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Ncarz_00230 : CDS information

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Organism
StrainATCC 15944
Entry nameNeocarzinostatin
Contig
Start / Stop / Direction43,114 / 41,951 / - [in whole cluster]
43,114 / 41,951 / - [in contig]
Locationcomplement(41951..43114) [in whole cluster]
complement(41951..43114) [in contig]
TypeCDS
Length1,164 bp (387 aa)
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Category3.4 other modification
Productepoxide hydrolase
Product (GenBank)epoxide hydrolase
GenencsF2
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
  • enediyne core
  • retaining type
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[15797213] The neocarzinostatin biosynthetic gene cluster from Streptomyces carzinostaticus ATCC 15944 involving two iterative type I polyketide synthases. (Chem Biol. , 2005)
[20704329] Characterization of the epoxide hydrolase NcsF2 from the neocarzinostatin biosynthetic gene cluster. (Org Lett. , 2010)
[23844627] Predictive model for epoxide hydrolase-generated stereochemistry in the biosynthesis of nine-membered enediyne antitumor antibiotics. (Biochemistry. , 2013)
comment
[PMID:15797213](2005)
Neocarzinostatin生合成遺伝子クラスターの報告。

ncsF2: Epoxide hydrolase

相同性より機能付けされている。このORFについて機能解析はされていない。

---
[PMID:20704329](2010)
ncsF2の機能解析の報告。

epoxide hydrolaseと推測されるncsF1,ncsF2をE.coliにて発現・精製、過剰発現株作製。両酵素のracemic styrene oxideに対するepoxide hydrolase活性を測定。NcsF2について十分なepoxide hydrolase活性を確認した。NcsF1ではなくNcsF2がstyrene oxideの効率的な加水分解を行うと明記している。

---
[PMID: 23844627](2013)
9員環enediyne抗がん性抗生物質の立体化学は、異なる位置選択性を持つepoxide hydrolasesによってもたらされる。

・inverting epoxide hydrolases (SgcF)
(S)-epoxideを加水分解して(R)-diolを得る。

・retaining epoxide hydrolases (NcsF2, KedF)
(S)-epoxideを加水分解して(S)-diolを得る。

SgcF(W236Y)はretaining activityが3倍に増える。
NcsF2様変異のあるSgcF(W236Y/Q237M)はretaining activityが20倍に増える。

これに対し、
NcsF2(Y235W)は活性なし。
SgcF様変異のあるNcsF2は不溶性のため精製できていない。

Table 2.でのNcsF2のSteady-State Kinetic Parametersは[PMID:20704329]の引用で、R選択性が示されている。

SgcF(W236Y)とSgcF(W236Y/Q237M)はNcsF2様のR選択性になるが、同じ残基を保存しているKedFは反対のS選択性である。したがってこれら残基以外のactive siteの特徴がKedF 対 NcsF2でのエナンチオ選択性を方向付け、NcsF2の珍しいR選択性は追加的な隣接epoxideに由来するputative NcsF2 enediyne基質の異なる形状を反映するのかもしれない。

系統発生解析あり。

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selected fasta
>epoxide hydrolase [epoxide hydrolase]
MEPFRIVIPQADLDDLHRRLDATRWPSEIPGTGWSRGVPLDYLKELVGYWRDGYDWRAAE
DRLNTVPQFTTEIDGTNVHFMHIRSAEPDALPMIITHGWPGSVAEFLDVIDPLTNPRAHG
GDPADAFHLVIPSLPGFGFSGPTPEPGWNLPRVASAWAELMRRLGYSRYAVQGGDLGAWT
SLTLSGVDHEHVVGTHVNFLITPPSGDPADLAGLGEQDLARLQLLAEFGAEGSGYMKIQS
TRPQTLSYSLTDSPVGQLAWVVEKFMEWGDTDKSPEDAVDRDRLLTNVMIYWLTATAGSS
AHFYYEISDVLPTAPTPPPPAPPLPTPLGVAVYPADSAKPVRRFAERAFPNIVHWAELER
GGHFAALEQPGLFVSDLRAFARALRTS
selected fasta
>epoxide hydrolase [epoxide hydrolase]
ATGGAGCCGTTCCGTATAGTGATTCCGCAGGCAGATCTGGACGATCTGCACAGGCGCCTG
GATGCCACTCGGTGGCCGAGCGAGATCCCCGGGACGGGCTGGAGCCGCGGCGTCCCGTTG
GACTACCTCAAGGAACTGGTCGGTTACTGGCGCGACGGCTACGACTGGCGCGCGGCCGAG
GACCGCCTCAACACGGTCCCCCAGTTCACCACCGAGATCGACGGTACGAATGTGCACTTC
ATGCATATCCGCTCCGCCGAACCCGACGCTCTCCCGATGATCATCACCCATGGCTGGCCG
GGTTCGGTCGCCGAGTTCCTCGATGTCATCGATCCCCTGACCAATCCGCGGGCCCACGGG
GGCGATCCGGCCGACGCATTCCACTTGGTGATTCCATCCCTGCCCGGATTCGGCTTTTCC
GGGCCTACTCCGGAACCCGGCTGGAACCTGCCCCGGGTGGCTTCCGCGTGGGCGGAATTG
ATGCGACGCCTCGGATACTCCCGGTACGCTGTCCAGGGCGGCGATCTGGGTGCCTGGACC
AGCCTGACGCTCTCCGGCGTCGACCACGAGCACGTCGTGGGAACGCATGTGAACTTCCTG
ATCACTCCTCCCTCGGGTGACCCGGCGGACCTCGCCGGACTCGGTGAACAGGACCTCGCG
CGCCTGCAGCTGCTGGCCGAGTTCGGCGCGGAGGGCTCCGGGTACATGAAGATCCAGTCG
ACGCGACCCCAGACCCTCTCCTACAGCCTGACTGACTCGCCGGTGGGGCAGCTGGCCTGG
GTGGTCGAGAAGTTCATGGAATGGGGCGACACGGACAAGTCGCCCGAGGACGCCGTGGAC
CGTGACCGGCTGCTGACCAACGTCATGATCTACTGGCTCACCGCGACCGCCGGTTCGAGC
GCCCACTTCTACTACGAGATCTCCGACGTGCTGCCGACGGCTCCCACGCCGCCCCCTCCT
GCGCCACCGCTGCCGACGCCGCTGGGCGTCGCGGTGTACCCGGCCGATTCGGCGAAGCCC
GTGCGCCGGTTCGCGGAGCGCGCCTTCCCCAACATCGTGCACTGGGCGGAGCTCGAGCGC
GGCGGTCACTTCGCCGCCCTGGAGCAGCCCGGTCTGTTCGTCTCCGACCTGCGGGCGTTC
GCCCGCGCGCTGCGGACGTCCTAG

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000639 Epoxide hydrolase-like (Family)
[97-115] 5.29999657550189e-09 PR00412 [126-141] 5.29999657550189e-09 PR00412 [358-380] 5.29999657550189e-09 PR00412
PR00412   EPOXHYDRLASE
IPR010497 Epoxide hydrolase, N-terminal (Domain)
[2-110] 1.5e-41 PF06441
PF06441   EHN
IPR016292 Epoxide hydrolase (Family)
[1-387] 9.40003071030835e-106 PIRSF001112
PIRSF001112   Epoxide_hydrolase
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Ncarz_00220 Ncarz_00220   Ncarz_00240 Ncarz_00240
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