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Griseo_00050 : CDS information

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Organism
StrainJP95
Entry nameGriseorhodin A
Contig
Start / Stop / Direction4,744 / 5,715 / + [in whole cluster]
4,744 / 5,715 / + [in contig]
Location4744..5715 [in whole cluster]
4744..5715 [in contig]
TypeCDS
Length972 bp (323 aa)
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Category5.1 general function
Productputative cyclase/dehydratase
Product (GenBank)putative cyclase GrhE
Gene
Gene (GenBank)grhE
EC number
Keyword
Note
  • It is supposed that this ORF is not involved in griseorhodin A biosynthesis.
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[12323376] A gene cluster from a marine Streptomyces encoding the biosynthesis of the aromatic spiroketal polyketide griseorhodin A. (Chem Biol. , 2002)
comment
[PMID:12323376](2002)
griseorhodin A生合成gene clusterのクローニング、シークエンス、異種性発現。

grhE: CYC

grh clusterには、1st ring形成に関して
・C-9で還元された基質をC7-C12間で環化するActVII typeのGrhE
・非還元基質をC9-C14間で環化するTcmN typeのGrhT-N末
の両typeのaromataseがある。これは前例がない。

理論上は異なった環化の産物が混合しているはずだが、抽出液からはActVII-typeの環化産物を検出できない、griseorhodin前駆体は非還元であるなどの理由から、GrhEはActVIIと機能が異なる、もしくは、GrhEは不活性である。

以上から、grhEは隣接するACP gene grhCと共にclusterに組み込まれたがgriseorhodin生合成に必要ではないと思うと述べている。

---
http://hss.ulb.uni-bonn.de/2012/2790/2790.htm
"Investigations on the early biosynthetic steps of griseorhodin A" (学位論文)

grhE deletion mutantでもgriseorhodin A産生可能。
よってGrhEはgriseorhodin A生合成で有意な役割をしないようである。
Related Reference
ACC
Q54811
NITE
Adria_00240
PmId
[9224566] Iterative type II polyketide synthases, cyclases and ketoreductases exhibit context-dependent behavior in the biosynthesis of linear and angular decapolyketides. (Chem Biol. , 1997)
comment
Blast 21st, id36%, 6e-43
Streptomyces peucetius_dpsF
Daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase
[DoBISCUIT]cyclase/dehydrase

minimal PKS + KR + CYCをjadomycin, daunorubicin, tetracenomycinのgenesで構成し、そのplasmid発現株での産物を解析。
JadD, DpsFの両cyclasesはC-9で還元されたdecaketidesの位置特異的なfirst-ring cyclase/dehydrasesであることが示された。

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selected fasta
>putative cyclase/dehydratase [putative cyclase GrhE]
MPETAFHHTSHRVDIAAPAGVVYGLVADAVRWPLFLTPTVHVEALDLEGADQRLRIWALA
CDDVTSWVTRRTLDPAARRIDFRQEVPGPSEPGVTGSWVVEELPEGSSRLTLRSALPASA
TRTTPASWLERAEHDDLLALLADLKHLAERWATLDEHIVAVEETLRVDGPAELAYDFLYR
IENWPAQLPRLTRLDLVEETPGIQQVRMDLLADDGRTHTARGVRVCFPHGGRIVYKLVEP
PASTVAQAGEWSVEPDASGVTLRGRHQAVLRCPDAPSDTEPRTESGGGAGPEVGRMLGRD
SAVVLGLARRYAQSAVRVITPKP
selected fasta
>putative cyclase/dehydratase [putative cyclase GrhE]
ATGCCCGAGACGGCCTTCCACCACACGTCCCACCGTGTGGACATCGCCGCGCCCGCCGGG
GTCGTCTACGGACTGGTCGCGGACGCGGTGCGCTGGCCGCTGTTCCTCACGCCGACCGTG
CATGTGGAGGCGCTGGACCTGGAGGGCGCCGACCAGCGCCTGCGGATCTGGGCGCTGGCC
TGCGACGACGTCACCTCGTGGGTGACCCGGCGCACACTCGACCCGGCCGCGCGGCGGATC
GACTTCCGCCAGGAGGTCCCCGGACCATCCGAGCCGGGGGTGACCGGCTCCTGGGTGGTC
GAGGAACTTCCCGAAGGCTCCTCGCGCCTCACCCTGCGCTCCGCGCTGCCGGCGTCCGCG
ACGCGCACCACCCCCGCGAGCTGGCTCGAACGGGCCGAACACGACGATCTACTGGCCCTG
TTGGCGGATCTGAAGCACCTTGCGGAACGCTGGGCCACGCTGGACGAGCACATCGTGGCC
GTCGAGGAGACCCTGCGTGTCGACGGGCCGGCCGAACTCGCCTACGACTTCCTGTACCGG
ATCGAGAACTGGCCCGCGCAGCTCCCCCGGCTGACCCGCCTCGACCTCGTGGAGGAGACC
CCCGGAATCCAGCAGGTCCGGATGGACCTGCTGGCGGACGACGGCCGTACGCACACCGCC
AGGGGCGTGCGCGTGTGCTTCCCCCACGGCGGCCGGATCGTCTACAAGCTCGTCGAACCG
CCCGCGTCGACCGTCGCCCAGGCCGGGGAGTGGTCGGTCGAGCCCGACGCGAGCGGTGTG
ACCCTCCGCGGCCGCCACCAGGCCGTACTGCGCTGCCCGGACGCGCCGTCGGACACGGAA
CCGCGTACGGAGTCGGGCGGGGGCGCGGGCCCGGAGGTGGGACGGATGCTCGGCCGGGAC
AGCGCCGTCGTGCTGGGTCTTGCCCGGCGGTACGCGCAGAGCGCCGTGCGCGTGATCACG
CCGAAGCCCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR019587 Polyketide cyclase/dehydrase (Family)
[8-143] 7.1e-08 PF10604 [160-264] 3.1e-06 PF10604
PF10604   Polyketide_cyc2
IPR023393 START-like domain (Domain)
[8-112] 1.1e-07 G3DSA:3.30.530.20
G3DSA:3.30.530.20   G3DSA:3.30.530.20
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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