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Jado_00210 : CDS information

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Organism
StrainISP5230 (=NBRC 13096)
Entry nameJadomycin B
Contig
Start / Stop / Direction20,458 / 21,882 / + [in whole cluster]
2,365 / 3,789 / + [in contig]
Location20458..21882 [in whole cluster]
2365..3789 [in contig]
TypeCDS
Length1,425 bp (474 aa)
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Category2.3 modification addition of sugar moiety
Productputative NDP-hexose 2,3-dehydratase
Product (GenBank)NDP-hexose 2,3-dehydratase
Gene
Gene (GenBank)jadO
EC number
Keyword
  • L-digitoxose
Note
Note (GenBank)
  • JadO
Reference
ACC
PmId
[11932454] Biosynthesis of the dideoxysugar component of jadomycin B: genes in the jad cluster of Streptomyces venezuelae ISP5230 for L-digitoxose assembly and transfer to the angucycline aglycone. (Microbiology. , 2002)
comment
jadNの下流にある8genesの同定。

jadO, P, Q, S, T, U and Vは不活化による蓄積産物解析により、jadomycin Bのdideoxysugar部分の形成と、それのaglyconeへの付着を媒介することが示された。
この結果と配列類似から、sugar生合成経路を提唱。

JadO(NDP-hexose 2,3-dehydratase)、JadP(oxidoreductase)はNDP-2,6-dideoxy-D-threo-4-hexuloseを産生する反応が割り当てられている。

JadOとその他のNDP-hexose 2,3-dehydratasesとのalignment検討あり。
4つの高保存領域のうち2つしかJadOには保存がない。
他のentriesが複数の糖合成に関与するのと違い、JadOは基質特異性が高いことを反映しているのではないか、と言っている。
Related Reference
ACC
Q9ALN6
NITE
Spino_00070
PmId
[18345667] In vitro characterization of the enzymes involved in TDP-D-forosamine biosynthesis in the spinosyn pathway of Saccharopolyspora spinosa. (J Am Chem Soc. , 2008)
comment
Blast 26th, id47%, 1e-108
Saccharopolyspora spinosa_spnO
Probable NDP-hexose-2,3-dehydratase

dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose 2,3-dehydratase_SpnO

dTDP-D-glucose, RfbB(dTDP-D-glucose→dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose), and either NADH or NADPHと一緒にSpnO and SpnNをインキュベートし、NAD(P)Hの消費量をフォローしてtandem reactionを測定。SpnO or SpnNのどちらかを欠いた場合、消費が見られなかった。
dTDP-3,4-diketo-2,6-dideoxy-D-glucoseは不安定で急速にdTDP and maltolに分解してしまうため、SpnOのみの触媒効率は定量できていない。

