Lasal_00050 Lasal_00050   Lasal_00070 Lasal_00070

Lasal_00060 : CDS information

close this sectionLocation

Organism
StrainATCC 35851
Entry nameLasalocid
Contig
Start / Stop / Direction5,697 / 4,918 / - [in whole cluster]
5,697 / 4,918 / - [in contig]
Locationcomplement(4918..5697) [in whole cluster]
complement(4918..5697) [in contig]
TypeCDS
Length780 bp (259 aa)
Click on the icon to see Genetic map.

close this sectionAnnotation

Category1.4 Other
Productputative type II thioesterase
Product (GenBank)putative type II thioesterase
Gene
Gene (GenBank)lsd4
EC number
Keyword
  • type II thioesterase
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[19129623] Identification of a gene cluster of polyether antibiotic lasalocid from Streptomyces lasaliensis. (Biosci Biotechnol Biochem. , 2009)
comment
GenBank,Uniprotでは、ATCC31180と登録されている。

S. lasaliensis ATCC35851におけるLasalocid生合成gene clusterの報告。

lsd4: polyketide biosynthesis
homolog: thioesterase(MonAX)_S.cinnamonensis

機能解析はされていない。
Related Reference
ACC
B5M9K2
NITE
Lasal2_00100
PmId
[19025863] Analysis of specific mutants in the lasalocid gene cluster: evidence for enzymatic catalysis of a disfavoured polyether ring closure. (Chembiochem. , 2008)
comment
GenBank,Uniprotでは、NRRL3382Rと登録されている。

S. lasaliensis ATCC31180におけるLasalocid生合成gene clusterの報告。

las1: type II thioesterase
homology: thioesterase(PteH)_S.avermitilis MA-4680

このORFは遺伝子クラスターに含まれるmodular-PKSの典型的なdiscrete thioesterase(TEII)をコードするとしている。また、las1は必須ではないがmis-acetylateされたPKSの活性部位を加水分解するactivating roleを担うと推測された。
機能解析はされていない。
ACC
Q7BUF9
NITE
Rifam_00540
PmId
[19103602] Structure and functional analysis of RifR, the type II thioesterase from the rifamycin biosynthetic pathway. (J Biol Chem. , 2009)
comment
Amycolatopsis mediterranei
RifR_rifR
PKSDB:type II thioesterase_rifR
rifamycinの生合成gene

--
[PMID: 19103602]
orf12=rifR

RifRは、acyl-CoAsよりもacyl carrier domainのphosphopantetheinyl armからのacyl unitsを加水分解する(Steady-state kinetics)。
helical lidの運動が、RifR active siteへの基質のアクセスを調節する(立体構造解析)。

RifRがCoA基質よりACP基質への反応を好むことは、type II thioesteraseがcarrier domainsから異常unitsを除くようなhousekeeping functionsをすると考えられていることに一致する。

close this sectionSequence

selected fasta
>putative type II thioesterase [putative type II thioesterase]
MVNVVRGAARLSTSVGSGTWIRQYRTAGPGAPRLVCFPHAGGSASFYFPVATALSPDVDV
LAVQYPGRQDRMGEQPLTDLRRLADQVAEALEPWRDQPLHLFGHSMGAVIAYEVALRLQQ
SPGPGPAALYVSGRRAPSTRRTETVHLRDDAGLIRELKTLAGTDAALLADDDVLAMILPA
LRADYRAIETYEHRPAPLLTCPVTALLGDADPKVTLAEAEVWREHTDEDFDLHVFPGGHF
YLTTHQPAVLTLLRERLKA
selected fasta
>putative type II thioesterase [putative type II thioesterase]
ATGGTGAACGTCGTAAGGGGGGCGGCCCGGTTGAGTACATCGGTGGGCAGCGGTACGTGG
ATACGGCAGTACCGCACGGCCGGGCCGGGGGCGCCCCGTCTGGTGTGCTTCCCGCACGCC
GGAGGCTCGGCCAGCTTCTACTTCCCCGTGGCCACCGCGCTCAGCCCGGACGTCGACGTC
CTCGCGGTGCAGTACCCCGGCCGGCAGGACCGCATGGGGGAGCAGCCGCTCACGGACCTG
CGGCGCCTCGCCGACCAGGTCGCCGAGGCACTCGAGCCCTGGCGCGACCAGCCCCTGCAC
CTCTTCGGACACAGCATGGGCGCCGTCATCGCCTACGAGGTCGCCCTGCGTCTCCAGCAG
TCCCCGGGTCCCGGCCCGGCCGCGCTCTACGTGTCCGGCCGGCGCGCCCCCTCCACCCGG
CGCACCGAGACCGTGCACCTGAGGGACGACGCCGGTCTGATCCGTGAGCTGAAGACACTC
GCCGGGACGGACGCGGCCCTGCTCGCCGACGACGACGTCCTCGCCATGATCCTGCCGGCG
CTGCGCGCCGACTACCGGGCGATCGAGACGTACGAGCACCGCCCGGCGCCCCTGCTCACC
TGCCCGGTGACCGCCCTGCTGGGCGACGCCGACCCCAAGGTCACGCTCGCCGAGGCCGAG
GTGTGGCGGGAGCACACCGACGAGGACTTCGACCTGCACGTGTTCCCGGGCGGCCACTTC
TACCTGACGACCCACCAGCCGGCCGTGCTGACCCTGCTCCGGGAGCGTCTGAAGGCCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001031 Thioesterase (Domain)
[33-254] 2.19999999999997e-62 PF00975
PF00975   Thioesterase
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Lasal_00050 Lasal_00050   Lasal_00070 Lasal_00070
Page top