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Lando_00020 : CDS information

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Organism
StrainS136
Entry nameLandomycin
Contig
Start / Stop / Direction2,220 / 2,549 / + [in whole cluster]
2,220 / 2,549 / + [in contig]
Location2220..2549 [in whole cluster]
2220..2549 [in contig]
TypeCDS
Length330 bp (109 aa)
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Category3.4 other modification
Productputative cyclase
Product (GenBank)cyclase homolog
Gene
Gene (GenBank)lanF
EC number
Keyword
  • angucycline
Note
Note (GenBank)
  • LanF
Reference
ACC
PmId
[9933932] Cloning and characterization of a gene cluster from Streptomyces cyanogenus S136 probably involved in landomycin biosynthesis. (FEMS Microbiol Lett. , 1999)
comment
landomycin生合成gene clusterの同定論文。

lanF: cyclase

配列解析のみ。
UrdF, TcmIに似ている。
Related Reference
ACC
Q9XCV6
NITE
Jado_00070
PmId
[11520231] Production of aromatic minimal polyketides by the daunorubicin polyketide synthase genes reveals the incompatibility of the heterologous DpsY and JadI cyclases. (J Nat Prod. , 2001)
comment
Blast 5th, id82%, 4e-48
Streptomyces venezuelae_jadI
Jadomycin polyketide synthase cyclase

--
[PMIDなし]Functional Characterization of the jadI Gene As a Cyclase Forming Angucyclinones. J. Am. Chem. Soc., 1999; 121, 1786-1794

jad genes + jadI があるときのみangucyclinones(UWM6, rabelomycin)が形成された。
tcm genes + jadI ではできない。

--
[PMID: 11520231](2001)
jadomycinと同様に9-keto還元されたpolyketideから合成されるDNRのcyclase DpsYとと比較検討。
tcmI のときと同様の結果。

--
どちらの論文でも提唱経路でJadI に割り当てられているのは、3rd+4th ring形成と、UWM6の4a-dehydrationだが、後の報告で4a-dehydrationはJadHが担うことがわかっている。
ACC
Q93LY5
PmId
[12654660] Engineering anthracycline biosynthesis toward angucyclines. (Antimicrob Agents Chemother. , 2003)
comment
Blast 6th, id82%, 1e-47
Streptomyces sp. PGA64_pgaF
Polyketide cyclase PgaF

anthracyclineであるnogalamycinの早期生合成遺伝子を含んだgene cassetteへpgaFを追加すると、angucyclinone代謝産物(rabelomycinとその前駆体UWM6)をもたらす。
aclacinomycin生合成での珍しいpropionate starter unitを特定するaknE2 and aknFを使ったcassetteでも新規angucyclinone MM2002が形成されることから、PgaFは基質柔軟性がある。

この論文でのpgaF追加の結果と違って、angucyclineが作れなかったjadI での論文結果も考察しており、tcmJが含まれていることが影響しているのではないかと言っている。

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selected fasta
>putative cyclase [cyclase homolog]
MHSTLIVAKMDPASSIDVAKLFGDFDRTEMPHRMGTRRRQLFSYRGLYFHLQDFDENNGG
ELIEEAKTDPRFVAISQDLKPFIQAYDPETWRSPADAMATRFYDWTASS
selected fasta
>putative cyclase [cyclase homolog]
ATGCACAGCACTCTGATCGTGGCGAAGATGGACCCCGCGTCGAGTATCGACGTGGCCAAG
CTCTTCGGTGATTTCGACCGCACCGAAATGCCCCATCGTATGGGCACGAGGCGCCGACAG
CTCTTCTCGTACCGAGGCCTGTATTTCCATCTGCAGGACTTCGACGAGAACAACGGCGGT
GAACTCATAGAAGAAGCGAAGACCGATCCGCGATTCGTCGCCATCAGCCAGGACCTGAAG
CCTTTCATCCAGGCGTACGACCCGGAGACCTGGCGCTCCCCGGCCGACGCCATGGCCACC
CGCTTCTACGACTGGACGGCTTCCTCGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR006765 Polyketide synthesis cyclase (Family)
[10-107] 7.00000000000005e-43 PF04673
PF04673   Cyclase_polyket
[2-107] PD012644
PD012644   Polyketide_synth_cyclase
[1-108] 5.49999999999995e-50 G3DSA:3.30.70.1090
G3DSA:3.30.70.1090   Cyclase_polyket
IPR011008 Dimeric alpha-beta barrel (Domain)
[1-108] 1.70000295590053e-44 SSF54909
SSF54909   Dimer_A_B_barrel
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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