--
SpnNはdTDP-3,4-diketo-2,6-dideoxy-D-glucose 3-ketoreductaseであることが他で報告されている。

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selected fasta
>putative NDP-hexose 2,3-dehydratase [NDP-hexose 2,3-dehydratase]
MSTGTTTPAPPSPPAGLAERIARSAATGRGAHLATEDFHDWLDGRRRANTFRVDKIPFDA
LDGWSFDEEDGNLVHRSGRFFTVEGLHVVEEDGPYGDGPYRSWYHPVIKQPEVGILGILA
KEFDGVLHFLMQAKMEPGNPNLLQLSPTVQATRSNYTKAHRGGDVKYIEYFTGAEHGTVI
ADSLQSEHGAWFFHKSNRNMIVEATGEVPLLDDFCWLTLGQLGELLHQDNVINMDARTVL
SCVPYEDADAGRALLSDVQLLSWFTGERSRHDVRARRVPLRELPGWKQGEETIEHEEGRH
FKVVAVSVQAGNREVTSWTQPLIEPVGLGVAAFLTRDFDGVPHYLVHARVEGGFLDTVEL
APTVQYTPGNYAHLPTDERPPFLDLVLDTDPGPRPATRPCTPRKAAAVSFKRREPLPSLV
EADETQGPGPDPAARATPGRPAAQLTSLAPGTGHYLNVQARTLLACVHAGAVRP
selected fasta
>putative NDP-hexose 2,3-dehydratase [NDP-hexose 2,3-dehydratase]
ATGAGCACCGGCACCACCACGCCCGCCCCGCCCTCACCGCCCGCCGGGCTCGCCGAGCGG
ATCGCCCGCTCGGCCGCCACCGGCCGCGGCGCCCACCTGGCCACCGAGGACTTCCACGAC
TGGCTCGACGGCCGCCGCCGCGCCAACACCTTCCGCGTCGACAAGATCCCCTTCGACGCG
CTCGACGGCTGGTCCTTCGACGAGGAGGACGGCAACCTCGTCCACCGCAGCGGCCGCTTC
TTCACCGTCGAGGGCCTGCACGTCGTCGAGGAGGACGGACCCTACGGCGACGGCCCGTAC
CGCTCCTGGTACCACCCCGTCATCAAGCAGCCCGAGGTCGGCATCCTCGGCATCCTCGCC
AAGGAGTTCGACGGCGTCCTGCACTTCCTCATGCAGGCCAAGATGGAGCCCGGCAACCCG
AACCTGCTCCAGCTGTCGCCGACCGTCCAGGCCACCCGCAGCAACTACACCAAGGCGCAC
CGCGGCGGCGACGTGAAGTACATCGAGTACTTCACCGGCGCCGAACACGGCACCGTCATC
GCCGACTCCCTCCAGTCCGAGCACGGCGCCTGGTTCTTCCACAAGTCCAACCGCAACATG
ATCGTCGAGGCCACCGGCGAGGTCCCGCTCCTCGACGACTTCTGCTGGCTCACCCTCGGC
CAGCTCGGCGAGCTCCTCCACCAGGACAACGTCATCAACATGGACGCCAGGACCGTCCTG
TCCTGCGTGCCGTACGAGGACGCCGACGCCGGGCGGGCGCTGCTCTCCGACGTCCAGCTG
CTCTCCTGGTTCACCGGCGAGCGCTCCCGCCACGACGTACGGGCCCGGCGCGTCCCGCTG
CGCGAGCTGCCCGGCTGGAAGCAGGGCGAGGAGACCATCGAGCACGAGGAGGGCCGGCAC
TTCAAGGTCGTCGCCGTCTCCGTGCAGGCCGGGAACCGCGAAGTGACCAGCTGGACCCAG
CCGCTGATCGAACCGGTCGGACTCGGCGTCGCCGCCTTCCTGACCCGCGACTTCGACGGC
GTCCCGCACTACCTGGTGCACGCCCGCGTCGAGGGCGGCTTCCTCGACACCGTGGAACTG
GCCCCCACCGTCCAGTACACCCCGGGCAACTACGCCCACCTGCCGACCGACGAGCGCCCG
CCCTTCCTCGACCTCGTCCTCGACACCGACCCCGGCCCGCGTCCGGCTACGAGGCCGTGC
ACTCCGAGGAAGGCGGCCGCGGTTTCCTTCAAACGCCGAGAGCCGCTACCTTCCTTGGTG
GAGGCCGACGAGACGCAAGGCCCCGGGCCGGACCCCGCCGCCCGGGCTACGCCTGGGCGA
CCCGCCGCACAGCTCACCTCCCTTGCACCCGGCACGGGCCACTACCTCAACGTCCAGGCC
CGCACCCTGCTGGCCTGCGTCCACGCCGGGGCGGTGCGGCCTTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR005212 NDP-hexose 2,3-dehydratase (Domain)
[35-243] 2.99999999999998e-82 PF03559 [256-467] 1.5e-66 PF03559
PF03559   Hexose_dehydrat
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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