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Gelda_00170 : CDS information

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Organism
Strain17997
Entry nameGeldanamycin
Contig
Start / Stop / Direction5,202 / 5,897 / + [in whole cluster]
3,700 / 3,005 / - [in contig]
Location5202..5897 [in whole cluster]
complement(3005..3700) [in contig]
TypeCDS
Length696 bp (231 aa)
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Category2.2 modification addition of starter unit
Productputative hydrolase
Product (GenBank)phosphatase
Gene
Gene (GenBank)gdnP
EC number
Keyword
  • AHBA
Note
  • The N-terminal position was modified from original INSDC entry.
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[16502293] Identification of AHBA biosynthetic genes related to geldanamycin biosynthesis in Streptomyces hygroscopicus 17997. (Curr Microbiol. , 2006)
[18214443] The LuxR family members GdmRI and GdmRII are positive regulators of geldanamycin biosynthesis in Streptomyces hygroscopicus 17997. (Arch Microbiol. , 2008)
comment
[PMID:16502293](2006)
S. hygroscopicus 17997のcosmid libraryをスクリーニングしたところ、2つのlociに分離したAHBA生合成gene clustersが発見された。このclustersは配列相同性と遺伝子編成の比較からbenzenic AHBA gene cluster(gdn)とnaphthalenic AHBA gene cluster(shn)に分けられた。

gdnP: Phosphatase

gdn genesは、rifamycin or naphthomycinよりansatrieninでのAHBA生合成genesに似ている。

gdnPを含むgdn cluster deleted mutantはgeldanamycin収量が75%減った。
最も保存されているgdnA, -O, -Pのdeleted mutantでもgeldanamycin収量が75%減った。

---
[PMID:18214443](2008)
geldanamycin生合成clusterにあるpositive regulators GdmRI and GdmRII に関する報告。
cluster schemeあり。

P(gdnP): Phosphatse gene

geldanamycin polyketide骨格生合成に関連した遺伝子としてpks, gdmF, and gdnA-O-Pの転写を観察している。これらの遺伝子はgdmRI and gdmRII によって転写レベルでpositiveに調節される。
Related Reference
ACC
O52553
NITE
Rifam_00330
PmId
[11278540] Mutational analysis and reconstituted expression of the biosynthetic genes involved in the formation of 3-amino-5-hydroxybenzoic acid, the starter unit of rifamycin biosynthesis in amycolatopsis Mediterranei S699. (J Biol Chem. , 2001)
[12207505] Characterization of the early stage aminoshikimate pathway in the formation of 3-amino-5-hydroxybenzoic acid: the RifN protein specifically converts kanosamine into kanosamine 6-phosphate. (J Am Chem Soc. , 2002)
comment
Blast id71%, 3e-70
Amycolatopsis mediterranei_rifM
RifM
[DoBISCUIT]putative hydrolase

---
[PMID: 11278540](2001)
rifamycinと関連ansamycinsのPKS starter 3-amino-5-hydroxybenzoic acid (AHBA)の生合成経路について調査。関連遺伝子の不活化、異種性発現、中間体を基質とした反応確認など。

RifM: phosphatase

rifMは、PKSのstarter unitであるAHBAの合成に必要十分な7genes(rifG, H, J, K, L, M, N)のひとつだが、rifH, G, Jと異なりshikimate pathway関連遺伝子には似ていない。

rifM mutantの実験から、AHBA生合成の早期段階で作用し、aminoDAHP形成か、それより前で関与することが示唆されている。

---
[PMID: 12207505](2002)
A.mediterraneiのrifN mutantは、rifLとrifMのmutant両方を相補してrifamycin B産生を回復することができたので、RifLとRifMは経路においてRifNより前で機能しなくてはいけない。

UDP-kanosamine→kanosamineへ触媒するのがRifMであるというschemaあるが、詳細な根拠なし。
ACC
P32662
PmId
comment
Blast id33%, 1e-13
E.coli_gph(yhfE)
Phosphoglycolate phosphatase(EC 3.1.3.18)

