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Heda_00250 : CDS information

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Organism
StrainATCC 15422
Entry nameHedamycin
Contig
Start / Stop / Direction35,293 / 36,270 / + [in whole cluster]
35,293 / 36,270 / + [in contig]
Location35293..36270 [in whole cluster]
35293..36270 [in contig]
TypeCDS
Length978 bp (325 aa)
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Category1.4 Other
Productputative acyl-ACP thioesterase
Product (GenBank)putative acyltransferase
GenehedF
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
  • type II thioesterase
  • non-acetate starter unit
Note
Note (GenBank)
  • orf8
Reference
ACC
PmId
[15271354] The hedamycin locus implicates a novel aromatic PKS priming mechanism. (Chem Biol. , 2004)
[19942143] In vivo and in vitro analysis of the hedamycin polyketide synthase. (Chem Biol. , 2009)
comment
[PMID:15271354](2004)
hedamycinの生合成gene clusterの報告。
hedF: Acyltransferase

---
[PMID:19942143](2009)
hedF: acyl-ACP thioesterase

HedSとhedFは上記cluster同定論文でstarter unit形成に関与すると考えられていたが、この論文で関係ないことが確認されている。
HedFは、校正メカニズムとしてacetyl-primed ACPsを加水分解するacyl-ACP thioestearasesであるDpsD and ZhuCのhomolog.
Related Reference
ACC
Q9KHK3
NITE
Enter_00120
PmId
[21531566] Policing starter unit selection of the enterocin type II polyketide synthase by the type II thioesterase EncL. (Bioorg Med Chem. , 2011)
comment
Blast 7th, id51%, 2e-66
Streptomyces maritimus_encL
Putative acyl transferase EncL

encL mutantはwildと類似したレベルのenterocinを産生。
encABCNDを含んだplasmidを異種性発現すると、benzoate-primed polyketides wailupemycinsを産生。

8His-tagged EncLをE.coliで産生してin vitro実験に使用。
EncABC + malonyl-CoA でuncharacterized acetate primed polyketidesが産生されるが、この反応にEncLを加えるとこれらの産物が減る。
EncABCN + benzoyl-CoA, malonyl-CoA でbenzoate-primed wailupemycinsが産生されるが、この反応にEncLを加えるとこれらの産物が増える。

acetyl- and benzoyl-EncC に EncLを加えたときのholo-EncC, acetyl-EncC, and benzoyl-EncCの量をタイムコースで定量。
acetyl-EncCはEncLを加えて30秒後に枯渇。これに対応するholo-EncC増加あり。
benzoyl-EncCは相対的にゆっくり加水分解された。

これらの結果からEncLは、misprimed acetyl-ACP(EncC)を加水分解してEncCに戻すことにより正しいstarter unit benzoyl-ACP(EncC)が取り込まれ、enterocin合成が進むようにすると提唱。
ACC
Q9F6D9
NITE
R1128_00030
PmId
[15260498] The acyltransferase homologue from the initiation module of the R1128 polyketide synthase is an acyl-ACP thioesterase that edits acetyl primer units. (Biochemistry. , 2004)
comment
Blast 16th, id47%, 9e-56
Streptomyces sp. R1128_zhuC
Acyl transferase

tcm minimal PKS genesとの発現でZhuCの役割を確認。
tcm minimal PKSは非acetateなacyl基で直接primeされることができる。
ZhuCがあるとacetate-primed decaketides合成がなくなり、hexanoyl-primed octaketides合成のみになる。
ZhuCは、hexanoyl- and octanoyl-ACPより100倍よい特異性をacetyl- and propionyl-ACPに持つ。
ZhuCはacyl-ZhuG から holo-ZhuNへのtransacylationを触媒するが、そのacyl移動率はin vivoで生理学的に関連するためには遅すぎる。

よってZhuCはacetyl-ACP thioesteraseとして働き、PKS伸長moduleをprimeするalkylacyl-ZhuGと競合するacetate primer unitsを一掃する。

