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Griseo_00040 : CDS information

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Organism
StrainJP95
Entry nameGriseorhodin A
Contig
Start / Stop / Direction4,323 / 4,583 / + [in whole cluster]
4,323 / 4,583 / + [in contig]
Location4323..4583 [in whole cluster]
4323..4583 [in contig]
TypeCDS
Length261 bp (86 aa)
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close this sectionAnnotation

Category1.1 PKS
Productpolyketide synthase acyl carrier protein subunit
Product (GenBank)putative acyl carrier protein GrhC
Gene
Gene (GenBank)grhC
EC number
Keyword
  • type II PKS
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[12323376] A gene cluster from a marine Streptomyces encoding the biosynthesis of the aromatic spiroketal polyketide griseorhodin A. (Chem Biol. , 2002)
comment
griseorhodin A生合成gene clusterのクローニング、シークエンス、異種性発現。

GrhC: ACP

配列解析のみ。
PKS KS and CLF subunitとは離れて26kb上流にある。

---
http://hss.ulb.uni-bonn.de/2012/2790/2790.htm
"Investigations on the early biosynthetic steps of griseorhodin A" (学位論文)

grhA, grhB, grhC, grhE, grhT, grhQをクローニングして、S.albusでの異種性発現に利用しているが、うまくいっていない。

grh cluster内cyclases GrhT or GrhQのdeletionは生合成を廃止し、polyketidesは検出されなかった。
ΔgrhH-P mutantでは早期中間体形成が見られたが、ΔgrhH-Q mutantではgriseorhodin A生合成がなかった。

これらの結果から、griseorhodin A生合成における早期のpolyketide組み立てには多酵素複合体形成が必要であると述べている。
Related Reference
ACC
Q9X463
NITE
Naphcy_00030
PmId
[10206788] Isolation and characterization of the naphthocyclinone gene cluster from Streptomyces arenae DSM 40737 and heterologous expression of the polyketide synthase genes. (Gene. , 1999)
comment
Blast 10th, id48%, 2e-10
Streptomyces arenae_ncnC
Acyl carrier protein

NcnC: PKS acyl carrier protein
minimal PKS ACPとして異種性発現実験に使用している。
ACC
Q54219
NITE
Griseu_00030
PmId
[8169211] Cloning, sequencing, and analysis of the griseusin polyketide synthase gene cluster from Streptomyces griseus. (J Bacteriol. , 1994)
[9108302] Post-translational modification of heterologously expressed Streptomyces type II polyketide synthase acyl carrier proteins. (FEBS Lett. , 1997)
[9738947] Acylation of Streptomyces type II polyketide synthase acyl carrier proteins. (FEBS Lett. , 1998)
comment
Blast 11th, id50%, 3e-10
Streptomyces griseus_ORF3
Acyl carrier protein

--
[PMID: 8169211](1994)
griseusin polyketide synthase gene clusterの報告。

このORF3を含んだ領域の置換で、griseusins A and B産生能力を損失。
ORF3単独の機能は、配列解析から述べられている。

--
[PMID: 9108302](1997)
E.coliにおけるactinorhodin (act), oxytetracycline (otc) and griseusin (gris) apo-ACPsのholo型形成に関する調査。

--
[PMID: 9738947](1998)
上記論文の続報。
holo-ACPsによるacylationの調査。

close this sectionPKS/NRPS Module

ACP30..77

close this sectionSequence

selected fasta
>polyketide synthase acyl carrier protein subunit [putative acyl carrier protein GrhC]
MQQLDLPTLIGLLRTSGGSDTHDLNGDVLDVAFADLGYDSLCLLQVTGVIERDAGVALDE
QVLEEAETPRQYIAAVNRVLSPQATA
selected fasta
>polyketide synthase acyl carrier protein subunit [putative acyl carrier protein GrhC]
ATGCAGCAGCTCGACCTTCCCACCCTGATCGGCCTCCTGCGGACCAGCGGGGGCAGCGAC
ACCCACGACCTGAACGGGGACGTGCTGGACGTCGCGTTCGCCGATCTCGGCTACGACTCC
CTGTGCCTCCTCCAGGTCACCGGCGTCATCGAGCGCGATGCGGGGGTCGCGCTCGACGAG
CAGGTGCTGGAGGAGGCGGAGACCCCGAGGCAGTACATCGCGGCCGTCAACCGGGTGCTG
TCTCCGCAGGCCACCGCCTGA
ACP30..77
ACP88..231

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR009081 Acyl carrier protein-like (Domain)
[30-77] PS50075
PS50075   ACP_DOMAIN
[29-76] 2.8e-05 PF00550
PF00550   PP-binding
[29-80] 3.60000000000001e-10 G3DSA:1.10.1200.10
G3DSA:1.10.1200.10   ACP_like
[2-83] 7.00000734129903e-10 SSF47336
SSF47336   ACP_like
SignalP
[1-18] 0.271 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
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