、予測された位置にmethoxymalonateが取り込まれた6- deoxyerythronolide Bの派生体が産生された。よって、asm13-17はmethoxymalonyl-ACP生合成に十分である。 -- [PMID: 17076505](2006) ansamitocin producerであるActinosynnema pretiosumと、soraphen producerであるSorangium cellulosumを使った追加のfeeding実験。ラベルした基質を用いた実験に基づき、1,3-bisphospho-D-glycerateからmehoxymalonyl-ACPが合成されると結論付けている。 methoxymalonyl-ACP生合成のproposed pathway: 1,3-bisphospho-D-glycetateは、Asm16によってACP(Asm14)のthiol基(-SH)へ移される。その結果できた3-phosphoglyceryl-ACPのphosphate ester基の切断もまた、Asm16によって触媒されるかもしれない。その理由→Asm16はタンパクレベルで少なくとも25-30%の相同性をaspartate-dependent hydrolasesのHAD superfamilyのIIIC subgroup(interpro IPR010033)のメンバーに示す。これらの酵素の多くの機能は不明だが、HAD III subfamilyの特徴付けられたメンバーは明らかに大きな基質(phosphorylated proteins)を使うphosphatases（脱リン酸化酵素）である。よってAsm16によって1,3-bisphospho-D-glycetate→glyceryl-ACPが形成される。
	ACC Q9KIE6 NITE Asco_00080 PmId [15179529] Engineered biosynthesis of 16-membered macrolides that require methoxymalonyl-ACP precursors in Streptomyces fradiae. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2004) comment Blast id73%, 1e-148 Streptomyces hygroscopicus subsp. ascomyceticus_fkbH FkbH S.hygroscopicus由来fkbG-Kを導入することにより、S. fradiaeはmalonyl-CoA, methylmalonyl-CoA, ethylmalonyl-CoAに加えてmethoxymalonyl-ACPもPKS前駆体として利用できるようになることを、midecamycin PKS genes（最後から2番目の縮合ステップでmethoxymalonateを要求）の異種性発現産物で確認している。
	ACC Q84G18 NITE Gelda2_00140 PmId [12586396] Cloning and characterization of a gene cluster for geldanamycin production in Streptomyces hygroscopicus NRRL 3602. (FEMS Microbiol Lett. , 2003) comment Streptomyces geldanamycininus NRRL 3602でのgeldanamycin生合成clusterにある対応遺伝子。

Sequence

>putative glyceroyl-ACP biosynthesis protein [GdmH]
MTEGKPVSEPPAAVKCLVWDLDNTLWRGTLLEDGEVPPFAWVRDVITTLDDRGILQSIAS
KNDHDHAWARLEALGLAEYFVLPHIGWGPKSESVRAIAERLNFAHRAMAFVDDQPAERAE
VGYRLPEVRCYTAEDVAGLTGLPEFSPAVVTVDSRQRRTMYQSGFRRDAERAEFGGPDEE
FLRTLDIEMAISRATERELSRVEELTLRTSQMNATGVHYSDSVLRGLLTDPAHEVLVITM
ADRFGPHGAVGIVLLERHPAVWHLKLLATSCRVVSYGAGSTLLNWLADQAARAGVHLAAD
FRRTDRNRMMEVAYRFAGFADADCACTAALAAPGEEGVERLHLTPAFQPAPTTLRLTAPE
LADAALPRSR

>putative glyceroyl-ACP biosynthesis protein [GdmH]
ATGACGGAGGGGAAGCCCGTGAGCGAGCCGCCGGCGGCCGTCAAATGTCTCGTCTGGGAC
CTCGACAACACACTCTGGCGCGGCACCCTGCTCGAGGACGGCGAGGTGCCGCCGTTCGCA
TGGGTGCGCGATGTCATCACCACCCTCGACGACCGCGGCATTCTCCAGTCGATCGCCAGC
AAGAACGACCACGACCACGCCTGGGCGCGCCTGGAGGCGCTGGGCCTCGCCGAGTACTTC
GTGCTGCCGCACATCGGCTGGGGGCCCAAGTCGGAATCGGTGCGTGCCATCGCGGAGCGG
CTGAACTTCGCACACCGTGCCATGGCCTTCGTGGACGACCAGCCCGCCGAGCGCGCCGAG
GTCGGCTACCGGCTCCCCGAGGTGCGCTGCTACACCGCCGAGGACGTGGCCGGACTCACC
GGGCTGCCCGAGTTCAGCCCCGCCGTGGTCACCGTGGACTCACGGCAGCGGCGCACCATG
TACCAGTCGGGGTTCCGCCGTGACGCCGAGCGGGCGGAGTTCGGCGGACCCGACGAGGAG
TTCCTGCGCACCCTGGACATCGAGATGGCCATCTCCCGCGCCACCGAGCGGGAGCTGTCC
CGGGTCGAGGAACTGACCCTGCGCACCAGCCAGATGAACGCCACCGGTGTGCACTACTCC
GACTCCGTACTGCGCGGACTGCTCACCGACCCCGCGCACGAGGTGCTGGTCATCACGATG
GCCGACCGGTTCGGCCCGCACGGCGCCGTCGGCATCGTGCTGCTGGAACGCCACCCGGCG
GTGTGGCATCTGAAACTGCTCGCCACCTCCTGCCGTGTGGTCTCCTACGGCGCCGGGTCC
ACCCTGCTGAACTGGCTGGCCGACCAGGCGGCGCGTGCCGGGGTGCATCTGGCCGCCGAC
TTCCGGCGCACCGACCGCAACCGGATGATGGAGGTCGCCTACCGCTTCGCCGGGTTCGCC
GACGCCGACTGCGCCTGCACCGCCGCCCTCGCGGCCCCCGGCGAGGAGGGCGTCGAACGC
CTCCACCTCACCCCCGCGTTCCAGCCGGCCCCGACCACGCTGCGGCTGACCGCGCCTGAG
CTCGCCGACGCGGCGCTGCCGCGCTCCCGGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR010033 HAD-superfamily phosphatase, subfamily IIIC (Domain) TIGR01681 HAD-SF-IIIC: HAD phosphatase, family IIIC IPR010037 FkbH domain (Domain) TIGR01686 FkbH: FkbH domain IPR016181 Acyl-CoA N-acyltransferase (Domain) SSF55729 Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat) G3DSA:3.40.630.30 no description IPR023214 HAD-like domain (Domain) SSF56784 HAD-like G3DSA:3.40.50.1000 no description
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

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