Gelda_00060 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces hygroscopicus
Strain	17997
Entry name	Geldanamycin
Contig	DQ914285
Start / Stop / Direction	25,819 / 24,707 / - [in whole cluster] 16,419 / 15,307 / - [in contig]
Location	complement(24707..25819) [in whole cluster] complement(15307..16419) [in contig]
Type	CDS
Length	1,113 bp (370 aa)

Annotation

Category	2.1 modification addition of extender units
Product	putative oxidoreductase
Product (GenBank)	GdmI
Gene
Gene (GenBank)	gdmI
EC number
Keyword	methoxymalonyl-ACP
Note
Note (GenBank)	biosynthesis pathway protein methoxymalonyl-ACP; fkbI
Reference	ACC Q06BL9 PmId [18214443] The LuxR family members GdmRI and GdmRII are positive regulators of geldanamycin biosynthesis in Streptomyces hygroscopicus 17997. (Arch Microbiol. , 2008) comment geldanamycin生合成clusterにあるpositive regulators GdmRI and GdmRII に関する報告。 cluster schemeあり。 H, I, J, K, G(gdmH, I, J, K, G) : Methoxymalonyl-ACP biosynthetic genes 本文での詳細記載なし。
Related Reference	ACC Q9KIE5 NITE Asco_00090 PmId [14623185] Crystal structure of an Acyl-ACP dehydrogenase from the FK520 polyketide biosynthetic pathway: insights into extender unit biosynthesis. (J Mol Biol. , 2003) [15179529] Engineered biosynthesis of 16-membered macrolides that require methoxymalonyl-ACP precursors in Streptomyces fradiae. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2004) comment Blast id65%, 1e-115 Streptomyces hygroscopicus subsp. ascomyceticus_fkbI FkbI --- [PMID: 14623185](2003) FkbI の構造解析。foldはacyl-CoA dehydrogenasesと似ている。しかし他のacyl-CoA dehydrogenasesとのsurface and substrate-binding siteの違いから、acyl-CoAよりもacyl-ACPを基質に取るのかもしれないと言っている。 --- [PMID: 15179529](2004) S.hygroscopicus由来fkbG-Kを導入することにより、S. fradiaeはmalonyl-CoA, methylmalonyl-CoA, ethylmalonyl-CoAに加えてmethoxymalonyl-ACPもPKS前駆体として利用できるようになることを、midecamycin PKS genes（最後から2番目の縮合ステップでmethoxymalonateを要求）の異種性発現産物で確認している。
	ACC Q8KUG3 NITE Ansam_00170 PmId [11960423] Identification of a set of genes involved in the formation of the substrate for the incorporation of the unusual "glycolate" chain extension unit in ansamitocin biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2002) [11996558] Functional expression of genes involved in the biosynthesis of the novel polyketide chain extension unit, methoxymalonyl-acyl carrier protein, and engineered biosynthesis of 2-desmethyl-2-methoxy-6-deoxyerythronolide B. (J Am Chem Soc. , 2002) comment Blast id63%, 1e-109 Actinosynnema pretiosum subsp. auranticum_asm15 Acyl-CoA dehydrogenase --- [PMID:11960423](2002) asm15不活化mutantはansamitocin非産生で、少量の10-desmethoxy-ansamitocin P-3を蓄積。この化合物はPKSの3つめの鎖伸長stepで、珍しい伸長unitの代わりにmalonate unitを取り込んでいる。よってasm15はester側鎖生成ではなく、ansamitocin骨格形成に必要とされる。そしてasm15(たぶんasm13-17)が珍しい伸長unitの合成とPKSへの運搬に関連すると実証する。また、CoAの代わりにSNACを使った2-hydroxymalonyl-SNAC or 2-methoxymalonyl-SNACでは、このmutantのansamitocin産生は回復しない。subclusterに含まれるasm14(ACPをコード)を不活化するとansamitocin産生や新規化合物蓄積なし。よって鎖伸長反応の基質は、おそらく2-hydroxy- or 2-methoxymalonyl-ACPである。 --- [PMID:11996558](2002) abstract S. lividansで、AT domainsのひとつがmethoxymalonateに特異的なATで置換されているerythromycin PKSのカセットとasm13-17を同時発現すると、予測された位置にmethoxymalonateが取り込まれた6-deoxyerythronolide Bの派生体が産生された。よって、asm13-17はmethoxymalonyl-ACP生合成に十分である。また、methyltransferaseをコードするasm17を削除すると、そのhydroxy類似体ではなく6-deoxyerythronolide Bが得られたので、伸長unitのmethylationはその取り込みのために必要である。
	ACC Q84G17 NITE Gelda2_00150 PmId [12586396] Cloning and characterization of a gene cluster for geldanamycin production in Streptomyces hygroscopicus NRRL 3602. (FEMS Microbiol Lett. , 2003) comment Streptomyces geldanamycininus NRRL 3602でのgeldanamycin生合成clusterにある対応遺伝子。

