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Jado_00280 : CDS information

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Organism
StrainISP5230 (=NBRC 13096)
Entry nameJadomycin B
Contig
Start / Stop / Direction28,477 / 27,863 / - [in whole cluster]
10,384 / 9,770 / - [in contig]
Locationcomplement(27863..28477) [in whole cluster]
complement(9770..10384) [in contig]
TypeCDS
Length615 bp (204 aa)
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Category4.1 transcriptional regulator
ProductTetR family transcriptional repressor
Product (GenBank)JadR*
Gene
Gene (GenBank)jadR*
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • similar to TetR; repressor
Reference
ACC
PmId
[11932454] Biosynthesis of the dideoxysugar component of jadomycin B: genes in the jad cluster of Streptomyces venezuelae ISP5230 for L-digitoxose assembly and transfer to the angucycline aglycone. (Microbiology. , 2002)
[23832247] JadR and jadR2 act synergistically to repress jadomycin biosynthesis. (Sci China Life Sci. , 2013)
[24112541] JadR*-mediated feed-forward regulation of cofactor supply in jadomycin biosynthesis. (Mol Microbiol. , 2013)
comment
[PMID:11932454](2002)
jadNの下流にある8genesの同定。

dideoxysugar生合成の下流にある612bpのORF(jadR*)の推定AA配列は、多くのTetR-family transcriptional regulator配列に似ている。

--
[PMID:23832247](2013)
jadomycin biosynthetic gene clusterにある3つのcluster-situated regulators (CSRs)について、mutantsを作成し、転写解析をしている。

JadR*は、既に報告のあるJadR2によるjadR1転写抑制とJadR1によるjadR1転写抑制に相乗的効果を与えた。また、JadR2 と JadR*はお互いのpromoterへの直接結合により、相互に抑制した。

結果からはJadR1によるjadR2の活性化も示されている。これまでの研究でjadR2のpromoterへのJadR1の直接結合は観察されていないので、この活性化は間接的であると推測した。

--
[PMID:24112541](2013) abstract
ΔjadR*でjadY, jadR1, jadI and jadEの転写レベルは有意に増加。
よってこれら遺伝子はJadR*によって直接的に抑制される。

また、JadR*と早期経路中間体(特にdehydrorabelomycin)の直接相互作用により、jadY promoterでのJadR*のDNA結合活性を調節し、oxygenase JadGへのcofactor FMNH2 /FADH2の供給を調節する。

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selected fasta
>TetR family transcriptional repressor [JadR*]
MATRKYEQRLRAEAAAETRRRILDALYEQLRSAPSEAVGLDRIARTAGVSRSTVYTTFGS
RSGLFDALGADLLHRGGFERMVREVLQPDAREGLRGGIRGNVEMYAAHRDVMRALYSMAA
LDAEAVGGAVQRMETGRAAGMDDLARRLGAQGELREDVTVAEAARRLWLFSAFDSFDLLY
TGRSMTVEQVTSTLTTAAEHALCR
selected fasta
>TetR family transcriptional repressor [JadR*]
ATGGCCACCAGGAAGTACGAACAGCGCCTCCGGGCGGAGGCGGCAGCCGAGACCCGCCGG
CGCATCCTCGACGCGCTGTACGAGCAGCTCCGATCGGCCCCCTCCGAGGCCGTCGGCCTC
GACCGGATCGCCCGCACGGCGGGCGTGTCGCGGTCCACCGTGTACACGACCTTCGGCTCG
CGCTCCGGGCTCTTCGACGCCCTCGGCGCGGACCTGCTGCACCGCGGCGGCTTCGAGCGG
ATGGTGCGCGAGGTGCTCCAGCCCGACGCGCGCGAAGGGCTCCGCGGCGGCATCCGGGGC
AACGTCGAGATGTACGCGGCCCACCGCGACGTCATGCGCGCCCTGTACTCCATGGCCGCG
CTCGACGCCGAGGCGGTCGGCGGCGCGGTCCAGCGGATGGAGACCGGACGCGCCGCCGGG
ATGGACGACCTCGCCCGGCGGCTCGGCGCGCAGGGTGAGCTGCGCGAGGACGTCACGGTC
GCCGAGGCGGCCCGCCGTCTCTGGCTGTTCTCGGCCTTCGACAGCTTCGACCTGCTCTAC
ACCGGCCGTTCGATGACGGTGGAGCAGGTCACCTCGACCCTCACCACCGCCGCCGAACAC
GCCCTCTGCCGCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001647 DNA-binding HTH domain, TetR-type (Domain)
[16-76] 17.92 PS50977
PS50977   HTH_TETR_2
[22-68] 6.9e-09 PF00440
PF00440   TetR_N
IPR009057 Homeodomain-like (Domain)
[12-75] 9.6e-12 SSF46689
SSF46689   Homeodomain-like
IPR011075 Tetracycline transcriptional regulator, TetR-related, C-terminal (Domain)
[89-204] 3.1e-08 SSF48498
SSF48498   Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain
IPR015893 Tetracycline transcriptional regulator, TetR-like, C-terminal (Domain)
[9-204] 9.9e-25 G3DSA:1.10.357.10
G3DSA:1.10.357.10   no description
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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