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selected fasta
>putative acyl-ACP thioesterase [putative acyltransferase]
MALLLPGQGAQHPRMAAGLYRHEEVFTHWMDEAFRLLGPDGARLRQEWLAERPSAAFDDV
SVAQPLLYAVDHALGRTVLEWGVRPVALLGHSVGEFAAATLAGVVDFADGVRMMRERREL
FARTPPGGMLAVSAGVGEVAGLLRDGVHLAAVNASRQLLLAGASQPLERAARVLREREIV
CREVPARQAFHTPLVDGAVEASLPGWRSLRLSPPRLTLYSAYTGGVLTDGEARDPDFWAW
QASRPVHFAPTLSALLAAHACVLVEAGPGNSLTMLARRKPAVAEGRCAVLPLLPDRPRGE
EADRHAVAAARAALLPTTDTHEEAS
selected fasta
>putative acyl-ACP thioesterase [putative acyltransferase]
GTGGCGCTGCTCCTCCCGGGGCAGGGGGCACAGCACCCGCGGATGGCCGCGGGACTCTAC
CGGCACGAAGAGGTGTTCACGCACTGGATGGACGAGGCGTTCCGGCTGCTCGGACCGGAC
GGCGCGCGGCTGCGGCAGGAGTGGCTGGCCGAGCGCCCGTCCGCCGCGTTCGACGACGTG
TCGGTGGCCCAGCCGCTGCTGTACGCCGTGGACCACGCGCTGGGCCGGACCGTGCTGGAG
TGGGGTGTGCGTCCGGTGGCCCTGCTCGGACACAGCGTGGGCGAGTTCGCCGCCGCCACC
CTCGCCGGCGTCGTCGACTTCGCCGACGGCGTCCGGATGATGCGCGAACGCCGGGAGCTG
TTCGCCCGCACCCCGCCCGGTGGCATGCTGGCCGTGTCCGCCGGGGTGGGCGAGGTGGCC
GGCCTGCTGCGCGACGGCGTTCACCTGGCGGCCGTGAACGCCTCCCGCCAACTGCTGCTG
GCCGGTGCGTCCCAGCCGCTGGAGCGGGCGGCCCGGGTCCTGCGTGAGCGGGAGATCGTG
TGCCGGGAGGTGCCGGCCAGGCAGGCATTCCACACCCCGCTCGTGGACGGGGCGGTCGAG
GCGTCGCTGCCCGGCTGGCGCTCGCTGCGGCTTTCGCCCCCGCGACTGACGCTCTACTCC
GCCTACACCGGTGGCGTCCTGACCGACGGCGAGGCCCGCGACCCCGACTTCTGGGCCTGG
CAGGCGTCCCGCCCCGTGCACTTCGCCCCGACGCTGTCCGCCCTGCTGGCCGCCCACGCG
TGCGTGCTGGTGGAGGCGGGTCCCGGCAACAGCCTCACCATGCTGGCCCGCCGCAAGCCC
GCAGTGGCCGAGGGACGCTGCGCCGTCCTGCCGCTGCTGCCCGACCGGCCGCGCGGCGAG
GAGGCGGACCGGCACGCCGTCGCGGCCGCCCGCGCCGCCCTGCTGCCCACCACCGACACT
CACGAGGAGGCGTCTTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001227 Acyl transferase domain (Domain)
[2-124] 3.40000000000004e-50 G3DSA:3.40.366.10 [188-293] 3.40000000000004e-50 G3DSA:3.40.366.10
G3DSA:3.40.366.10   Ac_transferase_reg
IPR014043 Acyl transferase (Domain)
[5-298] 2.99999999999998e-38 PF00698
PF00698   Acyl_transf_1
IPR016035 Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase (Domain)
[1-278] 3.29999077503323e-46 SSF52151
SSF52151   Acyl_Trfase/lysoPlipase
IPR016036 Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding (Domain)
[125-187] 5.59999989417023e-11 SSF55048
SSF55048   Malonyl_transacylase_ACP-bd
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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