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Lasal_00200 : CDS information

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Organism
StrainATCC 35851
Entry nameLasalocid
Contig
Start / Stop / Direction76,196 / 77,614 / + [in whole cluster]
76,196 / 77,614 / + [in contig]
Location76196..77614 [in whole cluster]
76196..77614 [in contig]
TypeCDS
Length1,419 bp (472 aa)
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Category3.3 modification reduction
Productepoxidase
Product (GenBank)putative epoxidase
Gene
Gene (GenBank)lsd18
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[19129623] Identification of a gene cluster of polyether antibiotic lasalocid from Streptomyces lasaliensis. (Biosci Biotechnol Biochem. , 2009)
[22506807] Sequential enzymatic epoxidation involved in polyether lasalocid biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2012)
[23796908] Biosynthetic machinery of ionophore polyether lasalocid: enzymatic construction of polyether skeleton. (Curr Opin Chem Biol. , 2013)
comment
GenBank,Uniprotでは、ATCC31180と登録されている。

[PMID:19129623]
S. lasaliensis ATCC35851におけるLasalocid生合成gene clusterの報告。

lsd18: epoxidation
homolog: putative tetronomycin epoxidase_Streptomyces sp. NRRL 11266

このORFはFAD binding motifを持っており、MonCIと52％ identitiyを示す。oxidative cyclization pathwayはstereochemical prototypeの1つであるPAPA-type polyetherでは初めて報告された。


[PMID:22506807]
Lsd18がprelasalocidのbisepoxylasalocidへのsequential epoxydationに関与するようだ。
酵素学的エポキシ化反応の解析。


[PMID: 23796908] abstract
線状polyeneのepoxidationとそれに続くepoxide opening cascadeから成る2段階酵素変換反応のモデル酵素としてLsd18, Lsd19を用いて調査。
Related Reference
ACC
B5M9L6
NITE
Lasal2_00240
PmId
[19025863] Analysis of specific mutants in the lasalocid gene cluster: evidence for enzymatic catalysis of a disfavoured polyether ring closure. (Chembiochem. , 2008)
[22025396] Insights into lasalocid A ring formation by chemical chain termination in vivo. (Angew Chem Int Ed Engl. , 2011)
comment
GenBank,Uniprotでは、NRRL3382Rと登録されている。

---
[PMID:19025863](2008)
S. lasaliensis ATCC31180におけるLasalocid生合成gene clusterの報告。

lasC: epoxidase
homolog: putative tetronomycin epoxidase_Streptomyces sp. NRRL 11266

以前解析されたpolyether clustersとの比較から、このORFは推測されたdiepoxide中間体を形成するための酸化的環化の開始を担うflavin-linked epoxidaseであると推定している。

lasCのin-frame deletionを行い、この株でlasalocid及びiso-lasalocidが合成出来なかったことからlasCがlasalocid生産に必須であることが示された。また、pre-lasalocid dieneもother lasalocidに関連した代謝も見つからなかった。

lasC complement実験の結果、lasalocidとiso-lasalocidがWTと同等の比率で確認出来たが収量が減少した(〜25%)。これはnegativeな証拠ではあるが、lasalocid生合成においてPKSからpre-lasalocid dieneが切り離される前にLasC, LasBが作用することが支持され、PKS結合dieneがLasC, LasBの基質であると推測された。

芳香環の形成のタイミングは特定出来なかったが、おそらくchain切り離し前、diepoxideの形成前に起こると予測された。

---
[PMID: 22025396](2011)
carba(dethia) N-acetyl cysteamine esters 5a-c(実際に作用するのは加水分解されたactive biosynthetic probes 6a-c)を用いて、lasalocid A PKSから中間体をin vivoで放出させ、その誘導体を分離・解析している。

epoxidase LasCまたはepoxide hydrolase LasBの遺伝子欠失mutant株と、選ばれたACPでの点変異によるmutant株から分離された誘導体の結果から、epoxidationは酵素が結合した基質（おそらくACP11結合undecaketideか、先行するACP10結合decaketide）で起こると示唆された。また、芳香環化はPKSからの鎖放出の前にエーテル形成に続いて起こり、dodecaketide鎖が形成されるとすぐに起こるかもしれない。

ΔlasC株は中鎖中間体の誘導体のみを蓄積することから、LasCがPKSを安定化するか、酸化的環化が全長polyketide鎖を形成する伸長に必須であると暗示される。
ACC
Q846W9
NITE
Monen_00220
PmId
[12940979] Analysis of the biosynthetic gene cluster for the polyether antibiotic monensin in Streptomyces cinnamonensis and evidence for the role of monB and monC genes in oxidative cyclization. (Mol Microbiol. , 2003)
comment
Streptomyces cinnamonensis_Monensin epoxidase(monC1)

