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Kirro_00340 : CDS information

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Organism
StrainTü365
Entry nameKirromycin
Contig
Start / Stop / Direction93,687 / 95,024 / + [in whole cluster]
93,687 / 95,024 / + [in contig]
Location93687..95024 [in whole cluster]
93687..95024 [in contig]
TypeCDS
Length1,338 bp (445 aa)
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Category1.4 Other
Producttrans-acting acyltransferase
Product (GenBank)
Gene
Gene (GenBank)kirCII
EC number
Keyword
  • trans AT
  • ethylmalonyl-CoA
Note
Note (GenBank)
  • putative acyltransferase
Reference
ACC
PmId
[18291322] Molecular analysis of the kirromycin biosynthetic gene cluster revealed beta-alanine as precursor of the pyridone moiety. (Chem Biol. , 2008)
[21513880] Supramolecular templating in kirromycin biosynthesis: the acyltransferase KirCII loads ethylmalonyl-CoA extender onto a specific ACP of the trans-AT PKS. (Chem Biol. , 2011)
[23083014] Poly specific trans-acyltransferase machinery revealed via engineered acyl-CoA synthetases. (ACS Chem Biol. , 2013)
[24726832] Reprogramming acyl carrier protein interactions of an Acyl-CoA promiscuous trans-acyltransferase. (Chem Biol. , 2014)
[24871074] Comparative analysis of the substrate specificity of trans- versus cis-acyltransferases of assembly line polyketide synthases. (Biochemistry. , 2014)
comment
[PMID: 18291322](2008)
kirromycin生合成gene clusterの報告。

kirromycin生合成クラスター内に、AT motif(IPR014043)を持つのは3ORF。
kirro_00270(KirAVI) :cis AT(PKS)
kirro_00300(KirCI) :trans AT　　
kirro_00340(KirCII) :trans AT　 <-this ORF

AT domainを1つ保存している。

配列解析から、KirCI_AT2はmalonyl-CoA specificity amino acid signatureに完全一致したが、KirCI_AT1は2つのよく保存されたアミノ酸がH91A,R117Qに変換されていた。
また、AT domainの系統樹から、KirCI,KirCII,KirCIIはそれぞれ異なる枝に属していたことから機能が異なると推測されている。

しかし、これらのdomainに関して機能解析実験はされていないため機能は不明なまま。

---
[PMID: 21513880](2011)
KirCII 機能解析を報告。

KirCII 不活性株を用いて、機能解明のためin vitro ACP-loading assayを行っている。
KirCII の基質特異性、ACP-loading能力、様々なacyl carrier proteinのアセチル化に対するKirCII の能力を見ている。
trans-AT KirCII は、実験に用いたACPをloadするためにmalonyl-CoAあるいはmethylmalonyl-CoAを利用できなかった。したがってethylmalonyl-loading KirCII は、non-malonyl unitに対してACP-loading活性と特異性をもつdiscreate ATであると考察している。

KirCII は、Kirromycin PKSのmodule5のACP上でethylmalonyl unitのloadingを触媒すると結論づけている。

---
[PMID: 23083014](2013) abstract
C2で置換されたmalonyl-CoA伸長units（非天然なものを含む）を合成し、trans-ATのacyl-CoA特異性を探索している。
KirCII はKir ACP5へ幅広い非天然伸長unitsをロードできる。

---
[PMID: 24726832](2014)
ACP相互作用を探索するための試験を開発し、KirCII による特異的認識に寄与するACP表面での残基を同定。

---
[PMID: 24871074](2014)
disorazole and kirromycin synthases由来のtrans-ATを動態学的に解析し、6-deoxyerythronolide B synthase (DEBS)由来のcis-ATと比較した。

kirromycin ATは、伸長unitはmethylmalonyl-CoAよりethylmalonyl-CoAを20倍好み、ACPはKir ACP5を好んだ。一方、disorazole ATは、伸長unitはmalonyl-CoAへの特異性が高いが、ACPはkirromycin ATより広い特異性を持った。

最初の伸長moduleのAT domainが不活化されたDEBS mutantを、disorazole ATは効率的に相補したが、kirromycin ATはかなり効果がなかった。