E.coli_pgh遺伝子のクローニング、recombinantタンパクの作製・精製、活性確認。
pgh deletion mutantも作製している。
PGPase活性は、Cl(-)かつMg(2+)の依存型。
ACC
Q49BB9
NITE
Gelda2_00300
PmId
[16085885] Insights into the biosynthesis of the benzoquinone ansamycins geldanamycin and herbimycin, obtained by gene sequencing and disruption. (Appl Environ Microbiol. , 2005)
comment
Blast id95%, 1e-123
geldanamycin clusterを持つNRRL 3602株のORF。

herbimycin生合成系gene clusterのクローニングを行い、同じbenzoquinone ansamycin系のgeldanamycin のgene clusterと比較し、一部の遺伝子欠損株を作成してその生合成における関与を調べた文献。

gdm PKS clusterから30kb以上離れたところにあるgeldanamycinに関連するAHBA生合成clusterを同定し、配列解析から6つのORFsを明らかにしている。

ahba-1b: Phosphatase (DAHP synthesis)

詳細記載なし。
Family/Domain
FD
IPR006439
comment
[IPR006439] HAD hydrolase, subfamily IA (Family)
Function : hydrolase activity

IPR006402, IPR005833のsignatureは現在 IPR006439 に統合されている。

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selected fasta
>putative hydrolase [phosphatase]
MNTHPISHGGPLSGAGVAPITSVVFDLDGVLVNSFAVMREAFTLAYAEVVGDGEPPFEEY
NRHLGRYFPDIMRIMGLPLEMEGPFVRESYRLAHLVEMFDGVPELLSELRHRGLRLAVAT
GKSGPRARSLLDTLGIRGQFHVVLGSDEVARPKPAPDIVLKAMDMMDADPDRTVMVGDAV
TDLASARGAGITAVAAMWGETDEKTLLAAEPDVILHKPAELLSLCPEVTVP
selected fasta
>putative hydrolase [phosphatase]
ATGAACACCCATCCGATCAGTCATGGCGGCCCGCTCTCCGGCGCGGGTGTCGCCCCCATC
ACCTCGGTGGTCTTCGACCTCGACGGTGTCCTCGTCAACAGCTTCGCGGTGATGCGCGAG
GCGTTCACCCTCGCCTACGCCGAGGTCGTCGGCGACGGTGAGCCACCCTTCGAGGAGTAC
AACCGGCATCTGGGCCGCTACTTCCCCGACATCATGCGGATCATGGGTCTTCCGCTGGAG
ATGGAGGGCCCGTTCGTCCGCGAGAGCTACCGGCTCGCCCACCTGGTGGAGATGTTCGAC
GGTGTGCCAGAGCTGCTGTCGGAGCTGCGCCACCGCGGGTTACGACTCGCCGTGGCCACC
GGGAAGAGCGGACCCCGGGCGCGTTCGCTGCTCGACACCCTCGGCATCCGTGGGCAGTTC
CACGTGGTCCTCGGCTCGGACGAGGTGGCCCGGCCCAAGCCCGCGCCGGACATCGTGCTG
AAGGCGATGGACATGATGGACGCGGACCCCGACCGGACCGTGATGGTCGGGGACGCGGTG
ACCGACCTGGCCAGCGCGCGGGGGGCCGGGATCACCGCCGTGGCCGCGATGTGGGGTGAG
ACCGACGAGAAGACCCTGCTCGCGGCGGAGCCCGATGTGATCCTGCACAAGCCGGCGGAA
CTGCTGTCGCTGTGCCCCGAGGTGACGGTTCCATAG

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR005833 Haloacid dehalogenase/epoxide hydrolase (Family)
[20-31] 1.2e-07 PR00413 [109-122] 1.2e-07 PR00413 [140-156] 1.2e-07 PR00413 [158-178] 1.2e-07 PR00413
PR00413   HADHALOGNASE
IPR006351 3-amino-5-hydroxybenzoic acid synthesis-related (Family)
[23-226] 9.9e-108 TIGR01454
TIGR01454   AHBA_synth_RP: AHBA synthesis associated protein
IPR006402 HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3 (Family)
[131-194] 3.2e-08 TIGR01509
TIGR01509   HAD-SF-IA-v3: HAD hydrolase, family IA, variant 3
IPR006439 HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 1 (Family)
[102-190] 1e-08 TIGR01549
TIGR01549   HAD-SF-IA-v1: HAD hydrolase, family IA, variant 1
IPR023214 HAD-like domain (Domain)
[90-223] 1.2e-39 G3DSA:3.40.50.1000
G3DSA:3.40.50.1000   no description
[19-227] 3.8e-50 SSF56784
SSF56784   HAD-like
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Gelda_00180 Gelda_00180   Gelda_00160 Gelda_00160
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