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Grana_00220 : CDS information

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Organism
StrainTü22
Entry nameGranaticin
Contig
Start / Stop / Direction26,000 / 25,200 / - [in whole cluster]
26,000 / 25,200 / - [in contig]
Locationcomplement(25200..26000) [in whole cluster]
complement(25200..26000) [in contig]
TypeCDS
Length801 bp (266 aa)
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Category5.4 hypothetical protein
Producthypothetical protein
Product (GenBank)
Gene
Gene (GenBank)gra-orf28
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[9831526] The granaticin biosynthetic gene cluster of Streptomyces violaceoruber Tu22: sequence analysis and expression in a heterologous host. (Chem Biol. , 1998)
comment
entire granaticin gene cluster(gra cluster)の報告。

ORF28: Unknown[Tailoring?]

配列解析のみ。
actVA-ORF3 homolog
Related Reference
ACC
Q93IZ2
NITE
Actino_00090
PmId
[1766437] Organisation and functions of the actVA region of the actinorhodin biosynthetic gene cluster of Streptomyces coelicolor. (Mol Gen Genet. , 1991)
comment
Blast 6th, id37%, 4e-29, gapあり
Streptomyces coelicolor_SCO5078
Putative uncharacterized protein

actinorhodin biosynthetic gene clusterのactVA領域の配列解析。

actVA-ORF3とactVA-ORF5(たぶんactVA-ORF4も)は、act mutantsの相補実験からC-6 hydroxylationに関与するとされている。ただ、ここで使用しているactVA-ORF3のN末は欠損していて、実験的に微妙。

actVA-ORF1-5を含むpIJ2315をmedermycin産生株に導入するとhybrid化合物mederrhodin A(8-hydroxymedermycin)を産生するので、C-8 hydroxylationへの関与についても述べられている。
ACC
B6SEG3
NITE
Alnu_00180
PmId
[22474343] Biosynthetic pathway toward carbohydrate-like moieties of alnumycins contains unusual steps for C-C bond formation and cleavage. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2012)
comment
Blast 9th, id31%, 1e-18, gapあり
Streptomyces sp. CM020_aln6
Aln6
[Alnu_00180]oxidase

cluster論文のグループがdioxane部分の形成について調査した続報。

aln6 mutantは、
・K1115A
・furanose型ribose unitを含むAlnumycin Cs(epimeric pair)
・pyranose型ribose unitを含むAlnumycin D (shunt産物)
を蓄積、Alnumycin A非産生。

Alnumycin Cs + Aln6 から Alnumycin Bs が産生された。
この反応でAlnumycin Bs形成に伴い、O2消費、H2O2形成が見られたので、Aln6をoxidaseとして同定。

[5-13C] and [1-13C] D-ribose取り込みによりC1'-C2' cleavage siteを検証。
Alnumycin Bsにおけるpositions 5' and 1' でそれぞれ濃縮が見られた。

以上の結果から提唱されているAlnumycin Cs→Alnumycin Bsへの酸化的再編成過程は非常に複雑で、さらなる詳細な生化学的、構造的特徴づけを必要とするとのこと。
しかし自分たちのデータから、Aln6をalnumycin oxidase/riboisomeraseとして明解に同定できるとも言っている。

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selected fasta
>hypothetical protein
MESTENAMTLLFHDDFAEGLRVRDPRIRPDGPWSLRPAGALADGDGAARPTTEGLVVEPT
GTDPETGRPAFVVPPEGETVEHLRWAAFGPACATGGSTLTVSATLSADVPGAAADDIREG
AGALVVLDRDAGLIMDFALTGTQVWALYGRVPASDATRGGFSYSVPLAARQPSDSHRCAL
VVDSAAGVARWLLDGAEVFAVERLGHGLPDPARADAWTPGPLSRVRPASLVPGLALIADS
PHGQGVRLTVSDLAVSALTVTEGVAS
selected fasta
>hypothetical protein
ATGGAGAGTACGGAGAACGCCATGACGCTCCTCTTCCACGACGACTTCGCCGAAGGGCTA
CGGGTGCGCGACCCCCGGATCCGGCCCGACGGTCCCTGGTCGCTACGGCCCGCCGGGGCG
CTCGCCGACGGGGACGGCGCCGCCCGTCCCACGACCGAGGGTCTGGTGGTCGAGCCGACC
GGTACCGACCCGGAGACCGGGCGTCCCGCCTTCGTCGTGCCGCCCGAAGGGGAGACGGTC
GAGCATCTGCGCTGGGCCGCCTTCGGGCCCGCGTGCGCGACCGGCGGCTCCACCCTGACC
GTGTCGGCGACGCTGTCGGCCGACGTACCCGGGGCCGCGGCCGACGACATACGTGAGGGC
GCGGGCGCGCTCGTCGTACTGGACCGCGACGCGGGACTCATCATGGACTTCGCGCTCACC
GGCACACAGGTCTGGGCGCTGTACGGCCGAGTGCCCGCCTCGGACGCCACGCGGGGAGGG
TTCTCGTACAGCGTGCCGCTCGCCGCGCGCCAACCCTCCGACAGCCATCGGTGCGCGCTC
GTCGTGGACTCGGCGGCGGGAGTCGCCCGCTGGTTGCTGGACGGCGCCGAGGTGTTCGCC
GTGGAAAGGCTGGGACACGGCCTTCCCGATCCGGCCCGGGCCGACGCCTGGACCCCGGGG
CCGCTCTCCCGTGTACGGCCCGCTTCCCTTGTGCCCGGCCTGGCTCTCATCGCGGACTCC
CCGCACGGCCAGGGCGTGCGGCTGACCGTCTCCGACCTGGCCGTCTCAGCTCTGACCGTC
ACCGAGGGGGTGGCGAGCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro No significant hit
SignalP
[1-25] 0.054 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
Grana_00210 Grana_00210   Grana_00230 Grana_00230
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