close this sectionPKS/NRPS Module

18 ethylmalonyl-CoA
AT91..400

close this sectionSequence

selected fasta
>trans-acting acyltransferase
MTVRLFAVAAGTEEGLLAALRGHADRIRAGRDLPTLARYCHDAAARTPGLAHRAALTADS
YDDLAEGLDKLVREWADRIPPPSPSRRPGLVFVFAGQGAQWDGMGLELLDTEPVFGAALR
RCDERVRELAGFSVIQQLRAGPAMSRLGEIDVLQPTMVSLQIALVALWRSWRVEPDAVTG
HSMGEISAGYAAGALTLDDALLIACRRSALLRRIAGRGALATTELSPEAAHALAASSGGR
ICVAGENSPRSTVLAGDTATLTALVEDLDRRGVYCRMVRGTVASHSHYVDELRDDLAGAL
RPLSPVPSRVPFYSTVTAAPVPGTDLGPAYWMRNLREPVRLAAATGRLAEDGHEIFVEVS
THPVLLSSLRQTLESAGRPGEVLPSGRRRTERRAMLSSLGTLFTYGRDPHWPTSAPPAPA
LTPYQAAVLAAVRRPRPSPAAAGSG
selected fasta
>trans-acting acyltransferase
GTGACCGTACGGCTGTTCGCCGTCGCCGCCGGGACCGAGGAGGGCCTGCTCGCCGCCCTC
CGCGGGCACGCGGACCGGATCCGCGCCGGCCGGGACCTGCCCACGCTGGCCCGGTACTGC
CACGACGCGGCAGCCAGGACACCCGGTCTGGCCCACCGGGCCGCTCTCACCGCCGATTCC
TACGACGACCTCGCCGAGGGCCTGGACAAGCTGGTACGGGAGTGGGCCGACCGGATACCG
CCTCCGTCGCCGTCCCGGCGGCCGGGACTGGTGTTCGTCTTCGCCGGCCAGGGCGCCCAG
TGGGACGGCATGGGCCTGGAACTGCTCGACACCGAGCCGGTGTTCGGCGCGGCGCTGCGG
CGCTGCGACGAACGGGTACGCGAGCTGGCCGGCTTCTCGGTGATCCAGCAGTTGCGGGCC
GGCCCGGCGATGTCGCGGCTCGGTGAGATCGACGTGCTGCAGCCGACGATGGTGTCGTTG
CAGATCGCCCTGGTGGCCCTGTGGCGCAGTTGGCGGGTGGAGCCGGACGCGGTGACCGGG
CACAGCATGGGCGAGATCTCCGCCGGGTACGCGGCCGGAGCGCTCACCCTCGACGACGCC
CTGCTGATCGCCTGCCGTCGCAGCGCCCTGCTGCGGCGGATCGCCGGCCGGGGCGCGCTG
GCCACCACCGAGCTGTCGCCCGAGGCCGCGCACGCCCTGGCCGCCTCCAGCGGAGGCCGT
ATCTGCGTCGCCGGGGAGAACAGTCCCCGCTCGACCGTGCTGGCCGGGGACACCGCCACG
CTGACGGCGCTGGTCGAGGACCTCGATCGGCGCGGCGTCTACTGCCGGATGGTGCGGGGT
ACGGTCGCCTCGCACAGCCACTACGTCGACGAACTGCGCGACGACCTGGCTGGGGCGCTG
CGCCCGCTGAGCCCGGTGCCGTCACGGGTGCCGTTCTACTCGACCGTGACCGCGGCGCCG
GTCCCCGGCACCGACCTGGGGCCCGCGTACTGGATGCGCAACCTCCGGGAGCCGGTCCGG
CTGGCCGCCGCCACCGGCCGGCTGGCCGAGGACGGTCATGAGATCTTCGTCGAGGTGAGC
ACCCATCCGGTGCTGCTCTCCAGCCTGCGGCAGACGCTGGAGAGCGCCGGACGGCCGGGG
GAGGTGCTGCCCTCCGGCCGCCGGCGGACCGAACGCCGGGCCATGCTGTCGTCGCTCGGC
ACGCTGTTCACCTACGGCCGCGACCCGCACTGGCCGACGTCCGCCCCGCCGGCGCCGGCG
CTCACTCCCTACCAGGCCGCCGTCCTGGCGGCCGTCCGGCGCCCGCGGCCCTCGCCGGCC
GCGGCGGGGTCAGGATGA
[18] AT91..400
[18] ethylmalonyl-CoA282..286
[18] AT271..1200
[18] ethylmalonyl-CoA844..858

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001227 Acyl transferase domain (Domain)
[84-214] 2.20000000000002e-69 G3DSA:3.40.366.10 [282-393] 2.20000000000002e-69 G3DSA:3.40.366.10
G3DSA:3.40.366.10   Ac_transferase_reg
IPR014043 Acyl transferase (Domain)
[91-400] 1.60000000000002e-87 PF00698
PF00698   Acyl_transf_1
IPR016035 Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase (Domain)
[89-378] 6.99997659850661e-62 SSF52151
SSF52151   Acyl_Trfase/lysoPlipase
IPR016036 Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding (Domain)
[216-281] 5.40000570248859e-11 SSF55048
SSF55048   Malonyl_transacylase_ACP-bd
IPR020801 Polyketide synthase, acyl transferase domain (Domain)
[93-390] 1.69998802370953e-93 SM00827
SM00827   PKS_AT
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Kirro_00330 Kirro_00330   Kirro_00350 Kirro_00350
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