monensin生合成 gene clusterの解析論文。
MonCI: Epoxidase

monCIのS. coelicolorにおける異種性発現で、linaloolをepoxidizeする能力が10-20倍に増加することを確認している。

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selected fasta
>epoxidase [putative epoxidase]
MTNTRSAVVLGGGMAGMLVSSMLARHVGSVTVIDRDAFPAGPDLRKGVPQARHAHILWSG
GARIVEELLPGTTDRLLGAGAHRIGIPDGQVSYTAYGWQHRFPEAQFMIACSRALLDWTV
REETLREERIALVEKTEVLALLGDAGRVTGVRVRDQESGEEREVPADLVVDTTGRGSPSK
RLLAELGLPAPEEEFVDSGMVYATRLFRAPEAAATNFPLVSVHADHRAGRPGCNAVLMPI
EDGRWIVTVSGTRGGEPPADDEGFARFARDGVRHPLVGELIAKAQPLTSVERSRSTVNRR
LHYDRLATWPEGLVVLGDAVAAFNPVYGHGMSAAAHSVLALRSQLGQRAFQPGLARAAQR
AIAVAVDDAWVLATSHDIGYPGCRTQTRDPRLTRHAGERQRVTDLVGLTATRNQVVNRAA
VALNTLSAGMASMQDPAVMAAVRRGPEVPAPTEPPLRPDEVARLVSGAGVTA
selected fasta
>epoxidase [putative epoxidase]
ATGACCAATACCCGGAGCGCCGTTGTTTTGGGCGGCGGTATGGCCGGAATGCTCGTCTCC
TCGATGCTGGCCCGTCACGTCGGCTCGGTGACCGTGATCGACCGGGACGCGTTCCCGGCG
GGTCCGGACCTGCGCAAGGGGGTTCCGCAGGCCCGGCACGCCCACATCCTCTGGTCGGGC
GGCGCCCGGATCGTCGAGGAGCTGCTGCCCGGGACCACGGACCGGCTGCTGGGTGCCGGC
GCGCACCGTATCGGCATCCCCGACGGGCAGGTGTCGTACACCGCCTACGGGTGGCAACAT
CGTTTCCCGGAGGCCCAGTTCATGATCGCCTGCAGTCGTGCGCTGCTGGACTGGACGGTG
CGCGAGGAGACCCTGCGGGAGGAGCGCATCGCCCTGGTCGAGAAGACGGAGGTGCTGGCG
CTGCTGGGTGACGCGGGCCGGGTCACGGGGGTACGGGTGCGGGACCAGGAGTCCGGCGAG
GAGCGGGAGGTGCCGGCCGATCTCGTGGTCGACACCACCGGCCGGGGGTCACCGTCGAAG
CGGCTGCTGGCGGAGCTGGGATTGCCGGCACCCGAGGAGGAGTTCGTCGACTCGGGGATG
GTGTACGCGACGCGGCTCTTCCGGGCGCCCGAGGCGGCTGCGACGAACTTCCCGCTGGTG
AGCGTGCACGCCGACCACCGTGCGGGCCGGCCGGGCTGCAACGCGGTGCTGATGCCGATC
GAGGACGGCCGCTGGATCGTCACGGTCTCCGGGACACGCGGGGGTGAACCGCCCGCCGAC
GACGAGGGGTTCGCACGGTTCGCTCGGGACGGCGTCCGCCATCCGCTGGTCGGCGAACTC
ATCGCCAAGGCGCAGCCGCTCACTTCGGTGGAGCGGTCCCGCTCGACGGTCAACCGCCGG
CTGCATTACGACCGGTTGGCCACCTGGCCGGAGGGCCTGGTGGTGCTGGGCGACGCCGTG
GCCGCCTTCAACCCCGTGTACGGGCACGGGATGAGCGCGGCGGCGCACAGTGTGCTGGCA
CTCCGGTCCCAGCTCGGGCAGCGCGCCTTCCAGCCCGGTCTGGCGCGCGCGGCGCAGCGG
GCGATCGCCGTGGCGGTGGACGACGCCTGGGTGCTGGCCACCTCGCACGACATCGGCTAC
CCGGGGTGCCGGACCCAGACCAGGGACCCGCGGCTGACCCGCCACGCCGGGGAACGGCAG
CGCGTCACCGACCTGGTGGGACTCACCGCGACCCGCAACCAGGTGGTCAACCGGGCCGCC
GTGGCCCTCAACACCCTGTCGGCGGGCATGGCGAGCATGCAGGACCCCGCGGTCATGGCG
GCGGTCCGGCGCGGCCCCGAGGTGCCGGCGCCGACCGAACCGCCGTTGCGGCCCGACGAG
GTCGCCCGGCTGGTGTCCGGCGCCGGTGTGACGGCCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR002938 Monooxygenase, FAD-binding (Domain)
[7-346] 3.60000000000001e-09 PF01494
PF01494   FAD_binding_3
SignalP
[1-27] 0.941 Signal
Bacteria, Gram-negative   
[1-29] 0.972 Signal
Bacteria, Gram-positive   
[1-24] 0.903 Signal
Eukaryota   
TMHMM
[7-29] Transmembrane (i-o)
Transmembrane 1   
Lasal_00190 Lasal_00190   Lasal_00210 Lasal_00210
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