Medem_00050 Medem_00050   Medem_00070 Medem_00070

Medem_00060 : CDS information

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Organism
StrainAM-7161
Entry nameMedermycin
Contig
Start / Stop / Direction5,000 / 5,680 / + [in whole cluster]
5,000 / 5,680 / + [in contig]
Location5000..5680 [in whole cluster]
5000..5680 [in contig]
TypeCDS
Length681 bp (226 aa)
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Category4.1 transcriptional regulator
Productputative transcriptional regulator
Product (GenBank)repressor-response regulator
Gene
Gene (GenBank)med-ORF30
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[12855716] Cloning, sequencing and heterologous expression of the medermycin biosynthetic gene cluster of Streptomyces sp. AM-7161: towards comparative analysis of the benzoisochromanequinone gene clusters. (Microbiology. , 2003)
comment
entire medermycin(med) biosynthetic gene clusterの報告。
Streptomyces coelicolor CH999でmed clusterを発現してmedermycin産生を確認している。

ORF30: Repressor-response regulator

配列解析のみ。
必須のtranscriptional regulatorをコードすると推定されるjadR1のhomolog.
Related Reference
ACC
Q56154
NITE
Jado_00050
PmId
[11733141] A repressor-response regulator gene pair controlling jadomycin B production in Streptomyces venezuelae ISP5230. (Gene. , 2001)
[19423672] Autoregulation of antibiotic biosynthesis by binding of the end product to an atypical response regulator. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2009)
[20562102] "Pseudo" gamma-butyrolactone receptors respond to antibiotic signals to coordinate antibiotic biosynthesis. (J Biol Chem. , 2010)
[23832247] JadR and jadR2 act synergistically to repress jadomycin biosynthesis. (Sci China Life Sci. , 2013)
comment
BLAST id55%
Streptomyces venezuelae_jadR1
JadR1

--
[PMID:11733141](2001) abstract
C末domainからOmpR-PhoB subfamilyのresponse regulatorsに分類。
jadR1の削除や破壊でjadomycin B非産生。
jadR1の追加コピーを導入すると、コピー数に応じたjadomycin B産生が見られた。
よってjadomycin生合成におけるpositive regulatorである。

--
[PMID:19423672](2009)
OmpR-type "atypical" response regulatorsであるJadR1は自身を抑制するが、jadomycin B生合成genes(jadJ)の転写を活性化。

jadomycin BでJadR1活性は抑制。
jadomycin BはJadR1 N末receiver domainへ直接結合し、JadR1を標的promoterから解離させる。

--
[PMID:20562102](2010)
jadR1 mutantではchloramphenicol産生が多く、ストレスかけてもjadomycin B産生不可能。
JadR1はchloramphenicol生合成clusterのcmlI - cmlJ間のpromoter領域に結合し、chloramphenicol産生を抑制する。

--
[PMID:23832247](2013)
jadomycin biosynthetic gene clusterにある3つのcluster-situated regulators (CSRs)について、mutantsを作成し、転写解析をしている。

JadR*は、既に報告のあるJadR2によるjadR1転写抑制とJadR1によるjadR1転写抑制に相乗的効果を与えた。また、JadR2 と JadR*はお互いのpromoterへの直接結合により、相互に抑制した。

結果からはJadR1によるjadR2の活性化も示されている。これまでの研究でjadR2のpromoterへのJadR1の直接結合は観察されていないので、この活性化は間接的であると推測した。

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selected fasta
>putative transcriptional regulator [repressor-response regulator]
MRVLVVEDERDQAESLIDGLRRHGHDTIVAGSGAEALDAFENADLVLLDLGLPDIDGIEV
CRRMRAAGDTPIISFAGESAELDRILGLQAGSDDCLERPYSFRELMARIDAVMRRVGARI
GGQRRPTLSRGGLSLDSESREVVLDGRPIPLTRKEFDLLHYLASRPGVVVSRQRLMIDVW
GHPADVGLSAQASRTIDTHVSSMRSKLRESGWILTVRGVGFRFRQD
selected fasta
>putative transcriptional regulator [repressor-response regulator]
ATGCGCGTCCTTGTGGTCGAGGACGAACGAGATCAGGCAGAGTCGCTGATAGACGGCCTC
AGACGGCATGGGCACGACACAATTGTGGCCGGTTCGGGGGCCGAGGCCCTGGACGCATTC
GAGAATGCCGACCTCGTACTGCTCGATCTGGGGCTGCCCGATATCGACGGAATCGAAGTA
TGCCGTCGCATGCGGGCGGCAGGCGACACGCCCATCATATCCTTCGCCGGTGAGTCCGCC
GAGCTCGACAGGATTCTCGGACTGCAGGCGGGCTCGGACGACTGTCTCGAGCGGCCCTAT
TCTTTTCGGGAGCTGATGGCTCGAATCGACGCCGTCATGCGAAGGGTCGGCGCGCGAATC
GGGGGACAGCGCAGACCCACCCTCTCCCGCGGCGGCCTCAGTCTCGACAGCGAGTCCCGG
GAGGTCGTGCTCGACGGGCGGCCGATCCCGCTGACCCGCAAGGAGTTCGACCTCCTGCAC
TATCTCGCGAGCCGGCCGGGCGTCGTCGTCTCCCGGCAGCGTCTGATGATCGATGTCTGG
GGACATCCGGCCGACGTGGGACTCAGCGCGCAGGCGAGCCGGACGATCGACACCCATGTG
AGCTCCATGCGGAGCAAGCTGCGCGAGAGCGGCTGGATCCTGACCGTCCGAGGAGTGGGA
TTCCGGTTCCGCCAGGACTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001789 Signal transduction response regulator, receiver domain (Domain)
[1-109] 2.99998750445706e-35 SM00448
SM00448   REC
[3-109] 1.2e-18 PF00072
PF00072   Response_reg
[2-113] PS50110
PS50110   RESPONSE_REGULATORY
IPR001867 Signal transduction response regulator, C-terminal (Domain)
[146-223] 2.3e-21 PF00486
PF00486   Trans_reg_C
[146-223] 6.19998763505952e-27 SM00862
SM00862   Trans_reg_C
IPR011006 CheY-like superfamily (Domain)
[1-182] 2.49999811956465e-31 SSF52172
SSF52172   CheY_like
IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain)
[123-225] 3.90000000000001e-29 G3DSA:1.10.10.10
G3DSA:1.10.10.10   Wing_hlx_DNA_bd
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Medem_00050 Medem_00050   Medem_00070 Medem_00070
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