Sequence

>putative oxidoreductase [GdmI]
MTDAATDHAELVSGLIGDRADAWDLAGELPRDLLVKLGASGVLCAQVGPEHGGTGLDSHA
NGELTARVGARCSSLRSVMTSQGMAAWTVRRLGGTEQWDTFLPRLTSGDLAAVGFSEPGA
GSDLSAMETEIADDGAEVVVTGRKVWITAAHYADLLLVFGKYRGGATAVVVPARTPGVRI
TRVENPLGCRAAGHANITLDAVRVPAGHVLGGTGLPLSLATTAALTYGRMSVAWGCVGIL
RACLDAAATHTATREQSGRALAEHQLVARHLAELYVAERHATRACEHASASWDTGSPDMA
VDAVHAKYVASREAAQGAARAVQLLASAGASDGHVVARAYRDAKLMEVIEGTSEICQLVL
ARHMRKKVRP

>putative oxidoreductase [GdmI]
GTGACCGACGCCGCCACCGACCACGCGGAGCTGGTCAGCGGGTTGATCGGGGACCGGGCC
GACGCCTGGGACCTGGCCGGGGAACTGCCCCGCGACCTCCTGGTCAAACTCGGCGCCTCC
GGTGTGCTGTGCGCACAGGTCGGCCCCGAGCACGGCGGCACCGGACTGGACAGCCATGCC
AACGGGGAGCTCACCGCGCGGGTCGGCGCCCGGTGCAGCTCCCTGCGCAGCGTGATGACC
TCGCAGGGCATGGCGGCGTGGACGGTGCGCAGGCTCGGCGGCACCGAGCAGTGGGACACC
TTTCTGCCCCGGCTGACCTCCGGTGACCTGGCGGCGGTCGGATTCAGCGAACCCGGCGCC
GGCAGCGACCTGTCGGCGATGGAGACCGAGATCGCCGACGACGGCGCCGAGGTGGTCGTC
ACCGGACGGAAGGTGTGGATCACCGCCGCCCACTACGCCGATCTGCTGCTGGTGTTCGGG
AAGTACCGGGGCGGCGCCACGGCCGTGGTCGTGCCCGCCCGGACACCCGGAGTGCGCATC
ACACGGGTGGAGAACCCCCTGGGCTGCCGCGCCGCCGGTCATGCGAACATCACCCTGGAC
GCGGTCCGGGTGCCCGCCGGGCATGTACTCGGCGGCACCGGGCTGCCGCTTTCCCTGGCG
ACCACCGCCGCGCTCACCTACGGGCGCATGTCCGTGGCCTGGGGGTGCGTCGGCATCCTG
CGCGCGTGCCTGGACGCCGCCGCCACGCACACCGCCACCCGGGAGCAGTCCGGCCGGGCG
CTCGCCGAGCACCAGTTGGTGGCCCGGCACCTGGCCGAGCTGTACGTCGCGGAGCGGCAC
GCCACCCGGGCCTGTGAACACGCCAGCGCCTCCTGGGACACCGGCTCGCCCGACATGGCC
GTCGACGCGGTGCACGCGAAGTACGTCGCCTCGCGCGAGGCGGCACAGGGCGCGGCACGC
GCCGTACAGCTCCTGGCGTCGGCCGGGGCGTCCGACGGCCATGTGGTGGCCCGTGCCTAC
CGCGACGCGAAGCTGATGGAAGTCATCGAGGGCACCAGCGAGATCTGCCAGCTCGTGCTC
GCCCGGCACATGCGGAAGAAGGTGCGACCATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR006090 Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type 1 (Domain) PF00441 Acyl-CoA_dh_1 IPR006091 Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, central domain (Domain) PF02770 Acyl-CoA_dh_M G3DSA:2.40.110.10 Acyl_CoA_DH/ox_M IPR006092 Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal (Domain) PF02771 Acyl-CoA_dh_N IPR009075 Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal (Domain) G3DSA:1.20.140.10 AcylCoA_DH_1/2_C SSF47203 AcylCoADH_C_like IPR009100 Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase (Domain) SSF56645 AcylCoA_dehyd_NM IPR013786 Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal (Domain) G3DSA:1.10.540.10 AcylCoA_DH/ox_N
SignalP	Bacteria, Gram-negative Bacteria, Gram-positive
TMHMM	No significant hit

Gelda_00050 Gelda_00070