Gelda_00200 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces hygroscopicus
Strain	17997
Entry name	Geldanamycin
Contig	AF521894
Start / Stop / Direction	2,479 / 2,033 / - [in whole cluster] 6,423 / 6,869 / + [in contig]
Location	complement(2033..2479) [in whole cluster] 6423..6869 [in contig]
Type	CDS
Length	447 bp (148 aa)

Annotation

Category	2.2 modification addition of starter unit
Product	putative aminodehydroquinate dehydratase
Product (GenBank)	aminoDHQ dehydratase
Gene
Gene (GenBank)	gdnE
EC number
Keyword	AHBA
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q848A7 PmId [16502293] Identification of AHBA biosynthetic genes related to geldanamycin biosynthesis in Streptomyces hygroscopicus 17997. (Curr Microbiol. , 2006) comment S. hygroscopicus 17997のcosmid libraryをスクリーニングしたところ、2つのlociに分離したAHBA生合成gene clustersが発見された。このclustersは配列相同性と遺伝子編成の比較からbenzenic AHBA gene cluster(gdn)とnaphthalenic AHBA gene cluster(shn)に分けられた。 gdnE: (amino)Dehydroquinate dehydratase gdn genesは、rifamycin or naphthomycinよりansatrieninでのAHBA生合成genesに似ている。 gdnEを含むgdn cluster deleted mutantはgeldanamycin収量が75%減った。最も保存されているgdnA, -O, -Pのdeleted mutantでもgeldanamycin収量が75%減った。
Related Reference	ACC Q7BUF8 NITE Rifam_00600 PmId [11278540] Mutational analysis and reconstituted expression of the biosynthetic genes involved in the formation of 3-amino-5-hydroxybenzoic acid, the starter unit of rifamycin biosynthesis in amycolatopsis Mediterranei S699. (J Biol Chem. , 2001) comment Blast id69%, 1e-49 Amycolatopsis mediterranei_rifJ Aminodehydroquinate dehydratase rifH, -G, and -J genesの遺伝子産物は shikimate biosynthesis pathwayに関連する酵素に似ている。rifH, G, Jの各mutantは成長に影響を与えないので、shikimate pathwayに直接関連しないことがわかる。また、mutantでもrifamycin B産生をある程度保つことから、shikimate pathwayのgeneが代替していると考えられる。
	ACC P43877 PmId [8170389] Characterization of a 3-dehydroquinase gene from Actinobacillus pleuropneumoniae with homology to the eukaryotic genes qa-2 and QUTE. (Mol Microbiol. , 1994) comment Blast id48%, 2e-28 Actinobacillus pleuropneumoniae_aroQ 3-dehydroquinate dehydratase(EC 4.2.1.10) HAMAP MF_00169 template 大腸菌aroD(classII)を相補するものとしてクローニングされた。aroDとは相同性がない。
	ACC Q49BC2 NITE Gelda2_00270 PmId [16085885] Insights into the biosynthesis of the benzoquinone ansamycins geldanamycin and herbimycin, obtained by gene sequencing and disruption. (Appl Environ Microbiol. , 2005) comment Blast id98%, 3e-78 geldanamycin clusterを持つNRRL 3602株のORF。 herbimycin生合成系gene clusterのクローニングを行い、同じbenzoquinone ansamycin系のgeldanamycin のgene clusterと比較し、一部の遺伝子欠損株を作成してその生合成における関与を調べた文献。 gdm PKS clusterから30kb以上離れたところにあるgeldanamycinに関連するAHBA生合成clusterを同定し、配列解析から6つのORFsを明らかにしている。 ahba-4: Aminodehydroquinate dehydratase 詳細記載なし。

Sequence

>putative aminodehydroquinate dehydratase [aminoDHQ dehydratase]
MRCPLSRLLLVNGPNLGILGKRQPEIYGTDTLQDIERWVGEEVAERGWKVDSYQFDGEAE
IIQTIQGNYDTVGAIINPAALMMAGWGLRDALANYPRPWIEVHLSNVWAREQFRHESVTG
PLAAGVIFGLGALGYRLAARALLDKVPD

>putative aminodehydroquinate dehydratase [aminoDHQ dehydratase]
GTGAGGTGCCCATTGAGCAGGCTGTTGTTGGTGAACGGACCGAATCTCGGCATACTCGGC
AAGCGCCAGCCCGAGATCTACGGCACGGATACGCTTCAGGACATCGAGCGCTGGGTCGGG
GAAGAGGTCGCGGAGCGCGGCTGGAAAGTGGATTCCTACCAGTTCGATGGCGAAGCGGAG
ATCATCCAGACCATTCAGGGGAACTACGACACGGTCGGTGCCATCATCAATCCGGCCGCG
CTCATGATGGCCGGATGGGGCCTTCGGGACGCACTGGCGAACTATCCGCGGCCCTGGATA
GAAGTGCATCTGTCGAATGTCTGGGCCCGTGAGCAGTTCCGCCATGAGTCGGTGACCGGA
CCGCTGGCCGCGGGTGTCATCTTCGGGCTCGGCGCCCTGGGCTACCGGCTCGCCGCCCGC
GCCCTGCTCGACAAGGTGCCGGACTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001874 Dehydroquinase, class II (Family) G3DSA:3.40.50.9100 DHquinase_II PIRSF001399 DHquinase_II PF01220 DHquinase_II SSF52304 DHquinase_II PD004527 DHquinase_II IPR018509 Dehydroquinase, class II, conserved site (Conserved_site) PS01029 DEHYDROQUINASE_II
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Gelda_00210 Gelda_00190