Gelda_00210 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces hygroscopicus
Strain	17997
Entry name	Geldanamycin
Contig	AF521894
Start / Stop / Direction	1,927 / 1,043 / - [in whole cluster] 6,975 / 7,859 / + [in contig]
Location	complement(1043..1927) [in whole cluster] 6975..7859 [in contig]
Type	CDS
Length	885 bp (294 aa)

Annotation

Category	2.2 modification addition of starter unit
Product	putative kanosamine kinase
Product (GenBank)	kinase
Gene
Gene (GenBank)	gdnK
EC number
Keyword	AHBA
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q8GGJ9 PmId [16502293] Identification of AHBA biosynthetic genes related to geldanamycin biosynthesis in Streptomyces hygroscopicus 17997. (Curr Microbiol. , 2006) comment S. hygroscopicus 17997のcosmid libraryをスクリーニングしたところ、2つのlociに分離したAHBA生合成gene clustersが発見された。このclustersは配列相同性と遺伝子編成の比較からbenzenic AHBA gene cluster(gdn)とnaphthalenic AHBA gene cluster(shn)に分けられた。 gdnK: Kinase gdn genesは、rifamycin or naphthomycinよりansatrieninでのAHBA生合成genesに似ている。 gdnKを含むgdn cluster deleted mutantはgeldanamycin収量が75%減った。最も保存されているgdnA, -O, -Pのdeleted mutantでもgeldanamycin収量が75%減った。
Related Reference	ACC O52554 NITE Rifam_00340 PmId [11278540] Mutational analysis and reconstituted expression of the biosynthetic genes involved in the formation of 3-amino-5-hydroxybenzoic acid, the starter unit of rifamycin biosynthesis in amycolatopsis Mediterranei S699. (J Biol Chem. , 2001) [12207505] Characterization of the early stage aminoshikimate pathway in the formation of 3-amino-5-hydroxybenzoic acid: the RifN protein specifically converts kanosamine into kanosamine 6-phosphate. (J Am Chem Soc. , 2002) comment Blast id60%, 9e-55 Amycolatopsis mediterranei_rifN RifN [DoBISCUIT]kanosamine kinase --- [PMID: 11278540](2001) rifamycinと関連ansamycinsのPKS starter 3-amino-5-hydroxybenzoic acid (AHBA)の生合成経路について調査。関連遺伝子の不活化、異種性発現、中間体を基質とした反応確認など。どちらもRifN: kinase rifNは、PKSのstarter unitであるAHBAの合成に必要十分な7genes(rifG, H, J, K, L, M, N)のひとつだが、rifH, G, Jと異なりshikimate pathway関連遺伝子には似ていない。 rifN mutantの実験から、AHBA生合成の早期段階で作用し、aminoDAHP形成か、それより前で関与することが示唆されている。 --- [PMID: 12207505](2002) rifNについての実験論文。 E.coliでHis6 fusion proteinとして過剰発現、精製したRifNの基質特異性を様々な糖で確認。kanosamineのみが反応し、この反応生成物をNMRなどで解析したところ、kanosamine 6-phosphateと同定された。よって、RifNはkanosamine kinase kanosamine → kanosamine 6-phosphate
Related Reference	ACC Q49BC3 NITE Gelda2_00260 PmId [16085885] Insights into the biosynthesis of the benzoquinone ansamycins geldanamycin and herbimycin, obtained by gene sequencing and disruption. (Appl Environ Microbiol. , 2005) comment Blast id90%, 1e-108 geldanamycin clusterを持つNRRL 3602株のORF。 herbimycin生合成系gene clusterのクローニングを行い、同じbenzoquinone ansamycin系のgeldanamycin のgene clusterと比較し、一部の遺伝子欠損株を作成してその生合成における関与を調べた文献。 gdm PKS clusterから30kb以上離れたところにあるgeldanamycinに関連するAHBA生合成clusterを同定し、配列解析から6つのORFsを明らかにしている。 ahba-1c : Kinase (DAHP synthesis) 詳細記載なし。

Sequence

>putative kanosamine kinase [kinase]
MALRLEHDDLGISESSFRWPEPDGTDAMTSASGGATRDLDLLARHIRELCAGRPERLTGV
GVAMPATLDATGTVTAWPGRPSWAGVDLRGALSALFGHAEVRCADDGDLAALAEAHEARC
PDLLYLGVGTGIGGGIVLNGKPVPGVGRGSCEVGHLVVDRDGPLCDCGRRGCVQAAASGP
ATLRRAARRRDEEVTFTALRQAVRGGKPWAVASLRESGRALAAAVTGVCELLHPSLVLIG
GGFAAAMPELVAMVAERTAELGRPGHPPPPVRPARLGGLSSLHGAVLLARGLPD

>putative kanosamine kinase [kinase]
GTGGCGCTGCGCCTCGAACACGACGACCTCGGCATCAGCGAATCCTCCTTCCGCTGGCCC
GAGCCGGACGGTACGGACGCCATGACGTCCGCGTCCGGTGGCGCCACCCGCGATCTGGAC
CTGCTGGCGCGCCACATCAGGGAGCTGTGTGCGGGCCGACCCGAGCGGCTCACAGGTGTC
GGGGTCGCGATGCCCGCCACCCTCGACGCCACCGGCACGGTCACCGCCTGGCCCGGCCGT
CCCAGCTGGGCCGGAGTGGATCTGCGCGGCGCGCTGTCCGCCCTCTTCGGCCACGCCGAG
GTGCGCTGCGCCGACGACGGCGATCTGGCCGCCCTCGCCGAAGCACACGAAGCCCGCTGC
CCCGACCTGCTCTATCTCGGCGTCGGCACCGGGATAGGCGGTGGCATCGTGCTGAACGGG
AAACCCGTGCCCGGTGTGGGCCGCGGCTCCTGCGAAGTCGGCCACCTGGTCGTGGACCGC
GACGGACCGCTGTGCGACTGCGGTCGGCGCGGCTGCGTCCAGGCGGCGGCCTCGGGCCCG
GCGACCCTGCGCAGGGCGGCGCGGAGACGGGACGAGGAGGTGACCTTCACCGCGCTGCGC
CAAGCGGTGCGCGGCGGAAAGCCGTGGGCGGTGGCGTCGCTGCGGGAGAGCGGCAGGGCC
CTGGCCGCGGCCGTGACCGGCGTATGCGAACTGCTCCATCCCTCGCTCGTGCTGATCGGC
GGAGGGTTTGCCGCGGCGATGCCGGAGCTGGTGGCGATGGTGGCCGAGCGGACGGCGGAG
CTGGGGCGCCCCGGCCATCCACCGCCACCGGTCCGGCCCGCGCGACTGGGCGGGCTGTCC
TCACTGCACGGCGCCGTGCTGCTGGCCAGGGGACTGCCGGACTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR000600 ROK (Family) PF00480 ROK
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Gelda_00220 Gelda_00200