Grana_00290 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces violaceoruber
Strain	Tü22
Entry name	Granaticin
Contig	AJ011500
Start / Stop / Direction	32,006 / 32,980 / + [in whole cluster] 32,006 / 32,980 / + [in contig]
Location	32006..32980 [in whole cluster] 32006..32980 [in contig]
Type	CDS
Length	975 bp (324 aa)

Annotation

Category	3.4 other modification
Product	putative cyclase/dehydratase
Product (GenBank)	aromatase
Gene
Gene (GenBank)	gra-orf4
EC number
Keyword	1st ring
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC P16560 PmId [2583128] Structure and deduced function of the granaticin-producing polyketide synthase gene cluster of Streptomyces violaceoruber Tu22. (EMBO J. , 1989) [9831526] The granaticin biosynthetic gene cluster of Streptomyces violaceoruber Tu22: sequence analysis and expression in a heterologous host. (Chem Biol. , 1998) [1400167] Functional replacement of genes for individual polyketide synthase components in Streptomyces coelicolor A3(2) by heterologous genes from a different polyketide pathway. (J Bacteriol. , 1992) comment [PMID: 2583128](1989) granaticin生合成gene clusterの一部6.5 kb regionの配列解析報告。この論文の時点ではgra-ORF4の機能は不明。 -- [PMID: 9831526](1998) entire granaticin gene cluster(gra cluster)の報告。 ORF4: First ring aromatisation (ARO)[PKS] 配列解析。actVII に似ている。 gra-ORF1-5はact clusterと同じ並び。 -- [PMID: 1400167](1992) actinorhodin生合成cluster gene actVII にframeshiftやnonsense変異のあるS.coelicolor mutantは、gra-ORF4で相補される。 actVII に釣られて（？）、この論文ではgra"VII"(ORF4)とされている。
Related Reference	ACC Q9X464 NITE Naphcy_00040 PmId [10206788] Isolation and characterization of the naphthocyclinone gene cluster from Streptomyces arenae DSM 40737 and heterologous expression of the polyketide synthase genes. (Gene. , 1999) comment Blast 3rd, id61%, 4e-94 Streptomyces arenae_ncnD Aromatase NcnD: aromatase act PKS + act KR + ncnD →SEK34産生 act PKS + act KR + act ARO →SEK34産生 tcm PKS + act KR　→RM20b,c産生 tcm PKS + act KR + ncnD →RM20b aromatized formであるP517産生よって、NcnDはC-16骨格だけでなく、C-20 coresでも働き、 S.arenae aromataseはact aromataseより広い基質幅を持つ。
Related Reference	ACC Q02055 NITE Actino_00210 PmId [11851466] Genetic Contributions to Understanding Polyketide Synthases. (Chem Rev. , 1997) comment Blast 10th, id51%, 4e-72 Streptomyces coelicolor_actI ORF4(ACTVII) Actinorhodin polyketide synthase bifunctional cyclase/dehydratase --- [Pubmed登録なし]Engineered Biosynthesis of Novel Polyketides: actVII and actIV Genes Encode Aromatase and Cyclase Enzymes, Respectively. J. Am. Chem. Soc., 1994, 116 (24), pp 10855-10859 act minimal PKS, KR(actIII ), actVII, actIV の様々な組み合わせのrecombinantsによって産生されたpolyketides構造を測定。 minimal PKS = SEK4 minimal PKS + act KR = mutactin minimal PKS + act KR + actVII = SEK34 minimal PKS + act KR + actVII + actIV = DMAC ActVII は1st carbocyclic ringの2つのdehydrationsを触媒することを担うaromataseとして機能する。 ActIV は2つめのringを形成するための分子内aldol縮合を触媒するcyclaseである。 ActVII homologsは、gra, fren, tcm, gris生合成clusterにある。 ActIV homologsは、gra, fren, gris生合成clusterにある。 -- [PMID:11851466](1997) 上記PMIDなし論文がRef採用されているレビュー。 ActVII とgra, fren homologsはdidomain aromataseで、9-KRで還元されたC9-OH基を含み、2分子の水を除去をする。対して、N末だけActVII と似ているmonodomain aromatase_tcmNは、非還元polykeideを合成するPKSのcomponentである。

Sequence

>putative cyclase/dehydratase [aromatase]
MVQPAATPVSLPSPTVHRSEHTVTVAAPPEALYALVADVTRWPAVFEPTVHVRHLAREGR
TERFEIWAEVNGEIAHWRSRRVLDPVRRYVSFRQEHSRPPVTSMSGGWLFRPLADGRTEI
VLRHRFTVADDDPAAVARIEEALDRNSARELGALAALAETGHPVDELVFSFTDTLPLQGA
ARDAYTFVERAERWAELLPHVAQCGADRAGTGLEQWLEMDTVTADGSTHTTRSARICRAP
EWIAYNEQRTPRLVSGHSGEWTFAQTPEGPVATARHTVAVDPSGITEVLGPDATLADARA
YLRDALGRNSLATLRHAAEAAQRA

>putative cyclase/dehydratase [aromatase]
ATGGTCCAGCCCGCCGCCACCCCCGTCTCCCTGCCCAGCCCCACCGTCCACCGCAGCGAG
CACACCGTGACGGTGGCCGCACCGCCCGAGGCGCTCTACGCGCTCGTCGCCGACGTGACG
CGGTGGCCGGCCGTGTTCGAGCCGACGGTGCACGTGCGGCACCTCGCCCGGGAGGGGCGG
ACCGAACGGTTCGAGATCTGGGCCGAGGTGAACGGCGAGATCGCGCACTGGCGTTCGCGC
CGCGTTCTCGACCCGGTGCGGCGGTACGTGTCGTTCCGTCAGGAGCACAGCCGGCCGCCG
GTGACCTCGATGTCCGGAGGGTGGCTGTTCCGCCCGCTGGCCGACGGCCGGACGGAGATC
GTGCTGCGGCACCGGTTCACCGTCGCCGACGACGACCCGGCCGCCGTGGCCCGTATCGAG
GAGGCCCTCGACCGCAACAGCGCCCGAGAACTGGGCGCGCTCGCGGCGCTCGCCGAGACC
GGGCACCCGGTGGACGAACTGGTCTTCTCCTTCACGGACACCCTCCCGCTCCAGGGCGCC
GCCCGGGACGCGTACACCTTCGTCGAGCGTGCCGAGCGCTGGGCCGAGCTGCTGCCGCAC
GTCGCCCAATGTGGTGCTGACCGAGCCGGAACCGGGCTCGAGCAGTGGCTGGAGATGGAC
ACCGTGACGGCCGACGGGTCCACCCACACCACCAGGTCGGCGCGCATCTGCCGGGCGCCC
GAGTGGATCGCGTACAACGAGCAGCGCACCCCCCGGCTCGTGTCCGGCCACAGCGGCGAG
TGGACGTTCGCCCAGACCCCCGAGGGTCCCGTGGCGACCGCCCGCCACACCGTCGCCGTC
GACCCGAGCGGCATCACCGAGGTCCTCGGCCCGGACGCCACCCTCGCCGACGCCCGGGCC
TACCTCCGCGACGCCCTGGGCCGCAACAGCCTGGCCACGCTGCGGCACGCCGCCGAAGCG
GCCCAGCGGGCGTAG

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR019587 Polyketide cyclase/dehydrase (Family) PF10604 Polyketide_cyc2 IPR023393 START-like domain (Domain) G3DSA:3.30.530.20 G3DSA:3.30.530.20
SignalP	Bacteria, Gram-negative
TMHMM	No significant hit

Grana_00280 Grana_00300